MESSIA_的博客_C/C++,Java,Mysql,操作系统,Html/CSS,心得体会,C code,JAVA Code

工作三年时间节点的感悟

1.2021.06-2022.07 个人命运在时代的洪流面前一粒沙，我不应当时我们理所应当承受的，我们需要清楚的自我认知，改变的勇气和进去的决心。不可被困难和畏难困住，犯其至难，图其至上。找到自己的路，勇敢试错，快速迭代。2.2022.07-2023.04 黄色的树林里有两条路，我选择了人迹更少的一条，从此决定了一生的道路。不可浪费时间和精力，一眼就看透事物本质和用一生看透是两种截然不同的人生。3

迭代

原创 1月前 29 阅读

RNA-Seq流程练习

1.测序数据下载SRR2176358 SRR2176359 SRR2176360 SRR2176361 SRR2176362 SRR2176363 SRR2176364 SRR2176365 SRR2176366 SRR2176367 SRR2176368 SRR2176369 SRR2176370 SRR2176371 SRR2176372 SRR2176373 SRR2176374 SRR21

standard analysis

原创 2023-05-08 16:01:36 153 阅读

LINUX grep sed awk genek

LINUX grep sed awk

linux

grep

sed

awk

原创 2023-04-13 17:03:31 161 阅读

2023.02.20 正则表达式 grep sed awk

echo "print('hello world')" > hello.py把 print('hello world') 写入到文本中cat hello.pyprint('hello world')****python hello.pyhello world***echo chaoge{1..100}cahoge1 cahoge2 cahoge3 ... chaoge100echo chao

grep

sed

awk

原创 2023-02-23 21:38:14 83 阅读

Linux基础

:wq

LINUX

原创 2023-02-10 23:37:15 141 阅读

TCGA 中文核心 GO KEGG PPI

结直肠癌差异基因筛选及功能预测软件安装jdk 环境变量perlGSEACytoscapeR数据下载Cohort 英文名称中文名称ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸润癌CESC Cervical

TCGA

原创 2023-02-03 00:10:48 182 阅读

宏基因组分箱

分箱物种鉴定

bin

原创 2023-01-10 23:15:33 823 阅读

Metagenome功能注释 2023.01.08

功能注释eggnog 注释ln -s ../03.cdhit/unigene_pep.fasta## 切分序列singularity exec ../../software/MetaGenome.sif seqkit split --by-size 100000 --out-dir split unigene_pep.fasta## 登录 http://eggnog-mapper.embl.

功能注释

丰度估计

差异分析

富集分析

原创 2023-01-10 20:55:14 551 阅读 1收藏 2评论

Metagenome组装-基因预测-去冗余 2023.01.07

宏基因组数据组装及注释测序文件-组装（megahit，fq1 fq2 - A1.contigs.fa）- 基因预测（prokka，A1.contigs.fa - faa ffn）- 去冗余（cd-hit； faa ffn - all.cds.cdhit/unigene序列文件）组装## 单组数据组装singularity exec ../../softwa

组装

预测

去冗余

原创 2023-01-08 14:02:47 383 阅读

Metagenome多样性分析&差异分析 2023.01.05-01.07

多样性分析&差异分析## 准备输入biom文件ln -s ../01.taxon/out_S/S.biom## 进行alpha多样性指数计算及绘制稀释曲线singularity exec ../../software/MetaGenome Rscript ../script/diversity_alpha.R S.biom S.alpha**output：S.alpha.alpha-div

sed

数据

bc

原创 2023-01-07 15:48:59 193 阅读

Metagenome数据库构建_物种组成_丰度估计 2023.01.04

物种组成及多样性分析_数据库构建***下载数据库### kraken2 databasewget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/kraken/k2_pluspf_8gb_20210517.tar.gztar -zxvf k2_pluspf_8gb_20210517.tar.gz### bracken databasesingularity exec ../

数据库构建

丰度计算

物种组成分析

原创 2023-01-05 19:22:47 803 阅读

Metagenome宏基因组质控过滤比对去除宿主 2023.01.01-202301.04

质控过滤比对去除宿主# 云硬盘挂在100Gvirtio-disk-bxgzkldx/dev/disk/by-id/virtio-disk-bxgzkldx /data ext4 defaults 0 0# uniport数据库下载wget https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/

质控

比对

原创 2023-01-04 20:29:11 194 阅读

Metagenome宏基因组 singularity 容器安装使用 2022.12.29 -2022.01.01

export PATH=/home/ubuntu/software:$PATH #PATH=PWD:$PATHconda creat -c bioconda -n name_envs fastqc #conda子环境安装fastqcconda activate name_envs #切换到子环境 which -a fastqc #a*****Singularity 安装和使用 *****1.安

ubuntu

linux

环境变量

原创 2023-01-01 21:33:27 289 阅读 1点赞

20221102Linux_VBird

ctrl+d #终止运行中的程序ctrl+d #直接离开文字接口，相当于exitshift + pageup/pagedown #翻页g + tab tab #显示所有以g开头的指令command --help #指令基本用法，选项参数介绍man command #操作说明chmod 777 .bashrc #改变文件的权限，开启所有权限alias #命令别名设定alias lm='ls -al'

