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文献阅读：NAD+代谢相关基因在肌萎缩侧索硬化症中的预后研究

文献阅读：NAD+代谢相关基因在肌萎缩侧索硬化症中的预后研究

欢迎关注”生信修炼手册”!文章链接：https://www.frontiersin.org/articles

数据分析
数据
ci
原创 点赞0 阅读117 收藏0 评论0 2022-12-29
使用tensorflow创建一个简单的神经网络

使用tensorflow创建一个简单的神经网络

欢迎关注”生信修炼手册”!本文是对tensorflow官方入门教程的学习和翻译，展示了创建一个基础的神经网络

数据分析
tensorflow
4s
原创 点赞0 阅读212 收藏0 评论0 2022-12-28
155个GPU！多云场景下的Amber自由能计算

155个GPU！多云场景下的Amber自由能计算

基于分子动力学模拟的炼金术自由能计算是加快多种疾病的药物设计和优化的关键工具。

公有云
云平台
并行运算
转载 点赞0 阅读37 收藏0 评论0 2022-12-28
手把手教你处理illumina beadchip芯片数据

手把手教你处理illumina beadchip芯片数据

在NAD+代谢相关的文献中，使用了两批illumina beadchip的芯片数据进行分析，本文以其中一篇数据为例，详细展示该平台的数据处理流程。GSE112676包含741个样本的全血基因表达谱数据，链接如下​​https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE112676​​该数据的处理流程在以下文献中有详细描述​​https://tr

数据分析
数据
归一化
原创 点赞0 阅读13 收藏0 评论0 2022-11-30
组间差异分析就要这样可视化！

组间差异分析就要这样可视化！

在之前的文章中，我们分享了多个基因差异分析的可视化，使用的是ggpubr这个R包，ggpubr在标记p值时，可以根据指定的差异分组自动添加组间的连线，非常方便，但是无法指定添加的p值的位置，在某些时候会缺乏灵活性，今天要介绍的是另外一个R包ggsignif，其帮助手册链接如下​​https://cran.r-project.org/web/packages/ggsignif/vignettes/i

数据分析
ico
数据
原创 点赞0 阅读65 收藏0 评论0 2022-11-30
python专题 | 基础入门篇

python专题 | 基础入门篇

欢迎关注”生信修炼手册”!本文将之前发布的python基础语法以及标准库中常用模块的相关推文进行了汇总，方便

python
数据分析
基础语法
原创 点赞0 阅读23 收藏0 评论0 2022-10-21
GWAS大家都耳熟能详, TWAS又是何方神圣

GWAS大家都耳熟能详, TWAS又是何方神圣

​GWAS称之为全基因组关联分析，是研究复杂疾病遗传易感性的一种方法，已经广泛应用于各种复杂疾病中，识别到了许多与疾病相关的SNP位点，然而GWAS识别到的很多SNP位点很多位于非编码区，位于非编码区的基因，也由于连锁不平衡的存在，无法确切定位致病的候选基因。只基于gwas的结果，仅能给出候选的染色体区域。为了进一步缩小候选基因的范围，科学家们发明了很多的方法，比如根据SNP调控基因表达的思想，

数据分析
ide
数据
原创 点赞0 阅读163 收藏0 评论0 2022-10-17
MR-base:高效准确的进行孟德尔随机化研究的网站

MR-base:高效准确的进行孟德尔随机化研究的网站

​通过孟德尔随机化研究，可以基于GWAS的结果来推断不同表型之间的因果关系， 比如使用的很广泛的两样本MR分析对于暴露因素X和结局变量Y两个表型，以遗传变量G为工具变量，通过各自对应的gwas结果来推断二者的因果关系。目前gwas的公开结果很多，为了更加高效准确的进行MR分析，科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因，蛋白，代谢物，甲基化等不同水平的

数据分析
数据库
github
原创 点赞0 阅读49 收藏0 评论0 2022-10-17
孟德尔随机化研究中评估因果效应大小的方法

孟德尔随机化研究中评估因果效应大小的方法

欢迎关注”生信修炼手册”!孟德尔随机化研究借助遗传变异这一工具变量，来评估暴露因素与结局变量之间的因果效用。为了准确评估因果效应的大小，有多种方法相继被发明。本文重点看下其中常用的两种方法。1. IVWIVW全称如下Inverse-Variance Weighted称之为逆方差加权，由Burgess等提出，文章链接如下​​https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pd

