何为功能富集分析？功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。何为GO和KEGG？为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发了很多基因功能注释数据库，。这其中比较有名的一个就是Gene Ontology（基因本体论，GO）和Kyoto E
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2023-07-02 16:47:58
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GeneOntology富集分析是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。分析结果可以指示这个集合的基因具有什么样的功能偏好性，进而据此判断相应的生物学意义。GOEAST，去东方今天向大家推荐一款，中科院遗传所王秀杰老师组2008年发表的在线工具GOEAST，访问网站是http://omicslab.genetics.
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2024-02-25 05:02:16
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作者 biobin
前言 关于 clusterProfiler这个 R 包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做 GO 和 KEGG 的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题： clusterProfiler做 GO 和 KEGG 富集分析的注释信息来自哪里？ GO 的注释信息来自 Bioconductor，
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2024-05-19 16:07:54
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我们的云平台上的GO富集分析工具，需要输入的文件表格和参数很简单，但很多同学都不明白其中的原理与结果解读，这个帖子就跟大家详细解释~一、GO富集介绍： Gene Ontology（简称GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表（controlled vocabulary）来全面描述生物体中基因和基因产物的属性。GO总
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2024-01-07 21:28:04
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Go和KEGG富集教程前提操作步骤注释中心库 前提假设现在你已经在R官网上下载并安装好了R，并且已经有了自己的基因数据，例如一个excel表格中存放的数据。如下面这种形式。 现在需要做GO富集和KEGG的富集并生成想要的气泡或者通路图。操作步骤安装clusterProfilerif (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
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2024-01-12 11:52:54
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最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算，这里记录一下python包的计算方法使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways Pathways KEGG (Homo sapiens (human)) 59 17
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2023-06-29 09:42:44
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# Python单细胞GO富集实现教程
## 1. 整体流程
首先，我们需要明确整个实现过程的流程，可以用以下表格展示：
| 步骤 | 操作 |
| ---- | ---- |
| 1 | 安装必要的Python库 |
| 2 | 准备基因表达数据和GO注释信息 |
| 3 | 进行GO富集分析 |
| 4 | 可视化富集结果 |
## 2. 具体操作步骤及代码
### 步骤1：安装必要
原创
2024-07-10 06:06:20
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富集分析是生物医学论文中非常常见的一类分析，例如GO富集分析，Pathway富集分析等。其结果一般包括以下几个要素：1，名字（GO term或者KEGG description）；2，该名字中包含的基因；3，该名字中包含的基因的P值等。常见的绘图包括：气泡图，条形图。今天我们利用GOplot R包，来绘制一个弦图（chord plot）。弦图简介：下面这个圆形的、错综复杂的图就是弦图，属于圈图的一
Python集合集合（set）是一个无序的不重复元素序列。定义：是一个无序的不重复元素序列。创建：可以使用大括号 { } 或者 set() 函数创建集合，注意：创建一个空集合必须用 set() 而不是 { }，因为 { } 是用来创建一个空字典。特点：无序：输入顺序和输出顺序比一至 不重复注：s = { }#这是字典集合应用场景：去重：如列表 去重。关系测试：判断数据是否存在 交集，并集，差集 等
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2023-12-14 02:53:56
