“脱氧核糖核酸(DNA)是一种分子，其中包含每个物种独特的生物学指令。DNA及其包含的说明在繁殖过程中从成年生物传给其后代。“简介基因组是生物体中DNA的完整集合。所有生物物种都有一个基因组，但是它们的差异很大。例如，人类基因组被排列成23条染色体，这有点像百科全书被编辑成23卷。如果算上所有字符(单个DNA“碱基对”)，每个人类基因组中将有超过60亿个字符。所以这是一个巨大的工程。人类基因组大约
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2024-07-04 20:56:17
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1.Ensembl stable ID ： Ensembl stable ID 的结构是根据不同物种设置的前缀, 加上数据所指的类型, 如基因蛋白质, 再加上一系列的数字. 有的时候可以有不同的版本, 则在 Ensembl ID 后面加上小数点和版本号. 例如：ENS表示物种（human）,G表示基因（gene） 2.UniProt UniProt 中录入的数据都被分配了一个唯一的 entr
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2024-05-13 21:00:27
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最近参加我们生信爆款入门和数据挖掘课程的学员反复咨询一个基因ID问题，就是为什么得到的结果基因名字那么奇怪（全部以LINC开头），而且ID进行转换时候，经常是50%左右的成功率，如果你也有这个疑问，那么恭喜你，看完这个教程，你肯定就懂了！ 这样的基因很多！C12orf44; Chromosome 12 Open Reading Frame 44; 这个是Corf系列基因的意思MIR系列基
在海量的组学数据中，我们经常需要根据已有的差异表达基因找到对应的注释信息。那么针对一系列基因ID批量获取其注释无疑能够大大简化后继的分析，提高科研效率。本次来分享使用python爬虫完成NCBI基因注释的方法。Sample input： 输入文件如下，是一列geneID。待获取的信息来源于NCBI-geneID页中Description项，也就是下图中红色方框项：Sample output： 最终
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2023-11-25 15:59:10
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以下以2种方法生成唯一IDdef uuid_method():
"""第一种方法"""
import uuid
return str(uuid.uuid1())
print(uuid_method()) def time_method():
"""第二种方法"""
import time, hashlib
m = hashlib.md5()
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2023-06-17 13:08:11
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一、背景传统健康险产品需要依靠“生命表”和“重大疾病发生率表”来进行产品设计。不同保险公司在设计产品时都需要基于以上两表，这就导致保险产品的同质化日益加重。同时由于传统的健康险产品基于总体发生概率来确定风险杠杆，吸烟体人群和非吸烟体人群的个体化差异被忽视。 使用机器学习技术，可以训练出针对个体的风险判断模型，通过该模型来估算不同个体的风险杠杆，以实现吸烟体和非吸烟体人群保险费率差异化定价。二、样本
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2024-01-27 23:47:37
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# Python 实现基因 Symbol 转 ID
在生物信息学的领域，基因符号（Gene Symbol）和基因 ID 之间的转换是非常重要的。基因符号通常更加简洁易记，而基因 ID 则是数据库中存储基因信息的唯一标识符。在许多分析中，我们需要将基因符号转换为基因 ID，以便进行后续的基因功能注释或富集分析。
## 为什么要进行基因符号转 ID？
* **数据整合**：在进行基因表达分析时，
原创
2024-09-24 05:48:59
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一、背景对于每个生物信息分析的人来说，ID 匹配（映射）是一项非常常见，但又很繁琐的任务。假设，我们有一个来自上游分析的 gene symbol 或报告的 ID 列表，然后我们的下一个分析却需要使用基因 ID（例如 Entrez gene id 或 Ensembl gene id）。这时候，我们就希望将基因符号或报告的 ID 的列表转换为相应的基因 ID。在开始介绍今天的主角 mygene 前，我
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2024-08-01 15:39:47
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# 使用Python进行基因ID转换
在生物信息学领域，基因ID转换是一个常见且重要的任务。随着基因组学的快速发展，研究人员不断生成大量的数据，而这些数据往往使用不同的基因标识符，例如Ensembl、NCBI和UniProt等。因此，了解如何使用Python进行基因ID转换，可以有效地帮助科学家统一数据，提高分析的效率。
## 基因ID转换的必要性
基因ID转换的需求主要来源于以下几点：
基因id转换为基因名是基因组学研究中常见的任务之一。在生物学研究中，基因id通常以一系列数字或字母的组合形式表示，这使得基因的理解和分析变得困难。因此，将基因id转换为基因名可以更好地帮助研究人员理解和解释基因功能、相互作用等。