Linux

awk

sed

grep

原创 2022-12-29 09:56:17 109 阅读

20221011-R和R包安装 Rnaseq

quantificationsource("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("Rsubread") limma edgeRlibrary("Rsubread") limma edgeR失败conda install bioconductor-edgerconda install bioconductor-limmaconda install

ubuntu

bash

hive

原创 2022-10-16 22:36:11 361 阅读

1013-转录组高级分析-表达数据挖掘

perl script/support_scripts/run_TMM_scale_matrix.pl --matrix genes.TPM.not_cross_norm > genes.TMM.EXPR.matrix

rnaseq

原创 2022-10-13 22:55:34 256 阅读

20221012 R包安装定量合并表达矩阵差异表达分析

BiocManager::install("argparser") conda install r-base-core=3.6install.packages("BiocManager")BiocManager::install("Rsubread")BiocManager::install("edgeR")BiocManager::install("limma")library("Rsubrea

ubuntu

html

json

原创 2022-10-13 16:50:09 145 阅读

工作一年后的关于生活和职业的一些感悟

马上28岁了，很情形在读研的时候阅读了大量的书籍，得益于此，主要是发展心理学，明确了亲密关系的建立和职业生涯的规划，这是相当最要的，甚至是人生尺度来讲相当重要的两件事。说然说读研期间在科研上没有什么成就，受制于个人能力和当下现状的认识以及外部客观因素的制约，达到目的顺利毕业。期间乃至考研时期2017年对于生物信息学读研的想法，不过录取时因为在电脑编程上没有了解仅停留在感兴趣阶段，如果

读研

职业生涯

生物信息学

原创 2022-10-02 16:40:54 187 阅读

Merge_Exp Matrix 20220930

perl

原创 2022-09-30 21:23:45 108 阅读

生信平台搭建-20220930

Singularity安装依赖sudo apt-get update && sudo apt-get install -y \build-essential \uuid-dev \libgpgme-dev \squashfs-tools \libseccomp-dev \wget \pkg-config \git \cryptsetup-binsudo apt install bu

git

原创 2022-09-30 11:07:31 135 阅读

2022-09-27 生信平台搭建&软件安装

ubuntu

linux内核

下载安装

原创 2022-09-27 22:37:15 175 阅读

Quantification20220924-30

Quantification

python

ubuntu

封装

原创 2022-09-27 21:11:32 128 阅读

20220921-24 Mapping

sed

h5

原创 2022-09-22 13:41:31 126 阅读

20220919-20 参考基因组处理

下载和整理参考基因组1.苹果参考基因组下载地址： GitHub - moold/Genome-data-of-Hanfu-apple: FASTA files of chromosomes and genes, gff files for gene models.git clone https://github.com/moold/Genome-data-of-Hanfu-apple.g

github

git

下载地址

原创 2022-09-21 10:59:36 131 阅读

20220912-0919 测序数据下载和质控

数据

json

html

原创 2022-09-19 21:22:06 275 阅读

Rnaseq

pre-mapping

rnaseq-mapping-day1

原创 2022-08-24 22:37:44 238 阅读

Function_0629

函数声明调用定义声明--add.h定义--add.c调用--demo.c int Add(int x, int y);//函数声明int main(){ int a = 10; int b = 20; int sum = 0; sum = Add(a, b);//函数调用 printf("%d\n", sum); return 0;}//函数定义int Add(int x, i

函数定义

函数声明

递归

原创 2022-06-29 07:44:24 43 阅读

function_test 0627

判断素数？#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS 1 #include<math.h>int is_prime(int x){ int j = 0; for (j = 2; j<=sqrt(x); j++) { if (x%j == 0) return 0; } return 1;}int main(){ int i = 0;

i++

判断素数

#include

原创 2022-06-28 07:56:08 79 阅读 1点赞

function_0622库函数&自定义函数

sum_int Add(int x, int y){ int z = 0; z = x + y; return z;}int main(){ int a = 10; int b = 20; int sum = Add(a, b); printf("%d\n", sum); return 0;}库函数_ strcpy字符串拷贝 strl

#include

库函数

字符串拷贝

原创 2022-06-26 22:37:59 90 阅读 1点赞

Republic

Make the word a better place.The information is power.Free,qual and all-around development for everyone.

politic resort

原创 2022-06-19 01:32:25 45 阅读 1点赞

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宏基因组分箱

Metagenome功能注释 2023.01.08

Metagenome组装-基因预测-去冗余 2023.01.07

Metagenome多样性分析&差异分析 2023.01.05-01.07

Metagenome数据库构建_物种组成_丰度估计 2023.01.04

Metagenome宏基因组质控过滤比对去除宿主 2023.01.01-202301.04

Metagenome宏基因组 singularity 容器安装使用 2022.12.29 -2022.01.01

20221102Linux_VBird

20221011-R和R包安装 Rnaseq

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20221012 R包安装定量合并表达矩阵差异表达分析

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生信平台搭建-20220930

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