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GO和KEGG富集分析文章目录GO和KEGG富集分析@[toc]1. 将差异表达结果的基因名称转化为id2. GO富集分析3. GO圈图绘制4. KEGG富集分析5. KEGG圈图绘制1. 将差异表达结果的基因名称转化为id因为GO和KEGG分析需要用到id，所以这一步需要将基因名字转换为id。具体步骤如下：新建空白文件夹，将差异分析得到的diff.xls复制粘贴到文件夹中因为在这里只需要diff
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2023-10-03 16:43:49
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写在前面原本，我并无写这一稿件的想法。主要原因有二：网络上已有相关资料较多，尽管类似的问题天天仍然有人问再谈起 GO富集分析，距离上次已是五六年，简单来说，不想谈如果要找合理解释，那么针对第一点，就是每天仍然有大量新接触生信数据分析的朋友；针对第二点，…在前两天我推的文稿《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM…》中，评论区答应了下，阅读过5000，那就写一写富集分析。于
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2024-03-27 10:40:14
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基因是什么？ 基因编辑，是一项基础设施已经完备，未来随时可能会爆发的风口行业。其实人类对于基因的探索与改变，不是最近才有的事情，而是可以追溯到人类整个的发展史。人类从采集到农耕，从渔猎到畜牧，甚至包括精神发展，始终贯穿着人类对于基因的研究与改造。 早期，人类通过筛选杂交，得到性状表现更好的植物种子用于耕种，得到需要的动物品种用于畜牧，甚至将鲫鱼改造为金鱼，得到更美的
主要目标：理解这个代码的主要的思路。想分析一下老师的这个富集分析的主要的思路是什么？ 一行一行的理解这个代码。# Get cell type mean of each gene
cellTypeMean <- t(apply(dat, 1, function(v) {
tapply(v, droplevels(factor(cellSubtypes, levels=subtypeOrder
GO是Gene Ontology的简称，是基因功能国际标准分类体系。它旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。GO分为分子功能（Molecular Function）、生物过程（Biological Process）、和细胞组成（Cellular Component）三个部分。富集分析主要用于差异基因在GO term的富集程度...
原创
2021-05-25 09:26:30
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GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如，给定一组在特定条件下上调的基因，富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示（或未充分表示）。 富集分析工具 用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析
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2024-05-07 16:00:43
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原标题：GO/KEGG功能富集分析( 科研猫 出品：2/4)在 上一期中 给大家讲解了GO和KEGG的基本概念和内涵，并且给大家介绍了DAVID这一神奇网站。今天我们就把GO/KEGG功能富集分析的详细教程按部就班地呈现给大家。Step1：打开DAVID官网：https://david.ncifcrf.gov/点击左侧功能菜单：Functional Annotation进入到如下页面中，页面中的红
GO和KEGG富集分析是生物信息学领域中常用的技术，用于分析基因或蛋白质的功能和通路，以识别在特定条件下显著富集的生物过程和信号通路。本文将详细阐述如何使用Python进行GO和KEGG富集分析的流程，内容涵盖环境准备、分步指南、配置详解、验证测试、优化技巧与排错指南。
### 环境准备
在开始之前，我们需要确认硬件与软件的要求，以确保能够顺利运行GO和KEGG富集分析。
**软硬件要求**
DAVID提供的基因富集功能，主要是GO和KEGG分析：GO（Gene Ontology GO）分析：对上传的基因列表进行富集，从而找到和下面三类term相关的基因群：细胞组分（Cellular Component BP）：描述基因产物在细胞中的位置，例如内质网、细胞核、蛋白酶体分子功能（Molecular Function MF）：基因产物的功能，如酶的结合活性或催化活性生物学过程（Biolog
GO富集分析对老师们来说想必都不陌生，几乎在任何项目中都会出现。今天就给大家介绍一款简单易学又好用的富集分析小软件---BiNGO。它是Cytoscape软件中很出色的一个插件。它提供的结果中除了文本格式的富集分析结果外，还会将结果以网络图的形式展现，非常美观。第一， 安装BiNGO插件。打开Cytoscape软件，点击选项栏“Apps”-“AppManager”，选择“BinGO”，点击“Ins
What：什么是GO和KEGG？GO全称是Gene Ontology，它分为：细胞组分（cellular component, CC）、分子功能（molecular function, MF）、生物过程（biological process, BP），那这三者有什么关系呢？，大概就是母鸡A被养在鸡笼里，它能够下鸡蛋，但是前提是我往笼子里再放一只公鸡后才能下蛋，在这个比喻里，鸡笼就是CC，下蛋这个动