在R语言中，有许多工具和库可用于基因id转换为基因名。下面将介绍一种常用的方法，并给出相应的代码示例。
## 安装依赖库
在开始之前，我们需要安装两个R语言的依赖库
原创
2024-01-02 09:36:10
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基因名字是我们日常数据分析、阅读文献中最常见的一类术语，以下根据自己工作经验探讨下基因名在生物信息学数据分析中常见的坑！坑1：一个基因有两种名字基因的名字分成两种：一种是给计算机看的，也就是各种数据库中的基因ID，最常用的基因id数据库来源包括：Ensembl，NCBI，UCSC等；另一种是给人看的，就是我们常见的gene symbol，例如TP53。所以，根据名字来判断是哪个数据库中的id，是数
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2024-10-08 21:08:14
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众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换.常用数据库 IDID 示例ID 来源ENSG00000116717Ensemble IDGA45A_HUMANUniProtKB/Swiss-Prot, entry nameA5PJB2_BOVINUniProtKB/TrEMBL, entry nameA2BC
零基础入门转录组数据分析——数据处理（自测序数据） 目录零基础入门转录组数据分析——数据处理（自测序数据）1. 原始数据集2. 数据处理（Rstudio）3. 数据标准化（Rstudio） 通常有的小伙伴会选择将自己的样本送到不同的测序公司进行测序，会出现以下几种情况：有的公司返回来的数据文件中是已经注释好的count（行为基因symbol，列为样本名），这种情况的可以直接用于后续的分析。但是有的
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2024-10-08 12:37:13
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简介基因组分类数据库：GENOME TAXONOMY DATABASE网址：https://gtdb.ecogenomic.org/该数据库已经于2018/2020连续发表两篇Nature Biotechnology，软件于2019发表于Bioinformatcs，即可为细菌分类提供参考数据库，同时提供了物种分类、进化树构建的全套工具，绝对是服务到家的好工具。该数据库发布2年，引用700余次，瞬间
TCGA 基因ID转换 R语言
在生物信息学领域，TCGA（癌症基因组图谱）提供了丰富的基因组数据，使用 R 语言进行基因 ID 的转换是一项常见且重要的任务。在本文中，我们将深入探讨如何进行 TCGA 基因 ID 转换的相关技术细节和实现步骤。
### 版本对比
在进行 TCGA 基因 ID 的转换时，不同版本的 R 包提供了不同的功能和支持。以下是关于一些主要版本的比较以及兼容性分析的时
OrgDb库enrichGO默认gene type是entrezID，但其他OrgDb支持的类型（ENSEMBLE，SYMBOL等）都可以通过参数keyType指定。gene的ID type不一样，富集的结果也会有稍微的差异。 原gene list是entrezID，直接通过bitr转换成ensembl和symbol，分别做enrichGO。 发现entrezedID可能对应多个ENSEMBL的。
今天花了挺久时间写的一个序列提取的小程序，运行成功了，但可能在效率和实现方面存在不足，以后再改进，并希望大佬们提供宝贵的指导意见以及思路准备文件1.存放基因id号的txt文件 2.某物种的全部蛋白序列生成文件生成所需基因的序列文件代码实现一实现思路：1.将所需要的基因ID存放于列表中，gene_list 2.将全部序列的fasta文件按行存放于列表中,all_seq_list 3.获取对应基因的序
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2023-07-06 11:32:29
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基本基因表达式算法1. 个体种群【★★★】1.1. 初始种群的产生2. 适应度函数与选择【★★★★】2.1. 适应度函数和选择环境2.2. 选择3. 有修饰的复制【★★★★★】3.1. 复制和选择3.2. 变异3.3. 转座和插入序列元素3.3.1. IS转座：3.3.2. RIS转座3.3.3. 基因的转座3.4 重组3.4.1 单点重组3.4.2. 两点重组3.4.3. 基因重组4. 参考书
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2024-01-28 06:33:58
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最近做PRS评分，需要用到连锁不平衡信息，来进行位点筛选，找了好几个工具用于计算连锁不平衡，也发现了个好用的网页工具来进行查询，在这里和大家分享一下！ 地址在这，阅读原文也是这个，后面的操作都在这个网页进行的。LDlink首页先来欣赏下首页，美国NIH的癌症研究所的工具，还是比较权威的，数据来自千人基因组计划，可以分人种进行信息查询。可以看到有好几个工具可用，我一般用的是SNPclip，这个工具可
## 从tcga基因id转换为R语言代码
在生物信息学研究中，我们经常需要将TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库中的基因ID转换为R语言中使用的格式，以进行后续的数据分析和可视化。本文将介绍如何将TCGA基因ID转换为R语言代码。
### 什么是TCGA基因ID？
TCGA基因ID是指在TCGA数据库中使用的一种特定的基因标识符，用于标记基因在不同样本中的表达情况
原创
2024-06-22 03:59:57
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