什么是基因？基因是控制性状的基本遗传单位，决定着人的生老病死，是健康、靓丽、长寿之因，是生命的操纵者和调控者。人类约有两万至两万五千个基因。首先，我们应该了解一下染色体，DNA，RNA，基因之间的关系。基因的定义基因是控制生物性状的基本遗传单位。基因（遗传因子）是产生一条多肽链或功能RNA所需的全部核苷酸序列。也就是说，基因只是DNA链中的一个个片段。 每一片段会控制不同的性状。 按照基因结构，可
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2024-04-09 13:19:26
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转基因、基因敲入/敲除动物技术已经成为现代生命科学基础研究和药物研发领域不可或缺的重要技术，该技术从上世纪七八十年代诞生以来，至今已有近四十年的历史，经典技术如DNA原核显微注射、胚胎干细胞显微注射技术一直以来经久不衰，在小鼠模型构建方面日趋完善，并且如同剪切酶和抗体等常规分子生物学试剂的制备技术一样，逐渐从基础研究实验室转向商业模式，成为一项高度标准化的新兴产业，催生了数以百计的创新药物和数以
$\DeclareMathOperator{\rev}{rev}$传送门：基因工程 这道题拖了好久，一直没有清晰的思路。当然，$k\le\frac{n}{2}$ 时，比较简单。下面我着重讲一下当 $k>\frac{n}{2}$ ，即前 $k$ 个字符与后 $k$ 个字符有重叠时，如何思考这个问题。为了便于分析，我们把题目要求形式化成如下的数学表示假设修改后的字符串为 $S$ ，字符
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2024-05-11 19:33:11
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还在利用hisat, tophat这些耳熟能详的软件将read比对到基因组（转录组）上，然后统计每个基因的count数么？试试这些不需要比对，速度更快的工具吧。 Salmon(Patro et al. 2016), Sailfish (Patro, Mount, and Kingsford 2014) kallisto (Bray et al. 2016) RSEM(B. Li and Dewe
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2024-08-09 08:24:24
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如何获取目标基因的转录因子（上）一文中我们以人类基因组为例，从ensemble网站下载了基因组中基因位置信息矩阵GRCh38.gene.bed和基因组中转录因子结合位点信息矩阵GRCh38.TFmotif_binding.bed）我们知道有很多数据库可以查找启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点，但是怎么用Linux命令处理基因信息文件来得到关注基因的启动子和
原创
2024-05-06 14:24:14
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以人类YBX1为例，首先进入NIH官网，如下图，database选择gene，在输入框中输入自己需要找的基因名，点击搜索。 搜索后在下方search result中会显示很多结果，分别是不同物种的。点击人类的YBX1进入详情页面。 进入后，用浏览器自带的查找功能在页面内查找“genebank”。这里使用的是联想浏览器，不同浏览器页内查找方式可能不同，通常可以使用快捷键Ctrl+
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2023-11-02 20:21:34
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1. 基因转录本亚型 蛋白质亚型或“蛋白质变体“是一组高度相似的蛋白质成员，这些成员来源于单个基因或基因家族，是遗传差异造成的结果。虽然许多具有相同或相似的生物学作用，但一些亚型具有独特的功能。这些高度相似的蛋白质亚型可以由可变剪
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2024-07-07 14:56:59
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）是甲基化研究的重要技术。尽管已经开发了一系列工具来解决由亚硫酸盐处理引起的比对问题，但尚未对最新可用工具的reads比对性能以及多种哺乳动物的生物学解释（biological interpretation）进行评估。在此基础上，本文对人、牛和猪等三种哺乳动物真实和模拟WGBS生成的14.77 billi
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2023-07-13 22:59:39
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一、背景传统健康险产品需要依靠“生命表”和“重大疾病发生率表”来进行产品设计。不同保险公司在设计产品时都需要基于以上两表，这就导致保险产品的同质化日益加重。同时由于传统的健康险产品基于总体发生概率来确定风险杠杆，吸烟体人群和非吸烟体人群的个体化差异被忽视。 使用机器学习技术，可以训练出针对个体的风险判断模型，通过该模型来估算不同个体的风险杠杆，以实现吸烟体和非吸烟体人群保险费率差异化定价。二、样本
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2024-01-27 23:47:37
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 喜报！深圳市易基因科技有限公司发明的《一种同源基因特异性甲基化时序数据的分析方法》获专利授权。该方法首先利用DNA甲基化测序数据序列特征和突变信息判定ASM区域，筛选出每个时期或者组别中特有的所述ASM区域，之后结合不同突变型对应的甲基化信息，利用某个时期的甲基化信息和其他不同时期样品进行比较，初步判定出原始时期特异性ASM
