人类基因组DNA有30亿个碱基（bp），其中10%是串联重复序列，称为卫星DNA。按重复单位的长短，又可分为大卫星、中卫星、小卫星和微卫星。STR: 短串联重复序列（short tandem repeats，STR）也称微卫星DNA（microsatellite DNA）, 通常是基因组中由1~6个碱基单元组成的一段DNA重复序列。STR序列符合孟德尔遗传定律，个体间存在相同的短串联重复序列，但重
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2023-12-20 21:31:29
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易基因｜TSD物种全基因组DNA甲基化模式对孵育性别和过去孵育温度的响应 | 性别决定大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年8月23日，《MOLECULAR ECOLOGY》杂志发表题为“Genome-wide DNA methylation patterns harbour signatures of hatchling sex and past incubat
近年来，使用 Python 查找基因转录起始位点（TSS）逐渐成为生物信息学领域的重要任务。随着基因组数据的不断增加，如何有效地提取和分析基因的 TSS 信息，成为了研究者必须面对的挑战。在本文中，我将通过一系列的过程和实例来介绍 Python 查找基因 TSS 位点的解决方案，包括备份策略、恢复流程、灾难场景、工具链集成、验证方法以及案例分析。
### 备份策略
对查找基因 TSS 位点的相
# 如何在R语言中实现关联基因分析
## 概述
在生物信息学中，关联基因分析是一种用来探索基因与特定表型之间的关联性的方法。在R语言中，我们可以通过一系列的步骤来实现关联基因分析。在本文中，我将向你介绍如何利用R语言进行关联基因分析，并给出相应的代码示例。
## 流程
以下是实现关联基因分析的流程：
```mermaid
pie
title 关联基因分析流程
"数据准备" :
原创
2024-02-27 05:05:33
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一起来学算法（1）：遗传算法应用框架python实现优缺点案例实现（TSP问题）问题描述问题参数需掌握的知识点代码实现所遇问题 应用1、用在NLG（自然语言生成）技术中，比如自动生成宋词。推荐一篇论文（游维前辈写的）：基于遗传算法的宋词自动生成研究 2、机器人的路径规划 3、自动排班，自动排课，车间调度等事件规划 4、组合优化问题，比如旅行商问题 5、框架1、生成种群染色体矩阵 调用ea.crt
机器人路径规划_遗传算法 原理 遗传算法（GeneticAlgorithm）是模拟达尔文生物进化论的自然选择和遗传学机理的生物进化过程的计算模型，是一种通过模拟自然进化过程搜索最优解的方法。遗传算法是从代表问题可能潜在的解集的一个种群（population）开始的，而一个种群则由经过基因（gene）编码的一定数目的个体(individual)组成。每个个体实际上是染
基因表达谱热图的绘制1.数据的获取–从NCBI数据库下载基因表达谱数据 2.数据整理–将所有下载的基因表达谱数据放在一个Excel里，如下再转成文本文档（grain2.txt)。 3.R语言绘制热图（直接复制>后的代码）getwd() 查看当前工作目录 setwd("D:/1-R/myfile/file4")将工作目录设为grain2文本所在文件夹
install.packages(‘ph
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2023-06-20 14:47:20
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欢迎关注”生信修炼手册”!在之前的文章中，我们分享了多个基因差异分析的可视化，使用的是ggpubr这个R包，ggpubr在标记p值时，可以根据指定的差异分组自动添加组间的连线，非常方便，但是无法指定添加的p值的位置，在某些时候会缺乏灵活性，今天要介绍的是另外一个R包ggsignif，其帮助手册链接如下https://cran.r-project.org/web/packages/ggsignif/
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2024-02-04 21:06:16
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本文作者蒋刘一琦，自嘲是一个有艺术追求的生信狗，毕业于浙江大学生物信息学专业，目前在复旦大学就读研究生，研究方向为宏基因组。在生物信息领域我们常常使用 R 语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同 R 包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。
什么是热图(Heatmap) 热图是一个以颜色变化来显示数
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2023-07-16 16:32:24
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在整个生信技能树的历史上，就分享过两次价值一千元的：第一次是：TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案第二次是：(重磅！价值一千元的R代码送给你)芯片探针序列的基因组注释其中第二个教程是纯粹的R代码技巧，怕粉丝看不懂，我还刻意花了一个星期做铺垫：1 把fasta序列读入到R里面去2 使用refGenome加上dplyr玩转gtf文件3 把bam文件读入R，并且转为gra
GEO芯片数据下载和探针ID转换（保姆级教程）一、问题描述探针ID转换数据是否预处理过二、Rstudio的安装（建议阅读，避免后续转换时出错）安装包的下载安装步骤三、（正文）芯片数据下载和ID转换相关设置和包的加载数据下载 本文章主要参考了： ①R 语言的安装（详细教程） ②GEO芯片数据下载和探针ID转换一、问题描述探针ID转换我们需要的基因表达量信息在NCBI的GEO数据库中对应的编号为GS
