GSEA定义Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分，一是已知功能的基因集 (可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义)，一是表达矩阵，软件会对基因根据其于表型的关联度(可以理解为表达值的变化)从大到小排序，然后判断基因集内每
转载
2024-07-28 14:53:34
126阅读
GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一种生物信息学的计算方法，用于确定是否存在这样一个基因集，能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异。表达谱数据里的基因数目众多，我们需要对基因进行功能注释，看哪些基因属于同一通路，以及该通路上的上调、下调情况，这就是富集分析了。例如2019年4月在Cancer cell（PMID 30991027）上发表的一篇文章中有一张主
转载
2024-01-29 21:21:31
179阅读
GSEA简介首先简单介绍一下GSEA，它是2005年在PNAS上发扬光大的方法，沿用至今，目的是看差异表达的基因在哪些基因集中富集。相比于Over-representation只关注显著差异表达的基因，GSEA分析纳入所有基因，将一些微弱但不显著的效应考虑在内。假设做了AHBA的10000个基因表达和大脑表征相关，其中300个基因经过检验是显著相关的，ORA富集分析这300个显著的基因，而GSEA
转载
2023-11-02 19:20:48
1556阅读
r语言基因富集分析GSEA是一种常用于分析基因表达数据的方法，其主要目标是判断一组预先定义的基因集合在不同条件下的表达差异。通过富集分析，研究人员能够识别出在特定条件或生物过程中显著上调或下调的基因集合，从而帮助解释复杂的生物现象。在这篇博文中，我将分享如何使用R语言进行基因富集分析GSEA，整个过程包括环境预检、部署架构、安装过程、依赖管理、服务验证和扩展部署。
### 环境预检
在开始之前
# R语言 GSEA富集分析入门指南
富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）是一种统计方法，用于确定一组基因在不同生物状态下的表达差异是否显著。在本篇文章中，我们将详细介绍如何使用R语言进行GSEA富集分析。我们分步进行，确保你能够顺利完成整个过程。
## 流程概述
下面是GSEA分析的基本流程：
| 步骤 | 描述 |
|------|------
这篇帖子其实是更新、补充、解决一下问题的。我们演示的时候都是直接提供了富集的结果文件，一般演示为了图方便，也是利用在线工具cytoscape做的。结果一伙伴最近提问有做过GO、KEGG富集的R语言帖子么，突然发现这样的内容还没有正经写过，所以这里补充一下。1、GO、KEGG分析首先我们做一下单独的GO、KEGG分析，这里我们使用的是引用很高的，基本上人人都在用的余老师的R包-clusterProf
# R语言GSEA富集分析HALLMARK教程
## 整体流程
首先，让我们看一下实现“R语言GSEA富集分析HALLMARK”的整体流程：
```mermaid
stateDiagram
[*] --> 数据准备
数据准备 --> 数据分析
数据分析 --> 结果展示
结果展示 --> [*]
```
## 数据准备
在进行GSEA富集分析之前，我们需要
原创
2024-07-05 03:58:20
1259阅读
# GSEA富集分析与HALLMARK通路的R语言实现
基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）是一种用于确定预定义基因集是否在某一条件下显著富集的统计方法。在生物信息学中，GSEA常常用于分析基因表达数据，揭示潜在的生物功能和通路。本文将介绍如何在R语言中实施GSEA富集分析，特别是HALLMARK基因集的使用。
## 什么是HALLMARK基因集
Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。 其输入数据包含两部分：一是已知功能的基因集 (可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义)；一是表达矩阵，软件会对基因根据其于表型的关联度(可以理解为表达值的变化)从大到小排序，然后判断基因集内每
转载
2023-12-02 05:52:45
420阅读
导读：之前讲了如何用筛选出的差异基因做做相关性分析。那今天我和各位小伙伴深入的讲一下：（1）如何用clusterProfiler做KEGG|GO富集条形图，气泡图；（2）如何用enrichplot做gene-GO terms|gene-KEGG pathways网络图；（3）如何用GOplot绘制gene-GO terms|gene-KEGG pathways和弦图；（4）如何用heatplot绘
转载
