# 使用R语言进行GO和KEGG功能富集分析
在生物学研究中，GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）功能富集分析是常用的方法，用来揭示基因或蛋白质的功能和通路信息。R语言提供了许多强大的包用来进行GO和KEGG功能富集分析，如clusterProfiler、KEGGREST等。
## 安装必要的R包
在进
原创
2024-07-11 04:57:33
398阅读
系列文章目录文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载单细胞测序流程（二）数据整理单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因单细胞测序流程（六）单细胞的细胞类型的注释单细胞测序流程（七）单细胞的细胞类型轨迹分析单细胞测序流程（八）单细胞的marker基因转化
转载
2023-11-09 00:56:29
307阅读
# 使用R语言进行KEGG分析
## 介绍
在生物信息学领域，KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个非常重要的数据库和工具，用于对基因组、基因、蛋白质和代谢途径进行注释和分析。本文旨在向新手开发者介绍如何使用R语言实现KEGG分析。
## 流程图
```mermaid
flowchart TD
start(开始)
step1[下载KE
原创
2024-01-21 09:22:54
250阅读
# 使用 R 语言展示 KEGG 的完整流程
在生物信息学中，KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库是一个重要的资源，用于揭示基因组和代谢网络的功能。对于刚入行的小白来说，理解如何使用 R 语言展示 KEGG 通常涉及几个步骤。本文将详细讲解整个流程，并附上具体代码示例。
## 整体流程
以下是使用 R 展示 KEGG 的基本步骤：
#第九章方差分析
#需要的packages:car gplots HH rrcov multicomp effects MASS mvotlier
#单因素方差分析
#数据集来源multcomp包的cholesterol数据集
library(multcomp)
attach(cholesterol)
table(trt)
aggregate(response,by=list(tre
转载
2023-08-08 17:56:21
189阅读
嘤不想记笔记qaq但是书只有纸质版的。为了学shiny框架做毕设qaqGITHUB地址：github-rstudio/shiny-examplesSHINY官方教程：shiny.rstudio-tutorial-lesson1书的数据下载：csv数据画图不显示：控制台运行 dev.off() / dev.new()第1章 R语言入门1.2 创建R数据<- ：赋值c() ：创建向量matrix
转载
2023-11-22 19:02:27
55阅读
前面的课程中，我们学习了GO/KEGG功能富集分析的操作步骤，并给大家演示了如果使用R语言绘制高级气泡图。之后，同学们都非常积极地拿着代码在自己的电脑上进行操作，基本也能够顺利完成，但也有一些同学可能对R或者RStudio的操作还不是很熟悉，遇到一些R包和Rstudio操作的问题。而猎豹师兄我，作为晚期重度强迫症患者，是坚决不允许这种有人学不会的情况发生的！另外，最近几期有关挖掘GEO速成SCI文
转载
2023-10-25 22:24:07
37阅读
目录前言一、数据背景二、使用步骤1.加载所需的R包2.读入数据与处理表格3.enrichGO函数进行GO/KEGG/自定义通路的富集4.简单的可视化三、结论 前言clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、以及GSEA富集分析等，并且对富集分析结果进行可视化。这里将使用clusterProfiler包对一些数据进行GO、KEGG等富集分析，
转载
2023-08-08 09:18:17
498阅读
目录1.基本概念2.如何构造SLR(1)分析表3.ACTION表和GOTO表的构造步骤4.冲突解决办法1.基本概念（1）按上述方法构造出的ACTION与GOTO表如果不含多重入口，则称该文法为SLR(1)文法。（2）使用SLR表的分析器叫做一个SLR分析器。（3）每个SLR(1)文法都是无二义的。但也存在许多无二义文法不是SLR(1)的。（4）LR(0)∈ SLR(1)∈无二义文法 &n
## 如何在R中实现KEGG通路图
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库为生物信息学提供了丰富的生物通路、基因组数据和药物信息。在生物数据分析中，通路图的可视化能帮助我们理解生物过程。本文将带领你一步步实现R语言中的KEGG通路图。
### 实现流程
以下是实现KEGG通路图的基本流程：
| 步骤 | 描述
原创
