GO富集分析对老师们来说想必都不陌生，几乎在任何项目中都会出现。今天就给大家介绍一款简单易学又好用的富集分析小软件---BiNGO。它是Cytoscape软件中很出色的一个插件。它提供的结果中除了文本格式的富集分析结果外，还会将结果以网络图的形式展现，非常美观。第一， 安装BiNGO插件。打开Cytoscape软件，点击选项栏“Apps”-“AppManager”，选择“BinGO”，点击“Ins
何为功能富集分析？功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。何为GO和KEGG？为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发了很多基因功能注释数据库，。这其中比较有名的一个就是Gene Ontology（基因本体论，GO）和Kyoto E
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2023-07-02 16:47:58
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GeneOntology富集分析是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。分析结果可以指示这个集合的基因具有什么样的功能偏好性，进而据此判断相应的生物学意义。GOEAST，去东方今天向大家推荐一款，中科院遗传所王秀杰老师组2008年发表的在线工具GOEAST，访问网站是http://omicslab.genetics.
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2024-02-25 05:02:16
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GOplot包介绍GOplot包用于生物数据的可视化。更确切地说，该包将表达数据
原创
2023-05-02 22:23:42
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Go和KEGG富集教程前提操作步骤注释中心库 前提假设现在你已经在R官网上下载并安装好了R，并且已经有了自己的基因数据，例如一个excel表格中存放的数据。如下面这种形式。 现在需要做GO富集和KEGG的富集并生成想要的气泡或者通路图。操作步骤安装clusterProfilerif (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
in
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2024-01-12 11:52:54
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我们的云平台上的GO富集分析工具，需要输入的文件表格和参数很简单，但很多同学都不明白其中的原理与结果解读，这个帖子就跟大家详细解释~一、GO富集介绍： Gene Ontology（简称GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表（controlled vocabulary）来全面描述生物体中基因和基因产物的属性。GO总
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2024-01-07 21:28:04
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作者 biobin
前言 关于 clusterProfiler这个 R 包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做 GO 和 KEGG 的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题： clusterProfiler做 GO 和 KEGG 富集分析的注释信息来自哪里？ GO 的注释信息来自 Bioconductor，
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2024-05-19 16:07:54
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GO和KEGG富集分析文章目录GO和KEGG富集分析@[toc]1. 将差异表达结果的基因名称转化为id2. GO富集分析3. GO圈图绘制4. KEGG富集分析5. KEGG圈图绘制1. 将差异表达结果的基因名称转化为id因为GO和KEGG分析需要用到id，所以这一步需要将基因名字转换为id。具体步骤如下：新建空白文件夹，将差异分析得到的diff.xls复制粘贴到文件夹中因为在这里只需要diff
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2023-10-03 16:43:49
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# 使用R语言进行GO分析可视化的完整指南
在生物信息学领域，基因本体（Gene Ontology，GO）分析是一个重要的步骤，它帮助我们了解基因和基因产品的功能。通过R语言，你可以很方便地进行GO分析并将结果可视化。本文将为初学者提供一个详细的操作指南。
## 整体流程
在开始之前，我们首先要了解一下整个流程。下面是一个简单的步骤表：
| 步骤 | 描述
原创
2024-10-14 04:54:49
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写在前面原本，我并无写这一稿件的想法。主要原因有二：网络上已有相关资料较多，尽管类似的问题天天仍然有人问再谈起 GO富集分析，距离上次已是五六年，简单来说，不想谈如果要找合理解释，那么针对第一点，就是每天仍然有大量新接触生信数据分析的朋友；针对第二点，…在前两天我推的文稿《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM…》中，评论区答应了下，阅读过5000，那就写一写富集分析。于
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2024-03-27 10:40:14
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# 使用R语言进行Go分析结果可视化
在数据分析的过程中，如何将复杂的数据结果可视化是一项重要的任务。特别是在基因组学、生态学等领域，Go（基因本体）分析提供了一种对生物数据进行分类和描述的方法。本文将探讨如何使用R语言对Go分析结果进行可视化，并展示如何绘制甘特图和旅行图。
## 一、Go分析简介
Go分析用于识别基因组或转录组数据中的重要功能，帮助研究人员理解基因的功能和生物过程。Go分
GO是Gene Ontology的简称，是基因功能国际标准分类体系。它旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。GO分为分子功能（Molecular Function）、生物过程（Biological Process）、和细胞组成（Cellular Component）三个部分。富集分析主要用于差异基因在GO term的富集程度...
