Go和KEGG富集教程前提操作步骤注释中心库 前提假设现在你已经在R官网上下载并安装好了R，并且已经有了自己的基因数据，例如一个excel表格中存放的数据。如下面这种形式。 现在需要做GO富集和KEGG的富集并生成想要的气泡或者通路图。操作步骤安装clusterProfilerif (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
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2024-01-12 11:52:54
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何为功能富集分析？功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。何为GO和KEGG？为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发了很多基因功能注释数据库，。这其中比较有名的一个就是Gene Ontology（基因本体论，GO）和Kyoto E
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2023-07-02 16:47:58
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GeneOntology富集分析是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。分析结果可以指示这个集合的基因具有什么样的功能偏好性，进而据此判断相应的生物学意义。GOEAST，去东方今天向大家推荐一款，中科院遗传所王秀杰老师组2008年发表的在线工具GOEAST，访问网站是http://omicslab.genetics.
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2024-02-25 05:02:16
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欢迎关注”生信修炼手册”!clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分
原创
2022-06-21 06:13:50
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欢迎关注”生信修炼手册”!topGO是一个专门用于做GO富集分析的R包，它默认从GO.db中读取GO的分类和
原创
2022-06-21 06:13:22
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我们的云平台上的GO富集分析工具，需要输入的文件表格和参数很简单，但很多同学都不明白其中的原理与结果解读，这个帖子就跟大家详细解释~一、GO富集介绍： Gene Ontology（简称GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表（controlled vocabulary）来全面描述生物体中基因和基因产物的属性。GO总
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2024-01-07 21:28:04
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作者 biobin
前言 关于 clusterProfiler这个 R 包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做 GO 和 KEGG 的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题： clusterProfiler做 GO 和 KEGG 富集分析的注释信息来自哪里？ GO 的注释信息来自 Bioconductor，
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2024-05-19 16:07:54
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GO和KEGG富集分析文章目录GO和KEGG富集分析@[toc]1. 将差异表达结果的基因名称转化为id2. GO富集分析3. GO圈图绘制4. KEGG富集分析5. KEGG圈图绘制1. 将差异表达结果的基因名称转化为id因为GO和KEGG分析需要用到id，所以这一步需要将基因名字转换为id。具体步骤如下：新建空白文件夹，将差异分析得到的diff.xls复制粘贴到文件夹中因为在这里只需要diff
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2023-10-03 16:43:49
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写在前面原本，我并无写这一稿件的想法。主要原因有二：网络上已有相关资料较多，尽管类似的问题天天仍然有人问再谈起 GO富集分析，距离上次已是五六年，简单来说，不想谈如果要找合理解释，那么针对第一点，就是每天仍然有大量新接触生信数据分析的朋友；针对第二点，…在前两天我推的文稿《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM…》中，评论区答应了下，阅读过5000，那就写一写富集分析。于
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2024-03-27 10:40:14
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GO是Gene Ontology的简称，是基因功能国际标准分类体系。它旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。GO分为分子功能（Molecular Function）、生物过程（Biological Process）、和细胞组成（Cellular Component）三个部分。富集分析主要用于差异基因在GO term的富集程度...
