育种数据分析之放飞自我的博客

R语言迅速计算多基因评分（PRS）

GWAS分析结果中，有每个SNP的beta值、se值、P值，因为GWAS分析中将SNP变为0-1-2编码，所以这些显著的SNP的beta值为：0。

python

预测模型

安装使用

数学公式

原创 1月前 15 阅读

关于遗传力常见的误解

正确的解释：遗传力为0.4，就意味着表型变异中有40%是由基因型变异决定的。

python

方差

sed

多环境

原创 1月前 26 阅读

如何引用R语言版本以及R包版本

在分析数据时，我们需要引用R语言的特定版本，以及使用R包的版本，其实R语言中有代码可以调用，下面介绍一下。

r语言

开发语言

ci

Core

BibTeX

原创 2月前 79 阅读

GWAS软件：GEMMA的安装和使用教程

GCTA和GEMMA是GWAS分析中应用最广泛的两款软件，GCTA可以在Windows电脑下运行，而GEMMA软件只有Linux和Mac系统，这里介绍一下如何在Linux系统中安装GEMMA软件。。

python

linux

数据

github

原创 5月前 796 阅读

GWAS软件包：GAPIT3它来啦

GAPIT是一款非常老的而且非常流行的软件包，傻瓜式操作，一键出图出结果，一篮子的解决方案，是我最经常使

python

数据

github

官网

原创 6月前 192 阅读

plink分析100个性状的批量gwas分析

大家好，我是邓飞。GWAS分析时，3~5个性状是正常操作，要分析100个性状呢，手动修改参数，工作量是够了，但是

chrome

前端

数据

bash

建模

原创精选 6月前 233 阅读

配置AI围棋：Sabaki+Katago 支持复盘99围棋和野狐围棋

大家好，我是邓飞，作为一个围棋爱好者，没有自己的AI引擎是不专业的，搞起来。

人工智能

文件名

软件下载

初始化

原创 6月前 2050 阅读

vcf 文件如何修改染色体修改样本名称提取样本

大家好，我是邓飞。用到的软件是bcftools，用到的系统是Linux。

python

数据

bc

处理方法

原创精选 6月前 443 阅读

new bing的chatGPT如何解析英文论文pdf

V）来计算遗传值（EBV）和基因组遗传值（GEBV）的预测准确度。

chatgpt

pdf

python

数据

交叉验证

原创 9月前 278 阅读

ldsc python程序安装以及测试

下一章节介绍ldsc的运行教程。貌似python没有配置好。这个bug后面博客更新。

python

开发语言

github

git

软件安装

原创 10月前 208 阅读

liftOver 不同版本基因组文件相互转化

大家好，我是邓飞。前一段时间有小伙伴在星球提问：想将不同版本的SNP数据合并，不想重新call snp，想把绵羊的V2和V4版本的数据合并，具体来说，是V2转为V4然后与V4合并。我建议用liftOver软件进行处理，并许诺写篇博客介绍一下。还有小伙伴想把1.2的参考基因组，变为3.1的，问我如何处理，我还是建议用liftOver，在线网站也可以解决，但是本地编程更快一些。1. 不同基因组转换对

r语言

hg

数据

V9

原创 10月前 222 阅读

tidyverse中filter行筛选时缺失值存在的一个坑

大家好，我是邓飞，好久没有更新博客了，是因为好久没有进步了。之前我认为鲁迅说的对，他在《野草》中写道：“当我沉默着的时候，我觉得充实；我将开口，同时感到空虚”。现在确切的情况是，当我停止更新时，我感到充实和无压力，然后越来越不想更新，最后发现没有什么可写的，一旦我想写点东西，就是特别空虚，腹中空空但是又开始大腹便便，好像肚子里没东西，但是都是肉，成年人的忧伤……回到正轨，今天我用dplyr的fil

excel

powerpoint

python

数据

数据保存

原创 10月前 111 阅读

snpEFF和bedtools基因注释有何异同？

大家EFF，输入文件是vcf格式，另外，他需要基因组数据和gff创建数据库（通用的物种官网有现成的，但是推荐自定义构建，不容易出错。snpEFF，主要是下机数据，vcf数据，运算速度快，给出每个SNP的信息。