原创
2021-05-25 09:26:30
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- 为什么用 Seaborn -Seaborn 是基于 Python 且非常受欢迎的图形可视化库，在 Matplotlib 的基础上，进行了更高级的封装，使得作图更加方便快捷。即便是没有什么基础的人，也能通过极简的代码，做出具有分析价值而又十分美观的图形。Seaborn 可以实现 Python 环境下的绝大部分探索性分析的任务，图形化的表达帮助你对数据进行分析，而且对 Py
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2024-08-21 17:00:57
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主要目标：理解这个代码的主要的思路。想分析一下老师的这个富集分析的主要的思路是什么？ 一行一行的理解这个代码。# Get cell type mean of each gene
cellTypeMean <- t(apply(dat, 1, function(v) {
tapply(v, droplevels(factor(cellSubtypes, levels=subtypeOrder
文章目录一、数据可视化介绍二、matplotlib和pandas画图1.matplotlib简介和简单使用2.matplotlib常见作图类型3.使用pandas画图4.pandas中绘图与matplotlib结合使用三、订单数据分析展示四、Titanic灾难数据分析显示 一、数据可视化介绍数据可视化是指将数据放在可视环境中、进一步理解数据的技术，可以通过它更加详细地了解隐藏在数据表面之下的模式
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2024-01-11 22:21:12
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1、如何认识可视化？ 图形总是比数据更加醒目、直观。解决统计回归问题，无论在分析问题的过程中，还是在结果的呈现和发表时，都需要可视化工具的帮助和支持。
需要指出的是，虽然不同绘图工具包的功能、效果会有差异，但在常用功能上相差并不是很大。与选择哪种绘图工具包相比，更重要的是针对不同的问题，需要思考选择什么方式、何种图形去展示分析过程和结果。换句话说，可视化只是手段和形式，手段要为目的服务
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2024-01-26 10:35:30
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数据可视化：1、绘制散点图：import matplotlib;
from pandas import read_csv;
import matplotlib.pyplot as plt;
data = read_csv("C:\\PA\\5.1\\data.csv")
font = {
'family' : 'SimHei'
}
matplotlib.rc('font', **fo
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2023-12-31 21:25:17
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# Python聚类分析可视化
## 概述
本文将介绍如何使用Python进行聚类分析可视化。聚类分析是一种无监督学习方法，用于将数据样本划分为具有相似特征的多个组。通过可视化聚类结果，我们可以更好地理解数据的分布和结构。
## 流程概述
下表展示了实现“Python聚类分析可视化”的整个流程和每一步需要做的事情。
| 步骤 | 说明 |
| --- | --- |
| 1. 数据准备 |
原创
2023-09-23 19:04:10
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1. 数据分析基本流程作为非专业的数据分析人员，在平时的工作中也会遇到一些任务：需要对大量进行分析，然后得出结果，解决问题。所以了解基本的数据分析流程，数据分析手段对于提高工作效率还是非常有帮助的。首先都是存在一个要解决的问题，主要问题和预期分析目标，简单来讲就是对问题进行定义。然后才是开始收集数据、数据清洗、数据建模、数据展现、优化和重复，最后是报告撰写。1. 明确分析目的和思路：在进行数据分析
前言 目录前言Python基础综合案例（数据可视化 - 折线图可视化）json数据格式pyecharts模块介绍pyecharts快速入门数据处理创建折线图Python基础综合案例（数据可视化 - 地图可视化）基础地图使用疫情地图-国内疫情地图疫情地图-省级疫情地图Python基础综合案例（数据可视化 - 动态柱状图）基础柱状图基础时间线柱状图GDP动态柱状图绘制 Python基础综合案例（数据可