原创
2021-05-25 09:26:30
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主要目标：理解这个代码的主要的思路。想分析一下老师的这个富集分析的主要的思路是什么？ 一行一行的理解这个代码。# Get cell type mean of each gene
cellTypeMean <- t(apply(dat, 1, function(v) {
tapply(v, droplevels(factor(cellSubtypes, levels=subtypeOrder
原标题：GO/KEGG功能富集分析( 科研猫 出品：2/4)在 上一期中 给大家讲解了GO和KEGG的基本概念和内涵，并且给大家介绍了DAVID这一神奇网站。今天我们就把GO/KEGG功能富集分析的详细教程按部就班地呈现给大家。Step1：打开DAVID官网：https://david.ncifcrf.gov/点击左侧功能菜单：Functional Annotation进入到如下页面中，页面中的红
GO和KEGG富集分析是生物信息学领域中常用的技术，用于分析基因或蛋白质的功能和通路，以识别在特定条件下显著富集的生物过程和信号通路。本文将详细阐述如何使用Python进行GO和KEGG富集分析的流程，内容涵盖环境准备、分步指南、配置详解、验证测试、优化技巧与排错指南。
### 环境准备
在开始之前，我们需要确认硬件与软件的要求，以确保能够顺利运行GO和KEGG富集分析。
**软硬件要求**
GO富集分析对老师们来说想必都不陌生，几乎在任何项目中都会出现。今天就给大家介绍一款简单易学又好用的富集分析小软件---BiNGO。它是Cytoscape软件中很出色的一个插件。它提供的结果中除了文本格式的富集分析结果外，还会将结果以网络图的形式展现，非常美观。第一， 安装BiNGO插件。打开Cytoscape软件，点击选项栏“Apps”-“AppManager”，选择“BinGO”，点击“Ins
（全文约6600字）1. 富集分析1.1. 富集分析概念富集分析富集分析，本质上是对数据的分布检验，如果分布集中在某个区域，则认为富集。常用的分布检验方法有卡方检验、Fisher精确检验以及KS检验等方法。生物信息学领域的富集分析在 背景基因集(N) 下获得 一组特定基因集(S) ，S可能是基因列表，表达图谱，基因芯片等形式。在预先构建好基因注释数据库(例如GO,KEGG等)已对背景基因集(N)根
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2023-08-30 20:34:28
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DAVID提供的基因富集功能，主要是GO和KEGG分析：GO（Gene Ontology GO）分析：对上传的基因列表进行富集，从而找到和下面三类term相关的基因群：细胞组分（Cellular Component BP）：描述基因产物在细胞中的位置，例如内质网、细胞核、蛋白酶体分子功能（Molecular Function MF）：基因产物的功能，如酶的结合活性或催化活性生物学过程（Biolog
导读：之前讲了如何用筛选出的差异基因做做相关性分析。那今天我和各位小伙伴深入的讲一下：（1）如何用clusterProfiler做KEGG|GO富集条形图，气泡图；（2）如何用enrichplot做gene-GO terms|gene-KEGG pathways网络图；（3）如何用GOplot绘制gene-GO terms|gene-KEGG pathways和弦图；（4）如何用heatplot绘
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2024-08-28 21:26:04
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概念：基因富集分析是指对于给定一组基因根据基因组注释信息（GO、KEGG）对基因进行聚类分析，即给定的基因是不是GO中的一个功能（或KEGG中的一个通路）。基因的功能富集的目的是说明给定的基因集对哪些功能的影响有针对性的，不是随机影响的。原理：基因富集分析是通过研究给定的基因集在功能节点上是否过出现得到关注的基因集显著注释的功能节点。通常利用超几何分布等方法计算给定基因集在某个功能（或通路）上的P
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2023-08-18 16:00:29
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前面的课程中，我们学习了GO/KEGG功能富集分析的操作步骤，并给大家演示了如果使用R语言绘制高级气泡图。之后，同学们都非常积极地拿着代码在自己的电脑上进行操作，基本也能够顺利完成，但也有一些同学可能对R或者RStudio的操作还不是很熟悉，遇到一些R包和Rstudio操作的问题。而猎豹师兄我，作为晚期重度强迫症患者，是坚决不允许这种有人学不会的情况发生的！另外，最近几期有关挖掘GEO速成SCI文
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2023-10-25 22:24:07
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# R语言 go富集分析图实现方法
## 1. 流程概述
为了实现R语言中的go富集分析图，我们需要先对数据进行预处理，然后进行GO富集分析，最后绘制图表展示结果。下面是整个流程的步骤概要：
```mermaid
erDiagram
数据预处理 --> GO富集分析 --> 绘制图表
```
## 2. 具体步骤及代码
### 2.1 数据预处理
数据预处理主要包括数据导入和清
原创
2024-04-25 04:33:59
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