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线性回归
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原创 点赞0 阅读41 收藏0 评论0 2022-10-17
GWAS做完了，下一步做什么？

GWAS做完了，下一步做什么？

​通过GWAS分析可以找出与疾病相关联的SNP位点，然而我们的根本目的是找出可能导致疾病发生的SNP位点，这些位点位于GWAS分析结果中，完成了GWAS分析之后，我们还需要借助下游分析对GWAS的分析结果进一步注释和挖掘，筛选可能致病的SNP位点。相关的注释网站和数据库很多，为了更加方便和有效的利用各种资源，科学家搭建了一个整合型的在线网站​​FUMA​​, 对应的文章发表在nature comm

数据库
数据
数据分析
原创 点赞0 阅读124 收藏0 评论0 2022-10-17
孟德尔随机化中的无效工具变量检验

孟德尔随机化中的无效工具变量检验

​两样本的孟德尔随机化研究只需要基于gwas summary数据，就可以研究暴露因素和结局变量之间的因果关系，是最广泛使用的研究手段之一。要保证MR研究结果的可靠性，需要在分析的各个环节进行有效的质控。孟德尔随机化研究中以遗传变异为工具变量，而合格的工具变量需要符合以下几个条件与暴露因素的强关联，称之为关联性假设与混杂因素相独立，称之为独立性假设只会通过暴露因素对结局变量造成影响，称之为排他性假设

数据分析
随机化
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原创 点赞0 阅读65 收藏0 评论0 2022-10-17
今天我们来聊一聊孟德尔随机化

今天我们来聊一聊孟德尔随机化

欢迎关注”生信修炼手册”!在传统的实验设计中，由于种种混杂因素的存在，我们仅仅能够分析变量之间的关联性，最典型的比如GWAS, 对于显著的位点，只能够说明这些位点和性状之间存在关联。对于了解事情发生的原因和规律而言，关联性是不够的，我们需要的是因果性。为了更好的探究因果关系，必须在实验设计和方法上加以改进。孟德尔随机化, Mendilian Randomization,  简写为MR,

数据分析
随机化
数据
原创 点赞0 阅读789 收藏0 评论0 2022-10-17
GWAS与eQTL相结合，进一步筛选疾病相关基因

GWAS与eQTL相结合，进一步筛选疾病相关基因

欢迎关注”生信修炼手册”!在GWAS分析结果中，大部分显著的SNP位点都位于非编码区，很难直接挖掘这些位点的

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原创 点赞0 阅读121 收藏0 评论0 2022-09-05
玩转基因组浏览器之VCF文件的可视化

玩转基因组浏览器之VCF文件的可视化

欢迎关注”生信修炼手册”!除了基因结构，测序深度的可视化外，IGV也可以展示基因组变异信息，支持以下两种文件

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原创 点赞0 阅读23 收藏0 评论0 2022-09-05
玩转基因组浏览器之展示RNA二级结构

玩转基因组浏览器之展示RNA二级结构

欢迎关注”生信修炼手册”!除了展示GTF, bed等常规格式的基因结构信息，IGV还可以展示RNA的二级结构

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二级
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原创 点赞0 阅读111 收藏0 评论0 2022-09-05
玩转基因组浏览器之利用IGV查找motif结合位点

玩转基因组浏览器之利用IGV查找motif结合位点

欢迎关注”生信修炼手册”!motif在基因组上结合位点的查找是生信分析中的一项基本技能，在转录因子的chip

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数据库
原创 点赞0 阅读99 收藏0 评论0 2022-09-05
玩转基因组浏览器之展示RNA_seq中的基因表达量

玩转基因组浏览器之展示RNA_seq中的基因表达量

欢迎关注”生信修炼手册”!和CNV类似，IGV也可以以热图的形式展示基因表达量的数据，要求表达量文件的格式为

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原创 点赞0 阅读63 收藏0 评论0 2022-09-05
玩转基因组浏览器之IGV进行序列比对

