大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）是甲基化研究的重要技术。尽管已经开发了一系列工具来解决由亚硫酸盐处理引起的比对问题，但尚未对最新可用工具的reads比对性能以及多种哺乳动物的生物学解释（biological interpretation）进行评估。在此基础上，本文对人、牛和猪等三种哺乳动物真实和模拟WGBS生成的14.77 billi
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2023-07-13 22:59:39
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【生信】生物序列比对文章的文字与图片全部/部分来源网络或学术论文，文章会持续修缮更新，仅供大家学习使用。目录【生信】生物序列比对1、生物序列比对介绍2、序列比对算法基于全局匹配的算法（1）打分矩阵（2）动态规划算法 （3）Needleman-Wunsch算法基于局部匹配的算法Needleman-Wunsch算法Smith-Waterman算法Smith-Waterman算法与Needle
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2023-12-20 06:17:40
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第二章：序列比对(1)生物序列有自己的书写格式，而且格式很多。不同的处理软件会用到不同的格式，但是最常用的，大多数软件都识别的格式是 FASTA 格式。我们用一致度(identity)和相似度(similarity)这两个指标来定量描述序列有多相似。一.替换记分矩阵替换记分矩阵是反映残基之间相互替换率的矩阵。也就是说，它描述了残基两两相似的量化关系。比如图2.1 就是一个替换记分矩阵。矩阵中行和列
生物信息学资料1，常用软件，酶切位点分析
2010-04-02 8:27
一、生物信息学软件简介（一）分类 •单机分析软件，如：winplas•在线分析软件， 如：webcutter•生物学数据库，如：NCBI, DDBJ, EBI（二）意义 1.分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间。2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的
在Python中，具有相同数据类型的序列可以通过关系运算符进行比较。对序列进行比较大小，实际上就是对序列中的数据以“在字典中的顺序”（lexicographical ordering）进行比较，也就是出现在一本字典前面的数据要比后面的数据小。1 比较的方法1.1 当两个序列长度相同时对于比较两个长度相同的序列，先按照字典顺序，比较这两个序列的第一个数据值，如果能够比较出大小，则该结果即为这两个序列
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2023-05-28 18:02:44
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本文采用两个不同品种的拟南芥进行全基因组比对和变异检测。这种比对方法使得每个相对应的染色体名称都一样。并且对于两个相同物种之间存在倒位等染色体变异，它的全基因组比对过程也是类似的。两个基因组进行从头到尾的碱基水平上的全基因组比对。1.下载基因组的序列文件和参考基因组的注释文件使用gean工具进行从sdi格式转化为fasta格式。#如果没有安装GEAN，可以通过以下方式进行安装，这只是文件格式的转化
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2024-01-30 10:00:36
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在现代生物信息学中，比较基因序列相似度是一个重要的任务。Python 提供了强大的工具和库，使我们能够轻松实现这个目标。本篇文章将分步展示如何使用 Python 进行基因序列相似度比较的整个流程，包括环境准备、集成步骤、配置详解、实战应用、排错指南以及性能优化等内容。
## 环境准备
为了进行基因序列的相似度比较，我们需确保我们有合适的环境和工具。以下是版本兼容性矩阵以及多平台的安装命令。
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中学学过生物学的人都会知道，生命的奥秘在DNA，它本质上是一个由碱基对组成的长长的序列，科学家们已经在20年前把智人的完整基因测定完毕了。自然，生命的奥秘远没有解开，测定只是第一步，相当于拿到了源代码，后面要查找子序列，寻找模式，互补反向变换，比对等等。大家都希望计算机程序能加速我们对生命的了解。
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2021-07-01 10:38:24
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目录1 BIO基本介绍2 BIO工作机制 3 同步阻塞案例 4 BIO模式多发和多收消息1 BIO基本介绍 BIO是就是传统的io编程，其相关的类和接口在Java.io BIO:同步阻塞，服务器实现模式为一个线程一个连接，即客户端有连接请求时服务器端就需要启动一个线程进行
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2024-07-10 02:47:28
