BWA–MEM 算法执行局部比对和剪接性。可能会出现 query 序列的多个不同的部位出现各自的最优匹配，导致 reads 有多个最佳匹配位点。
原创
2021-06-09 23:24:16
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基因测序技术总结 作者：碱基矿工 前言什么是全基因组测序？全基因组测序，英文为Whole Genome Sequencing，简称WGS，指的是把物种细胞里面完整的基因序列，从第一个DNA开始，一直到最后一个DNA，完完整整地检测出来，并排列好。全基因测序的意义？全基因测序，理论上可以得出基因组上任何类型的突变。包含了所有基因与其的生命特征的关联信息。测序技术第一代测序技术
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2023-11-21 18:26:54
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）是甲基化研究的重要技术。尽管已经开发了一系列工具来解决由亚硫酸盐处理引起的比对问题，但尚未对最新可用工具的reads比对性能以及多种哺乳动物的生物学解释（biological interpretation）进行评估。在此基础上，本文对人、牛和猪等三种哺乳动物真实和模拟WGBS生成的14.77 billi
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2023-07-13 22:59:39
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几年前，连研究人员都不愿使用DNA来存储数据，觉得这么做太超前了，不具有任何实用价值。而在前不久，科学家宣称可以使用合适的软件和生化模块来扩展PostgreSQL，并在DNA上运行SQL，一时间关于大数据与生命科学的讨论甚嚣尘上。对大多数人而言，DNA数据存储是一项非常神奇的技术。在自然界，亿万年来，各种生物都是利用DNA携带的遗传信息来保证物种的繁衍生息。其实早在上世纪60年代，就有科学家提出了
基因技术、纳米技术、机器人技术的新潘多拉之盒即将开启，你我却毫无查觉。我们不单受到大规模杀伤性武器的威胁，还有技术知识产生的大规模杀伤力。这一邪恶的力量，正由国家力量支持的大规模杀伤性武器，转向极端的个人。——Bill Joy，BSD操作系统，Vi编辑器，Sparc微处理器设计者，Sun联合创始人及前首席科学家难以抵挡的技术1978年5月25日清晨，芝加哥大学停车场，工作人员意外发现一个邮包，收件
# R语言 载入 基因测序
作为一名经验丰富的开发者，我很高兴能够教会你如何使用R语言来载入基因测序数据。在本文中，我将向你展示整个流程，并提供每个步骤所需的代码和注释，以帮助你更好地理解。
## 流程概览
以下是载入基因测序数据的整个流程的概览：
| 步骤 | 描述 |
| ---- | ---- |
| 步骤 1 | 安装和载入必要的包 |
| 步骤 2 | 导入基因测序数据 |
|
原创
2023-11-16 06:01:57
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# R语言在基因测序中的应用
基因测序是生物医学领域中一项至关重要的技术，通过读取DNA序列，我们能够理解基因组的复杂性以及其对生物体的影响。随着高通量测序技术的快速发展，分析这些数据变得日益重要，而R语言因其优秀的统计分析能力和数据可视化功能，成为了基因测序数据分析的热门工具。
## R语言简介
R语言是一种用于统计计算和图形绘制的编程语言。它拥有丰富的包和函数，能够高效处理和分析各种类型
原创
2024-08-29 08:55:17
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易点评癌症可能是由于宿主组织被细菌和病毒感染所诱发的。而这类致癌过程背后的机制主要有两类：一类是病毒将自身遗传物质整合到宿主基因组中从而导致致癌病毒蛋白的表达，而另一类则是细菌所导致的慢性炎症引发的组织癌变。随着基因组测序技术的快速发展，快速准确的获得大量的测序信息变得越来越容易。因此，在本研究中作者利用了3025个全基因组测序的数据库和相应的RNA-seq结果来深入的解析病毒、细菌和癌症之间的新
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2023-10-08 23:15:40
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第二代测序（Next-generation sequencing，NGS）又称为高通量测序，其开创性的引入了可逆终止末端，从而实现边合成边测序，在DNA复制过程中通过捕捉新添加的碱基所携带的特殊标记来确定DNA序列。二代测序有两个重要特点：1．高通量，二代测序能一次并行对几十、几百万条DNA分子进行测序；2．读长短，测序过程随着读长增长，基因簇复制的协同性降低，会导致测序质量下降，二代测序的读长不
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2023-11-01 16:52:41
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Panel的设计其实很简单，根据实验目的来选择需要捕获的区域，我们需要做的就是把这些需要捕获的区域做成一个bed文件。下面就以BRCA1/2两个基因来举例子，一般bed都是设计在基因的CDS区，因为内含子区域往往包含很多低复杂度区域（比如重复区域），所以内含子的捕获性能往往较差，后期分析难度也高。我们需要先准备基因组注释文件，我从NCBI下载的最新版gtf文件（https://ftp.ncbi.n
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2023-12-06 17:14:30
