miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析

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对于mRNA数据，我们经常通过GO和KEGG富集分析来进行功能分析，对于miRNA数据而言，我们可以通过miRNA对应的mRNA来研究miRNA相关功能。
miRpath是一个在线网站，集成了miRNA靶基因数据库, 只需要输入感兴趣的miRNA Id, 就可以从靶基因数据库中获取miRNA对应的靶基因，然后进行GO和KEGG富集分析，网址如下

​​http://www.microrna.gr/miRPathv3/​​

该数据库中集成以下3个miRNA靶基因数据库

1. TarBase
2. TargetScan
3. microT-CDS
   

支持以下几个物种的GO和KEGG富集分析

1. Human
2. Mouse
3. D.melanogaster
4. C.elegans
5. R.Norvegicus
6. D.Rerio
7. G.Gallus
   

该数据库有以下两种使用方式

1. 正向检索

正向检索功能用于分析指定miRNA的功能，输入框如下所示

通过​​Species​​​选择对应物种，在​​Add miRNAs​​框中输入感兴趣的miRNA ID，然后选择对应的靶基因数据库即可，kegg pathway运行结果如下所示

这个结果其实就是将输入的所有miRNA的靶基因集合进行富集分析，点击​​details​​， 可以查看每个miRNA靶基因单独富集分析结果，示意如下

点击​​see genes​​, 可以查看具体的基因列表，示意如下

点击​​pathway union​​​, 通过​​show heatmap​​可以得到如下所示的热图

这种热图反应的是每个miRNA靶基因的富集分析结果，每一行代表一个miRNA, 每一列代表一个pathway, 单元格的颜色该通路下富集的p值决定。

2. 反向检索

反向检索功能用于发现调控指定的GO或者pathway下基因的miRNA, 示意如下

我们可以以miRpath作为参考，利用其他数据库或者自己构建的高质量miRNA靶基因数据来进行富集分析，从而研究miRNA相关功能。

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