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介绍在分子生物学中，DNA 和蛋白质可以表示为字母序列。DNA 序列由 A、T、G、C 组成，代表核苷碱基(nucleobases) 腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶。蛋白质由 20 个不同的字母组成，表示 20 种不同的氨基酸。比较来自同一生物体或来自不同生物体的两个序列，称为 序列比较 (Sequence comparison)，是分子生物学中的一项重要任务。它有助于为许多生物学问题提供解决方
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2024-02-26 18:40:54
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一代、二代、三代测序技术简要原理及比较1.一代测序1.1 Sanger测序2.二代测序2.1.Illumina Solexa合成测序2.2.Roche 454焦磷酸测序2.3.ABI SOLiD连接法测序2.4.BGI（华大基因）：纳米球测序3.三代测序3.1.Oxford Nanopore公司：[纳米孔测序技术]3.2.Pacific Bioscience公司：[单分子实时荧光测序技术SMRT
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2024-04-04 07:04:42
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通过代码指导 Minimmap2 基因组比对和 seq-seq-pan 泛基因组比对，并在 R 中进行可视化。本教程提供了一个示例，该示例使用Heliconius butterflies中optix基因位点的两种单倍型。教程：https://stevenvb12.github.io/代码：https://github.com/StevenVB12/Tutorial_pan_genomics作者：生
原创
2024-06-23 12:52:19
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我的基因组（十一）:测序数据的比对现在比较流行的基因组比对工具是bwa和bowtie，它俩的算法不一样，但是我们不需要了解那么具体，只需要知道它可以把我们的fastq测序文件通过与参考基因组的比对生成sam格式的比对结果文件，从sam文件中，我们可以看到每条reads在参考基因组的位置，这条reads是在哪一条染色体，又是在这条染色体的哪个位置就可以一目了然。对于比对的结果，我们可以用
# 基因突变序列比对与R语言入门
在现代生物学与医学研究中，基因突变的序列比对是一个重要的分析步骤。通过分析不同个体间的基因序列差异，研究人员可以探讨遗传变异对生物体的影响。本篇文章将简要介绍如何使用R语言进行基因突变序列比对，并展示一些相关的代码示例。
## 基因突变序列的基本概念
基因突变指的是DNA序列的变化，这些变化可能导致不同的性状或疾病。序列比对是通过算法将两个或多个基因序列进行
原创
2024-10-23 04:02:59
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verilog序列生成器最少移位寄存器实现序列生成器序列生成器实现方式移位寄存器版（输入序列版）最少移位寄存器版仿真 序列生成器序列生成与序列检测都是数字电路中比较常见的电路，序列检测实现检测一个序列的是否为目标序列，序列生成 则是生成指定序列。序列生成器实现方式状态转移形（利用状态机转移，逐个输出序列值）；需要使用序列长度的状态，如果输出001011该序列则需要使用6个状态，每个状态中输出0-
欢迎关注”生信修炼手册”!由于测序仪机器读长的限制，在构建文库的过程中首先需要将DNA片段化，测序得到的序列
原创
2022-06-21 09:05:34
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做完基因组组装后，通常要评估基因组的质量，目前可以采用二三代数据比对回基因组看比对率和coverage，BUSCO，LAI等。转录组数据比对率也是我们常用的方法，通常可以排除转录组数据是否存在问题，也方便在后续注释中排除转录组数据样本的问题。 可以用HiSAT2比对来查看比对率： pe1=5_1.c ...
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2021-10-29 14:27:00
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基因序列比较设计算法，计算两给定基因序列的相似程度。人类基因由4种核苷酸，分别用字母ACTG表示。要求编写一个程序，按以下规则比较两个基因序列并确定它们的相似程度。即给出两个基因序列AGTGATG和GTTAG，它们有多相似呢？测量两个基因相似度的一种方法称为对齐。使用对齐方法可以在基因的适当位置加入空格，让两个基因的长度相等，然后根据基因的分值矩阵计算分数。基因分数表：ScoreACGT-A5-1
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2024-09-03 16:56:54
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目前，基因测序普遍使用的DNA测序仪主要基于短读长测序技术，在获得基因组
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2023-04-18 10:50:32
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近期，研究团队在Bioinformatics上发表了最新研究成果，团队开发了 wgatools——一款基于 Rust 语言的高效