后端

数据

官网

创建数据库

原创 10月前 73 阅读

GWAS分析中的GO和KEGG富集分析

上一次，我们介绍如何根据显著性snp，使用bedtools根据上下游距离，根据gff文件注释基因。这一次

golang

数据库

sql

txt文件

包依赖

原创精选 11月前 451 阅读

win11 的winrar软件选项合并了如何展开

集成，去掉：层叠的关联菜单，然后点击确定。不习惯，想变为之前的风格。打开winrar软件。

winrar

右键

原创 2023-05-13 00:48:59 434 阅读

如何使用new bing画图--ChatGPT4.0--2023-05-05

默认是更平衡（蓝色），如果想画画，需要设置为：更有创造力（红色的颜色），就可以了！

chatgpt

搜索图

上传

原创 2023-05-06 00:35:50 1759 阅读

PRSice-2在windows系统安装教程

二进制文件，直接运行即可。核心计算文件，计算PRS。

windows

数据挖掘

linux

二进制文件

二分类

原创 2023-04-03 12:42:35 234 阅读

多个plink文件合并方法

大家好，我是邓飞，这里总结一下多个plink文件合并的问题。所以，这里也分为两种方法总结一下。

r语言

人工智能

数据

txt文件

GNU

原创精选 2023-03-26 04:30:12 991 阅读

win11更新中间多了个搜索如何去掉

今天，windows11升级后，桌面下面的地方，出现了一个搜索框，很难看：下面介绍一下如何去掉。

开发语言

搜索

右键

任务栏

原创 2023-03-18 08:58:39 1433 阅读

升级Rstudio后打不开我又退回旧版本了

然后，今天我的Rstudio打开后，是这一片空白，没有菜单，没有编程界面，什么都没有，比我的脸还干净。测试的

r语言

新版本

旧版

数据分析

原创 2023-02-26 09:10:47 460 阅读

如何使用微软bing的chatGPT

bing集合了chatGPT，今天介绍一下，如何申请加入到列表，体验一下。未来几个月，bing应该会放开chatGPT的接入，这样国内也可以用到这

新版本

知乎

好用

原创 2023-02-21 16:12:00 10000+阅读

植物育种中广义遗传力的定义

、它表示可以实现为选择响应（RR）的选择差异（SS）的比例（Falconer和Mackay，2005）。

人工智能

深度学习

多点

方差

数据

原创 2023-02-19 10:00:58 109 阅读

chatGTP的全称Chat Generative Pre-trained Transformer

入的问题自动生成答案。

transformer

人工智能

深度学习

数据

语言模型

原创 2023-02-19 10:00:30 773 阅读

基因组选择中rrBLUP的应用案例

试试chatGPT水文的过程。

r语言

开发语言

数据

代码示例

随机森林

原创 2023-02-19 10:00:26 120 阅读

第三篇：Haploview做单倍型教程3--结果解读

大家好，我是邓飞，这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。计划分为三篇文章：第一篇：Haploview做单倍型教程1–软件安装第二篇：Haploview做单倍型教程2–分析教程第三篇：Haploview做单倍型教程3–结果解读今天是第三篇。1. LDblock整体结果上图就是最常见的LDblock，该图的结果解读。2. SNP在染色体的分布最上面是SNP的物理位置，

r语言

数据分析

软件安装

原创 2023-01-28 08:08:42 181 阅读

Rstudio连接不上R语言常用解决方案

如果自己有很多R版本，可以在设置中进行定义，方法如下：上面就是几种常见的Rstudio不能链接到R语言的解决方法，希望对大家有所帮助。如果有用，欢迎三连！！！

r语言

开发语言

用户名

旧版

下载安装

原创 2023-01-28 06:09:49 437 阅读

第二篇：Haploview做单倍型教程2--分析教程

大家好，我是邓飞，这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。今天是第二篇。

r语言

数据分析

数据

数据导入

导入数据

原创 2023-01-28 06:09:37 239 阅读

GWAS分析中曼哈顿图如何显示SNP信息

GWAS分析中，曼哈顿图如何显示SNP的名称。

r语言

高亮

数据

原创 2023-01-24 10:17:58 551 阅读

2022-12版本的Rstudio它来了，它喊我升级了

从更新的方向上来看，它是想对待R语言一样对待Python，比如识别版本，比如运

python

r语言

数据分析

Python

推送

原创 2022-12-31 10:55:11 443 阅读

Haploview做单倍型教程1--软件安装

大家好，我是邓飞，这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。

java

开发语言

jar

windows系统

原创 2022-12-31 10:55:00 328 阅读

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如何引用R语言版本以及R包版本

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GWAS分析中的GO和KEGG富集分析

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PRSice-2在windows系统安装教程

多个plink文件合并方法

win11更新中间多了个搜索如何去掉

升级Rstudio后打不开我又退回旧版本了

如何使用微软bing的chatGPT

植物育种中广义遗传力的定义

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基因组选择中rrBLUP的应用案例

第三篇：Haploview做单倍型教程3--结果解读

Rstudio连接不上R语言常用解决方案

第二篇：Haploview做单倍型教程2--分析教程

GWAS分析中曼哈顿图如何显示SNP信息

2022-12版本的Rstudio它来了，它喊我升级了

Haploview做单倍型教程1--软件安装