我们都知道不论真核与原核生物都离不开基因，它储存着生长、发育、凋亡等几乎全部生命过程的信息。那么基因有着哪些结构呢，接下来从三个层面来讨论基因的构成： 一、DNA编码区 Coding region基因在结构上，分为编码区和非编码区两部分。真核生物的编码区是不连续的，分为外显子和内含子，在转录过程中会修剪内含子，并拼合外显子来形成转录产物。在原核生物中，基因是连续的，也就是说无外
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2024-08-24 20:44:03
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基本基因表达式算法1. 个体种群【★★★】1.1. 初始种群的产生2. 适应度函数与选择【★★★★】2.1. 适应度函数和选择环境2.2. 选择3. 有修饰的复制【★★★★★】3.1. 复制和选择3.2. 变异3.3. 转座和插入序列元素3.3.1. IS转座：3.3.2. RIS转座3.3.3. 基因的转座3.4 重组3.4.1 单点重组3.4.2. 两点重组3.4.3. 基因重组4. 参考书
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2024-01-28 06:33:58
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在整个生信技能树的历史上，就分享过两次价值一千元的：第一次是：TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案第二次是：(重磅！价值一千元的R代码送给你)芯片探针序列的基因组注释其中第二个教程是纯粹的R代码技巧，怕粉丝看不懂，我还刻意花了一个星期做铺垫：1 把fasta序列读入到R里面去2 使用refGenome加上dplyr玩转gtf文件3 把bam文件读入R，并且转为gra
基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型，有三种策略： 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测(transcriptome-based prediction)：通过物种的RNA-seq数据辅助注
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2023-08-07 12:12:43
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1.Ensembl stable ID ： Ensembl stable ID 的结构是根据不同物种设置的前缀, 加上数据所指的类型, 如基因蛋白质, 再加上一系列的数字. 有的时候可以有不同的版本, 则在 Ensembl ID 后面加上小数点和版本号. 例如：ENS表示物种（human）,G表示基因（gene） 2.UniProt UniProt 中录入的数据都被分配了一个唯一的 entr
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2024-05-13 21:00:27
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1s / 32M 【问题描述】目前,科学家们正致力于对生物基因的重组进行深入研究。基因的物质载体是脱氧核糖核酸(DNA)。DNA 是一种仅由 A、T、G、C 四种基元构成的双螺旋结构的有机分子。DNA 的两条单链上,同一位置的两个基元是互相对应的。A 对 T,G 对 C,因此,我们只需用任意一条链上
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2017-10-25 17:19:00
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微阵列数据广泛而成功地应用于生物医学的癌症分类研究.一个典型的微阵列数据集包含大量(通常成千上万 ,甚至数十万)的基因、 相对少
原创
2023-11-07 14:03:40
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人类基因组DNA有30亿个碱基（bp），其中10%是串联重复序列，称为卫星DNA。按重复单位的长短，又可分为大卫星、中卫星、小卫星和微卫星。STR: 短串联重复序列（short tandem repeats，STR）也称微卫星DNA（microsatellite DNA）, 通常是基因组中由1~6个碱基单元组成的一段DNA重复序列。STR序列符合孟德尔遗传定律，个体间存在相同的短串联重复序列，但重
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2023-12-20 21:31:29
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1.类的继承俗话说：龙生龙，凤生凤，老鼠的儿子会打洞。在古代我们的祖先就已经在大量的观察中总结出了孩子会继承父母一些特质的结论，现代的生物遗传学也确实证实了子类会表现出父类的一些特质是通过DNA的遗传，亲代会将自己的遗传物质DNA传递给后代，而且遗传的性状和物种会保持相对的稳定。遗传物质在生物进程之中得以代代相承，从而使后代具有与前代相近的性状。 这一现象在python中其实也存在，只不过它的遗传
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2023-12-24 13:30:46
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“脱氧核糖核酸(DNA)是一种分子，其中包含每个物种独特的生物学指令。DNA及其包含的说明在繁殖过程中从成年生物传给其后代。“简介基因组是生物体中DNA的完整集合。所有生物物种都有一个基因组，但是它们的差异很大。例如，人类基因组被排列成23条染色体，这有点像百科全书被编辑成23卷。如果算上所有字符(单个DNA“碱基对”)，每个人类基因组中将有超过60亿个字符。所以这是一个巨大的工程。人类基因组大约
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2024-07-04 20:56:17
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