玩转基因组浏览器之IGV进行序列比对

欢迎关注”生信修炼手册”!除了动态的查看基因组学数据，IGV还内置了以下两个工具BlatMotif find

数据分析
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原创 点赞0 阅读82 收藏0 评论0 2022-09-05
玩转基因组浏览器之查看CNV分析结果

玩转基因组浏览器之查看CNV分析结果

欢迎关注”生信修炼手册”!在TCGA项目中，使用Affymetrix SNP 6.0芯片来分析CNV, 首先

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原创 点赞0 阅读61 收藏0 评论0 2022-09-05
机器学习专题

机器学习专题

欢迎关注”生信修炼手册”!随着人工智能的火热，机器学习和深度学习技术再一次进入了大众的视野。python的s

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机器学习
聚类算法
原创 点赞0 阅读49 收藏0 评论0 2022-09-05
使用PRSice进行多基因风险评分分析

使用PRSice进行多基因风险评分分析

欢迎关注”生信修炼手册”!PRSice是最常用的多基因风险评分软件之一，目前最新版本为v2, 官网如下htt

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原创 点赞0 阅读167 收藏0 评论0 2022-09-05
polygenic risk score:多基因风险评分

polygenic risk score:多基因风险评分

欢迎关注”生信修炼手册”!针对复杂疾病，通过GWAS研究可以识别到大量的疾病易感位点，然而这些位点绝大多数都

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原创 点赞0 阅读150 收藏0 评论0 2022-09-05
全网最完整的circos中文教程

全网最完整的circos中文教程

欢迎关注”生信修炼手册”!circos 是一款染色体相关数据的可视化软件，采用圆环的形式展示染色体上的相关信

数据库
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原创 点赞0 阅读283 收藏0 评论0 2022-09-05
KEGG数据库，除了pathway你还知道哪些

KEGG数据库，除了pathway你还知道哪些

欢迎关注”生信修炼手册”!KEGG称之为京都基因组百科全书，作为一个综合型的数据库，和NCBI类似，它也是有

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原创 点赞0 阅读75 收藏0 评论0 2022-09-05
DNA甲基化数据分析专题

DNA甲基化数据分析专题

欢迎关注”生信修炼手册”!DNA 甲基化作为重要的表观遗传学的标记，能够调控基因的表达，在生长发育和疾病相关

数据库
数据
数据分析
原创 点赞0 阅读117 收藏0 评论0 2022-09-05
突变检测数据分析专题

突变检测数据分析专题

欢迎关注”生信修炼手册”!随着NGS测序技术的发展，以WES, WGS, 靶向捕获测序为主的高通量数据分析广

数据库
数据
数据分析
原创 点赞0 阅读98 收藏0 评论0 2022-09-05
Linear Mixde Model:线性混合模型简介

Linear Mixde Model:线性混合模型简介

欢迎关注”生信修炼手册”!Linear Mixde Model, 简称LMM, 称之为线性混合模型。从名字也

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数据
线性模型
原创 点赞0 阅读241 收藏0 评论0 2022-09-05
想要进行gene prioritization分析，请看这里！

想要进行gene prioritization分析，请看这里！

欢迎关注”生信修炼手册”!通过GWAS分析可以识别到与性状关联的SNP位点，然而从生物学角度出发，我们更想了

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数据
数据分析
原创 点赞0 阅读61 收藏0 评论0 2022-09-05
使用GCTA的GREML评估SNP遗传力

使用GCTA的GREML评估SNP遗传力

欢迎关注”生信修炼手册”!评估SNP遗传力有两种方法LDSC和GREML, 本文介绍下GREML评估遗传力的

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原创 点赞0 阅读62 收藏0 评论0 2022-09-05
一文掌握inbreeding coefficient近交系数的计算

一文掌握inbreeding coefficient近交系数的计算

欢迎关注”生信修炼手册”!inbreeding coefficient，中文翻译为近交系数，近婚系数，近亲交

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数据分析
原创 点赞0 阅读185 收藏0 评论0 2022-09-05
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