（全文约6600字）1. 富集分析1.1. 富集分析概念富集分析富集分析，本质上是对数据的分布检验，如果分布集中在某个区域，则认为富集。常用的分布检验方法有卡方检验、Fisher精确检验以及KS检验等方法。生物信息学领域的富集分析在 背景基因集(N) 下获得 一组特定基因集(S) ，S可能是基因列表，表达图谱，基因芯片等形式。在预先构建好基因注释数据库(例如GO,KEGG等)已对背景基因集(N)根
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2023-08-30 20:34:28
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概念：基因富集分析是指对于给定一组基因根据基因组注释信息（GO、KEGG）对基因进行聚类分析，即给定的基因是不是GO中的一个功能（或KEGG中的一个通路）。基因的功能富集的目的是说明给定的基因集对哪些功能的影响有针对性的，不是随机影响的。原理：基因富集分析是通过研究给定的基因集在功能节点上是否过出现得到关注的基因集显著注释的功能节点。通常利用超几何分布等方法计算给定基因集在某个功能（或通路）上的P
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2023-08-18 16:00:29
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何为功能富集分析？功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。何为GO和KEGG？为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发了很多基因功能注释数据库，。这其中比较有名的一个就是Gene Ontology（基因本体论，GO）和Kyoto E
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2023-07-02 16:47:58
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# Python富集分析: 深入了解数据分析的关键工具
数据分析是当今大数据时代中至关重要的技能之一。Python是一种功能强大且易于上手的编程语言，因此广泛应用于数据分析领域。在Python中，有许多用于数据分析的库和工具，其中之一是富集分析。本文将介绍Python富集分析的概念、用法和示例代码，帮助读者更深入地理解和运用这一关键工具。
## 富集分析的概念
富集分析是一种数据处理技术，旨
原创
2023-12-10 11:20:07
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GeneOntology富集分析是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。分析结果可以指示这个集合的基因具有什么样的功能偏好性，进而据此判断相应的生物学意义。GOEAST，去东方今天向大家推荐一款，中科院遗传所王秀杰老师组2008年发表的在线工具GOEAST，访问网站是http://omicslab.genetics.
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2024-02-25 05:02:16
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# Python 富集分析图：科普与实践
富集分析（Enrichment Analysis）是一种常用于生物信息学的方法，它可以帮助研究人员确定某些基因集或代谢通路在某一特定条件下是否显著富集。通过Python编程语言，我们可以使用各种库来执行富集分析，并且可视化分析结果，以便更直观地理解数据。本文将通过示例带您了解如何进行富集分析并绘制相关的图形。
## 什么是富集分析？
在生物学研究中，
原创
2024-09-03 03:46:17
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Go和KEGG富集教程前提操作步骤注释中心库 前提假设现在你已经在R官网上下载并安装好了R，并且已经有了自己的基因数据，例如一个excel表格中存放的数据。如下面这种形式。 现在需要做GO富集和KEGG的富集并生成想要的气泡或者通路图。操作步骤安装clusterProfilerif (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
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2024-01-12 11:52:54
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我们的云平台上的GO富集分析工具，需要输入的文件表格和参数很简单，但很多同学都不明白其中的原理与结果解读，这个帖子就跟大家详细解释~一、GO富集介绍： Gene Ontology（简称GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表（controlled vocabulary）来全面描述生物体中基因和基因产物的属性。GO总
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2024-01-07 21:28:04
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作者 biobin
前言 关于 clusterProfiler这个 R 包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做 GO 和 KEGG 的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题： clusterProfiler做 GO 和 KEGG 富集分析的注释信息来自哪里？ GO 的注释信息来自 Bioconductor，
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2024-05-19 16:07:54
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GO和KEGG富集分析文章目录GO和KEGG富集分析@[toc]1. 将差异表达结果的基因名称转化为id2. GO富集分析3. GO圈图绘制4. KEGG富集分析5. KEGG圈图绘制1. 将差异表达结果的基因名称转化为id因为GO和KEGG分析需要用到id，所以这一步需要将基因名字转换为id。具体步骤如下：新建空白文件夹，将差异分析得到的diff.xls复制粘贴到文件夹中因为在这里只需要diff
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2023-10-03 16:43:49
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手把手教你看KEGG通路图！亲爱的小伙伴们，是不是正关注代谢通路研究？或者你正面对数据，绞尽脑汁？小编当然不能让亲们这么辛苦，今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法，还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图?KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基因组
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2023-10-12 23:27:59
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这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway一级注释信息(big annotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的二级注释(small annotation)。「如何获取注释」算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。「辩证地看」，整张图都是pathway注释，没有具体的
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2024-05-18 13:18:18
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1. 简介 GSEA 是 2003 年提出来的一种对表达谱芯片进行分析的方法,并被编制成软件。它的主要目的就是确定预先定义的基 因集(具有相同或相似的功能,或位于同一染色体相邻位点的一群基因)在表达谱芯片结果中是否有显著性。 GSEA 分析过程分为 5 步: 1. 基因知识库的获得; 2. 根据基因表达谱数据对所有基因进行排序; 3. 计算富集得分(enrichment score,ES); 4.