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2024-04-04 15:09:19
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基因集变异分析（Gene Set Variation Analysis，GSVA）是一种用于揭示基因集（通路）在不同组中的差异性的计算方法。GSVA的作用是将单个基因表达水平转化为整个基因集的活跃度得分，并比较不同样本以及组间基因集的变异程度。相较于传统的基因水平的差异检验，GSVA能够捕捉到整个基因集在样本组之间可能存在的差异，上调还是抑制。这有助于更好地理解基因集在生物学过程中的功能，有助于发
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2024-07-02 20:01:12
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百日筑基篇——差异基因分析DESeq2包（R语言初识六） 文章目录前言x一、差异基因分析是什么?二. 基本步骤1. 数据预处理2. 创建DESeq2对象3. 差异分析4. 绘制MA图观察三、绘制火山图总结 前言x今天，整理一下如何使用R语言进行基因差异分析。主要会讲述有关的几个扩展包以及可视化，希望以这种方式巩固所学。一、差异基因分析是什么?差异基因分析是生物信息学中常用的一种分析方法，用于比较不
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2024-06-05 22:01:53
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介绍 RNA-seq 目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq 不仅能够分析样本之间基因
介绍RNA-seq 目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq 不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析 SNP 变异。本教程将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程，旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。由于完整
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2024-03-11 17:55:49
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DeepDiff: Deep-learning for predicting Differential gene expression from histone modifications. Arshdeep Sekhon, Ritambhara Singh, and Yanjun Qi. Bioinformatics. 2019.1.背景基因调控是控制基因表达的过程。人体包含大量的不同的细胞类型
## R语言 基因库实现流程
### 1. 环境准备
首先，你需要在你的计算机上安装R语言的开发环境。你可以从[R官方网站](
### 2. 安装基因库
在R语言中，你可以使用`BiocManager`包来安装和管理基因库。首先，你需要安装`BiocManager`包，然后使用`BiocManager::install()`函数来安装其他的基因库。
```R
install.packages
原创
2023-11-23 08:55:19
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# 小鼠基因注释的R语言实战指南
基因组注释是生物信息学中的重要环节，它涉及到生物体的基因及其功能的识别和注释。对于小鼠基因的注释，R语言是一个强大的工具。本文将为刚入行的小白详细介绍如何使用R实现小鼠基因注释，包括关键步骤和必要的代码示例。
## 流程概述
在进行小鼠基因注释时，可以将操作步骤分为以下几部分：
| 步骤编号 | 步骤名称 | 具体操作说明
原创
2024-09-25 07:58:08
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# R语言 载入 基因测序
作为一名经验丰富的开发者，我很高兴能够教会你如何使用R语言来载入基因测序数据。在本文中，我将向你展示整个流程，并提供每个步骤所需的代码和注释，以帮助你更好地理解。
## 流程概览
以下是载入基因测序数据的整个流程的概览：
| 步骤 | 描述 |
| ---- | ---- |
| 步骤 1 | 安装和载入必要的包 |
| 步骤 2 | 导入基因测序数据 |
|
原创
2023-11-16 06:01:57
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# R语言基因名转换：从数据到生物学的桥梁
在生物信息学研究中，基因名转换是一项常见而重要的任务。基因名不仅是生物研究中的基本单位，同时也是不同数据库之间共享和分析数据的关键。本文将介绍如何使用R语言进行基因名转换，并举例说明具体操作。
## 基因名转换的背景
基因名可以来自不同的来源，如基因组数据库、文献或实验结果。由于不同数据库采用的命名约定和标准不同，可能会在基因名称上存在差异。因此，
# 使用R语言绘制基因Lollipop Charts
Lollipop charts（棒棒糖图）是一种直观有趣的数据可视化工具，通常用于展示基因表达数据、运动员的表现、商店的销量等。相比于传统的条形图，棒棒糖图利于强调数据中的具体值，并且由于其简洁的视觉效果，在展示大量数据时更为清晰。在本文中，我们将使用R语言展示如何绘制基因的棒棒糖图，并提供详细的代码示例和解释。
## 1. 环境准备
在