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基因图被称为“上帝用以创造生命的语言”，但今天我们不谈上帝，不谈基因，我们谈谈基因在IT中的应用和现状。段同学的基因测序行业解决方案，非常不错，赞！推荐！近年来，基因行业快速发展，由原本的实验室内的科研项目逐步走向临床应用，计算模式从离线向在线演进，带动医疗和健康行业的发展的同时，也让基因行业迎来新时代。基因行业IT现状基因计算行业在现实中遇到了很多挑战，主要分为如下几部分：1、数据存储方面，由于
原创
2021-03-15 10:46:14
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# Python基因组测序数据组装
基因组测序是现代生物学和医学研究的重要技术之一，其核心在于对 DNA 序列的准确组装。随着高通量测序技术的发展，产生了大量的测序数据，这些数据的组装和分析成为了生物信息学中的一个热门研究领域。本文将探讨如何使用 Python 来进行基因组测序数据的组装，并提供相关的代码示例。
## 什么是基因组组装？
基因组组装是将来自 DNA 测序仪的短序列（称为 re
原创
2024-09-09 05:10:04
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基因图被称为“上帝用以创造生命的语言”，但今天我们不谈上帝，不谈基因，我们谈谈基因在IT中的应用和现状
原创
2021-07-13 15:11:17
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以一个细菌的测序数据为例子，介绍细菌基因组测序分析流程。本次实验中的细菌基因组大小为3.4M，通过illumina PE150bp测序，获得测序数据量为～800M，通过拼接得到该样本的草图基因组序列，并进行基因注释等分析。内容1 概述2 基因组de novo测序的分析 2.1 分析流程图
一、构建hvg并查看是否有MT/ERCC基因混杂情况hvg基因为高变化基因，即在各个样本中，表达量差异最为明显的基因。#highly Variable gene:简单理解sd大的
scRNA <- FindVariableFeatures(scRNA, selection.method = "vst", nfeatures = 1500)
#根据文献原图，挑选变化最大的1500个h
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2024-04-26 11:27:16
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叶绿体基因组二代测序组装（个人经验分享）前段时间，有老师咨询我关于叶绿体基因组组装的问题，虽然本人不才，但也很热心地帮了个忙。虽说中间出了一些小意外，唉唉算了还是不提了。在这里顺便就个人常用的叶绿体基因组组装思路和方法（基于二代测序），给大家作个分享。叶绿体基因组本身不大（平均不到200kb），所以使用二代测序，在高深度测序模式下，配合一个有效的参考基因组，理论上足以组装出一条完整的环状序列出来（
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2024-01-05 16:30:17
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### R语言基因测序热图制作教程
作为一名经验丰富的开发者，我将会教你如何实现“R语言基因测序热图制作”。首先，让我们整体了解一下整个流程。
#### 流程表格
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 1 | 导入数据 |
| 2 | 数据预处理 |
| 3 | 绘制热图 |
#### 具体步骤及代码
##### 步骤1：导入数据
在R语言中，首先我们需要导入基因表达
原创
2024-04-06 06:30:27
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# 基因测序与大数据分析的实现流程
基因测序与大数据分析是生物信息学的重要研究领域。对于刚入门的小白来说，了解整个流程和每一步所需的工具及段落是至关重要的。以下，我将为你详尽介绍实现基因测序与大数据分析的流程、工具和相关代码。
## 流程概述
以下是基因测序与大数据分析的流程概述：
| 步骤 | 描述 |
| ---- | ---- |
| 1. 数据获取 | 收集基因测序数据 |
| 2
【生信】全基因组测序（WGS）文章的文字/图片/代码部分/全部来源网络或学术论文，文章会持续修缮更新，仅供大家学习使用。目录1、全基因组测序(WGS) 的定义2、GWS流程2.1准备工作——分析软件2.2原始数据质控 2.3数据预处理 2.4变异检测1、全基因组测序(WGS) 的定义全基因组测序（WGS, Whole Genome Sequencing）是下一代测序技术，用于快
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2023-11-26 11:50:17
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深度测序（deep sequencing）,下一代测序（NGS），二代测序或者短读长测序（Shotr-read sequencing）在生命科学领域日趋成熟，甚至目前也发展出了单分子实时测序的第三代测序。利用测序研究生命活动的基本规律日趋重要，转录组测序，单细胞测序等等都已经成为大规模地研究基因的手段，使得研究人员可以根据数据，利用统计学的检验进行无偏见的选取目的基因。但是您可能会被那些令人生畏的
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2024-07-30 10:29:51
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