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2024-05-25 22:07:48
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对于转录组分析，差异基因筛选完成后，就算是成功一大半了。接下来就可进行下游分析了。首先最常见的就是对上下调基因的富集分析了，富集分析我们之前出过一期R语言版本的：clusterProfiler：基因功能富集分析的惊喜之作这里就不再赘述了，我们介绍一款NCS文章比较喜欢的、出现率较高的功能富集工具---Metascape (https://metascape.org/gp/index.html)。图
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2023-09-15 18:32:32
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GSEA分析一、GSEA介绍二、GSEA原理2.1 数据矩阵文件2.2 GSEA计算中几个关键概念1. Ranked Gene List L的排序算法2. 计算富集得分 (ES, enrichment score).3. 评估富集得分(ES)的显著性。4. ES标准化5. 多重假设检验校正（q-value）。6. RANK7. Leading-edge subset8. LEADING EDGE
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2024-03-29 23:43:46
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在我们做完组学项目看报告时经常遇到的词儿就有“富集分析”，那到底什么是富集分析，它又是用来做什么的，以及富集分析的结果要怎么查看。今天小编就通过自问自答的方式给大家一起科普一下。1为什么要做功能富集分析？组学数据得到的差异基因或者物质非常多，面对海量数据我们无法做到挨个研究、逐一验证来把待研究现象的机制解析清楚。通过富集分析我们可以把差异基因或者物质根据其功能进行归类，这样具有相似功能的基因或者物
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2024-02-10 00:35:08
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KEGG通路富集分析是一种常用的生物信息学方法，用于分析基因组学数据中的代谢通路和相关基因表达。在这篇文章中，我们将介绍如何使用Python进行KEGG通路富集分析，以及如何利用这些分析结果进行生物学研究。
### 什么是KEGG通路富集分析？
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个综合数据库，包含了有关基因组学、化学和其他生物信息学数
原创
2024-04-22 06:57:23
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Gene Ontology(GO)分析GO分析，在MF、BP、CC三方面富集基因，分析在三方面的功能注释内，基因富集的P Value使用DAVID实现GO分析：其实操作和实现KEGG pathways分析类似GO分析得到的txt文件：每一行是一条条目（term）Category列，或者说Ontology列：共有分为CC、BP、MF三类
对应基因的细胞组分，生物学过程和分子功能三类Term
Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。 其输入数据包含两部分：一是已知功能的基因集 (可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义)；一是表达矩阵，软件会对基因根据其于表型的关联度(可以理解为表达值的变化)从大到小排序，然后判断基因集内每
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2023-12-02 05:52:45
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全网最全 KEGG 注释结果绘图，直击 SCI 绘图标注，关注我，您最好的选择！前言1. KEGG 原理KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库是系统地分析基因功能、链接基因组信息和功能信息的数据库，包括代谢通路（pathway）数据库、分层分类数据库、基因数据库、基因组数据库等。KEGG的pathway数据库是应用最广泛的代谢通路公共数据库
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2024-09-09 07:29:47
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