作者 biobin
前言 关于 clusterProfiler这个 R 包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做 GO 和 KEGG 的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题： clusterProfiler做 GO 和 KEGG 富集分析的注释信息来自哪里？ GO 的注释信息来自 Bioconductor，
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2024-05-19 16:07:54
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# 使用R语言进行GO和KEGG功能富集分析
在生物学研究中，GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）功能富集分析是常用的方法，用来揭示基因或蛋白质的功能和通路信息。R语言提供了许多强大的包用来进行GO和KEGG功能富集分析，如clusterProfiler、KEGGREST等。
## 安装必要的R包
在进
原创
2024-07-11 04:57:33
398阅读
结直肠癌差异基因筛选及功能预测软件安装jdk 环境变量perlGSEACytoscapeR数据下载Cohort 英文名称 中文名称ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸润癌CESC Cervical
原创
2023-02-03 00:10:48
208阅读
原标题：GO/KEGG功能富集分析( 科研猫 出品：2/4)在 上一期中 给大家讲解了GO和KEGG的基本概念和内涵，并且给大家介绍了DAVID这一神奇网站。今天我们就把GO/KEGG功能富集分析的详细教程按部就班地呈现给大家。Step1：打开DAVID官网：https://david.ncifcrf.gov/点击左侧功能菜单：Functional Annotation进入到如下页面中，页面中的红
何为功能富集分析？功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。何为GO和KEGG？为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发了很多基因功能注释数据库，。这其中比较有名的一个就是Gene Ontology（基因本体论，GO）和Kyoto E
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2023-07-02 16:47:58
733阅读
# 单细胞Python GO和KEGG分析入门指南
作为一名刚入行的开发者，你可能对单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的生物信息学分析感到困惑。本文将通过一个简单的流程，教你如何使用Python进行GO（基因本体）和KEGG（京都百科全书基因和基因组）分析。
## 流程概览
首先，让我们通过一个流程图来了解整个分析流程：
```mermaid
flowchart TD
A[
原创
2024-07-23 10:09:28
590阅读
GO和KEGG富集分析是生物信息学领域中常用的技术，用于分析基因或蛋白质的功能和通路，以识别在特定条件下显著富集的生物过程和信号通路。本文将详细阐述如何使用Python进行GO和KEGG富集分析的流程，内容涵盖环境准备、分步指南、配置详解、验证测试、优化技巧与排错指南。
### 环境准备
在开始之前，我们需要确认硬件与软件的要求，以确保能够顺利运行GO和KEGG富集分析。
**软硬件要求**
KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 数据库是一个手工画的代谢通路的集合，包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络： 1.新陈代谢 2.遗传信息加工 3.环境信息加工 4.细胞过程 5.生物体系统 6.人类疾病 7.药物开发 PATHWAY的五种类型 仅仅第一种参考通
原创
2023-11-06 12:23:41
136阅读
欢迎关注”生信修炼手册”!对于mRNA数据，我们经常通过GO和KEGG富集分析来进行功能分析，对于miRNA
原创
2022-06-21 09:08:12
1196阅读
1.GO富集 使用orgDb 通过使用Bioconductor的AnnotationHub在线检索并抓取OrgDb。 非模式基因GO富集分析：以
原创
2022-08-31 17:00:39
1695阅读
1.GO富集 使用orgDb 通过使用Bioconductor的AnnotationHub在线检索并抓取OrgDb。 非模式基因GO富集分析：以玉米为例+使用OrgDb 在线shiny 可以选择B73_v3和v4。 玉米GO富集分析 2. KEGG富集 先使用createKEGGdb创建玉米的KEG
原创
2022-09-01 12:00:26
982阅读
上一次，我们介绍如何根据显著性snp，使用bedtools根据上下游距离，根据gff文件注释基因。这一次
原创
精选
2023-05-29 06:45:42
830阅读
前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题：clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里？ GO的注释信息来自Bio
原创
2022-06-10 22:43:42
3723阅读
目录1.基本概念2.如何构造SLR(1)分析表3.ACTION表和GOTO表的构造步骤4.冲突解决办法1.基本概念（1）按上述方法构造出的ACTION与GOTO表如果不含多重入口，则称该文法为SLR(1)文法。（2）使用SLR表的分析器叫做一个SLR分析器。（3）每个SLR(1)文法都是无二义的。但也存在许多无二义文法不是SLR(1)的。（4）LR(0)∈ SLR(1)∈无二义文法 &n
单个基因集富集分析泡泡图绘制
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2022-05-16 21:06:10
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R parallel包实现多线程，提高运行效率
并行执行Yes! Well done! Socket clusters are initialized without variables, so a_global_var wasn't found. Fork clusters take a copy of global variables, but ch
系列文章目录文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载单细胞测序流程（二）数据整理单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因单细胞测序流程（六）单细胞的细胞类型的注释单细胞测序流程（七）单细胞的细胞类型轨迹分析单细胞测序流程（八）单细胞的marker基因转化
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2023-11-09 00:56:29
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嘤不想记笔记qaq但是书只有纸质版的。为了学shiny框架做毕设qaqGITHUB地址：github-rstudio/shiny-examplesSHINY官方教程：shiny.rstudio-tutorial-lesson1书的数据下载：csv数据画图不显示：控制台运行 dev.off() / dev.new()第1章 R语言入门1.2 创建R数据<- ：赋值c() ：创建向量matrix
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2023-11-22 19:02:27
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#第九章方差分析
#需要的packages:car gplots HH rrcov multicomp effects MASS mvotlier
#单因素方差分析
#数据集来源multcomp包的cholesterol数据集
library(multcomp)
attach(cholesterol)
table(trt)
aggregate(response,by=list(tre
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2023-08-08 17:56:21
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前面的课程中，我们学习了GO/KEGG功能富集分析的操作步骤，并给大家演示了如果使用R语言绘制高级气泡图。之后，同学们都非常积极地拿着代码在自己的电脑上进行操作，基本也能够顺利完成，但也有一些同学可能对R或者RStudio的操作还不是很熟悉，遇到一些R包和Rstudio操作的问题。而猎豹师兄我，作为晚期重度强迫症患者，是坚决不允许这种有人学不会的情况发生的！另外，最近几期有关挖掘GEO速成SCI文
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2023-10-25 22:24:07
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