大家好，我是邓飞。前一段时间有小伙伴在星球提问：想将不同版本的SNP数据合并，不想重新call snp，想把绵羊的V2和V4版本的数据合并，具体来说，是V2转为V4然后与V4合并。 我建议用liftOver软件进行处理，并许诺写篇博客介绍一下。还有小伙伴想把1.2的参考基因组，变为3.1的，问我如何处理，我还是建议用liftOver，在线网站也可以解决，但是本地编程更快一些。1. 不同基因组转换对
大家好，我是邓飞，好久没有更新博客了，是因为好久没有进步了。之前我认为鲁迅说的对，他在《野草》中写道：“当我沉默着的时候，我觉得充实；我将开口，同时感到空虚”。现在确切的情况是，当我停止更新时，我感到充实和无压力，然后越来越不想更新，最后发现没有什么可写的，一旦我想写点东西，就是特别空虚，腹中空空但是又开始大腹便便，好像肚子里没东西，但是都是肉，成年人的忧伤……回到正轨，今天我用dplyr的fil
大家EFF，输入文件是vcf格式，另外，他需要基因组数据和gff创建数据库（通用的物种官网有现成的，但是推荐自定义构建，不容易出错。snpEFF，主要是下机数据，vcf数据，运算速度快，给出每个SNP的信息。
上一次，我们介绍如何根据显著性snp，使用bedtools根据上下游距离，根据gff文件注释基因。这一次
集成，去掉：层叠的关联菜单，然后点击确定。不习惯，想变为之前的风格。打开winrar软件。
默认是更平衡（蓝色），如果想画画，需要设置为：更有创造力（红色的颜色），就可以了！
二进制文件，直接运行即可。核心计算文件，计算PRS。
大家好，我是邓飞，这里总结一下多个plink文件合并的问题。所以，这里也分为两种方法总结一下。
今天，windows11升级后，桌面下面的地方，出现了一个搜索框，很难看：下面介绍一下如何去掉。
然后，今天我的Rstudio打开后，是这一片空白，没有菜单，没有编程界面，什么都没有，比我的脸还干净。测试的
bing集合了chatGPT，今天介绍一下，如何申请加入到列表，体验一下。未来几个月，bing应该会放开chatGPT的接入，这样国内也可以用到这
、它表示可以实现为选择响应（RR）的选择差异（SS）的比例（Falconer和Mackay，2005）。
入的问题自动生成答案。
试试chatGPT水文的过程。
大家好，我是邓飞，这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。计划分为三篇文章：第一篇：Haploview做单倍型教程1–软件安装第二篇：Haploview做单倍型教程2–分析教程第三篇：Haploview做单倍型教程3–结果解读今天是第三篇。1. LDblock整体结果上图就是最常见的LDblock，该图的结果解读。2. SNP在染色体的分布最上面是SNP的物理位置，
如果自己有很多R版本，可以在设置中进行定义，方法如下：上面就是几种常见的Rstudio不能链接到R语言的解决方法，希望对大家有所帮助。如果有用，欢迎三连！！！
大家好，我是邓飞，这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。今天是第二篇。
GWAS分析中，曼哈顿图如何显示SNP的名称。
从更新的方向上来看，它是想对待R语言一样对待Python，比如识别版本，比如运
大家好，我是邓飞，这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。
现代遗传关联研究通常使用数万至数十万个体的数据，这些数据是全基因组数千万标记的基因分型或估算的。
虽然plink2.0已经存在好久了，但是一直用的都是plink1.9，因为语法熟悉。更主要是p：使用plink2.0软件将下面格式随便输入、输出。
大家好，我是邓飞。平时在分析时，也有时候需要将外部准备好的数据，更新到plink数据中。plink有两种格式类型，二进制文件（bed，bim，fam）在fam文件的第六列，文本文件（ped，map）在ped文件的第六列。数据量小时，可以用excel打开，直接手动增加，如果数据量大，就需要编程实现，比如R语言，Perl或者Python。其实，plink自己有一个参数，可以自动更新表型数据，只需要将所
问题来源：1. 什么是PRS分析PRS就是多基因风险评分模型，它根据GWAS已经挖掘的结果（GWAS结果，gwas summary），然后使用自己的数据，选择合适的位点，进行个体的风险得分预测。所以它的步骤：收集已有的gwas summary结果整理自己的snp分型和表型数据进行PRS计算2. 为何要加入PC1-10这里的PC是PCA，就是主成分分析的意思，PC1-10，是值PCA1，PCA2……
虽然，我早就知道GWAS分析中的effect值，就是数量遗传学的基因中的替换效应，但是一直没有
大家好，我是邓飞。今天，有老师问我一个问题，如果从一个区间匹配到另一
出图：包括PC1和PC2的散点图，以及PC1和PC2的解释百分比。
对于动植物育种而言，我之前写过PRS和MAS以及GS的关系，有老师评论
软件github地址：https://github.com/arq5x/bedtools2/比较好的介绍文档：https://w
大家好，我是邓飞。在GWAS分析中，我们挖掘到了一些显著性的位点，如何确定这
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