2024-08-07 11:57:38
469阅读
# R语言KEGG富集分类
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个基因功能注释和基因组学研究的重要数据库。它提供了生物学和化学相关的基因和蛋白质的大量信息，包括基因的分类、功能注释、代谢途径等。在生物信息学研究中，我们经常需要对一组基因进行功能富集分析，以了解这些基因的功能特征。R语言提供了丰富的生物信息学库，其中包括用于KEGG富集分类
原创
2023-10-19 05:39:12
251阅读
### R语言KEGG 分类备注实现流程
为了教会你如何在R语言中实现KEGG分类备注，我将为你提供一份详细的步骤，并解释每个步骤需要做的事情以及相应的代码。
#### 步骤一：安装必要的R包
在开始之前，我们需要确保已经安装了所需的R包。在R中，我们可以使用`install.packages()`函数来安装包。以下是需要安装的包：
- `KEGGREST`：用于访问KEGG数据库的API
原创
2023-10-21 17:29:07
294阅读
×××S 2012 高级图表类型 -- 气泡图与散点图 气泡图与散点图的性质都非常类似，通常是应用在显示两个连续变量之间的相关性。例如，在销售报表中，除了单独看销售数量与销售金额之外，同时也会想要知道这两个数值之间的相关性（趋势线），同时看看有无商品是否偏离这个趋势（销售数量高却销售金额低于平均），即可应用散点图来制作图表。至于气泡图则是较散点图多纳入一组连续变量，借由此连续变量的数值来
根据KDnuggets 2017年最新调查，Python生态系统已经超过了R，成为了数据分析、数据科学与机器学习的第一大语言。本文对KDnuggets的此项调查结果做了介绍，并补充了一篇文章讲解为何Python能成为数据科学领域最受欢迎的语言。根据KDnuggets 2017年最新调查，Python生态系统已经超过了R，成为了数据分析、数据科学与机器学习的第一大语言。本文对KDnuggets的此项
转载
2024-08-23 13:12:44
31阅读
作者 杜雨 今天跟大家介绍一款任坤大神写的新包——formattable。这个包的功能很简单，但是却很具创意性，它颠覆了R语言data.frame数据表的呈现方式，允许在表格内自定义视觉化元素，比如对某一列数据进行字号、颜色、背景、以及图形化处理，整体的版式仍然保留表格的样式，但是已经具有了表和图结合的意味。关于数据框的呈现方式，R语言内目前较好的自定义呈现方式是谢益辉大神的DT包，可以 将
转载
2023-12-26 16:35:14
77阅读
本次教程的figure仍然是读者求助的图，算得上是kegg富集图的新流派。据我的调查，该图应该是基迪奥云平台之后进行了复现(仿一个网图，使用circlize包绘制圈图可视化基因集富集分析结果)。最开始也是跟着上述的帖子学习，之后自己对代码进行了改写，重新安排图形的布局，使之（在我看来）更有意义。另一个改动是增加了kegg pathway的注释信息，我在之前的帖子中也提到了如何获取这个信息，没有这个
R语言是一种十分强大的数据分析工具，可以用来对生物信息学数据进行KEGG通路分析。KEGG是一个生物信息学数据库，提供了关于生物通路和基因功能的信息。本文将介绍如何使用R语言进行KEGG分析，包括如何下载KEGG数据，如何解析数据，如何进行通路富集分析和可视化结果。
# 下载KEGG数据
首先，我们需要下载KEGG数据库中的数据，可以使用`KEGGREST`库中的`pathwayList`函数
原创
2024-06-19 06:33:08
442阅读
KEGG的简介KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。与其他数据库相比，KEGG 的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它利用图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系，这样可以使研究者能够对其关注的代谢途径有直观全面的了解。KEGG 数据库于
正态检验与R语言1.Kolmogorov–Smirnov test统计学里, Kolmogorov–Smirnov 检验(亦称：K–S 检验)是用来检验数据是否符合某种分布的一种非参数检验，通过比较一个频率分布f(x)与理论分布g(x)或者两个观测值分布来判断是否符合检验假设。其原假设H0:两个数据分布一致或者数据符合理论分布。拒绝域构造为：D=max| f(x)- g(x)|，当实际观测值D&g
转载
2023-06-20 15:18:54
228阅读
R parallel包实现多线程，提高运行效率
并行执行Yes! Well done! Socket clusters are initialized without variables, so a_global_var wasn't found. Fork clusters take a copy of global variables, but ch