2024-08-28 21:26:04
610阅读
# GSEA富集分析在R语言中的实现
## 引言
基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）是一种常用的生物信息学分析方法，用于确定一组预定义的基因集合在不同生物状态（如疾病与正常样本）下是否富集。本文将详细介绍如何在R语言中实现GSEA分析，帮助刚入行的小白更好地理解整个流程。
## 流程概述
整个GSEA分析可以分为以下几个主要步骤，具体流程如
# GSEA富集分析与Hallmark Gene Sets
在生物信息学领域，富集分析是一种重要的技术，主要用于识别大量基因或其他生物标记是否在某些预定义的基因集中富集。Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）就是一种广泛使用的方法，能够帮助研究人员分析基因表达数据，并揭示潜在的生物学机制。在本篇文章中，我们将讨论如何使用R语言进行GSEA富集分析，并以Hallmar
基因表达数据分析和实验设计密不可分，总体来说，实验设计有两大类思路：一类是时间序列分析，主要思想是测定基因多个时间点的表达值，通过聚类和主成分分析等分析手段寻找调控基因，进而研究其深层机制；第二类是基因表达差异的限制性分析。 所谓
转载
2024-10-17 18:35:17
343阅读
目录1.2遗传算法简介1.2.1遗传算法概要1.2.2遗传算法的运算过程1.2.3遗传算法的手工模拟计算示例1.3遗传算法应用1.3.1各种求解方法1.3.2遗传算法特点遗传算法应用参考资料1.2遗传算法简介遗传算法是模拟生物在自然环境中的遗传和进化过程而形成的一种自适应全局优化概率搜索算法。最早由Holland教授提出，起源于60年代对自然和人工自适应系统的研究。1.2.1遗传算法概要对于一个求
转载
2023-11-11 20:57:53
161阅读
医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。前几天有小伙伴问怎么能批量进行wilcoxon检验，我立马就想到了rstatix包。然后才是for循环。接下来就演示下怎么批量进行检验。使用tidyverse系列和base R 两种方法。既然要优雅，就必须少不了tidyverse系列！这
转载
2023-08-12 14:20:52
272阅读
富集分析是生物信息分析中快速了解目标基因或目标区域功能倾向性的最重要方法之一。其中代表性的计算方式有两种：一是基于筛选的差异基因，采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其它定义的通路富集。假设背景基因数目为m，背景基因中某一通路pathway中注释的基因有n个；上调基因有k个，上调基因中落于通路pathway的数目为l。简单来讲就是比较l/k是否显著高于n/m，即上调基因中落在通路
基因富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）是一种针对全基因组表达谱芯片数据的分析方法，将基因与预定义的基因集进行比较。即综合现有的对基因的定位、性质、功能、生物学意义等信息基础，构建一个分子标签数据库，在此数据库中将已知基因按照染色体位置、已建立基因集、模序、肿瘤相关基因集和GO基因集等多个功能基因集进行分组与归类。通过分析基因表达谱数据，了解它们在特定的功
转载
2024-08-11 07:42:33
569阅读
快速目录链接GSEA分析简介分析步骤1、准备数据（1）表达数据文件（2）表型标签文件2、数据导入3、参数设置及运行4、结果分析 GSEA分析简介基因集富集分析（GSEA）是一种计算方法，用于确定一组定义好的基因是否在两种生物状态（如表型）之间显示出统计上显著的一致性差异。分析步骤首先在官网下载软件：软件下载1、准备数据使用GSEA时，可以提供四个数据文件：表达数据集文件、表型标签文件、基因集文件
转载
2024-05-08 14:57:37
420阅读
library("clusterProfiler")
library("org.Hs.eg.db")GO分析与KEGG分析GO分析需要一个基因 symbol列表，列表中为差异表达基因。一、读入数据result<- read.csv(file = "Results/gleason high vs low_DESeq2差异分析/gleason high vs low_result.csv", h
转载
2023-08-30 15:53:42
1290阅读
# R语言中GO富集后GSEA作图代码的科普
## 引言
在生物信息学领域，基因集合富集分析（Gene Set Enrichment Analysis, GSEA）是用于评估特定基因集合在不同条件下（如疾病状态或处理条件）表达变化的重要工具。本文将介绍如何使用R语言进行GO富集分析后的GSEA图表绘制，并通过代码示例详细展示这一过程。
## 1. 方法概述
在R中进行GSEA通常包括以下步
原创
2024-08-21 07:02:36
735阅读
