大家好,我是邓飞。前一段时间有小伙伴在星球提问:想将不同版本的SNP数据合并,不想重新call snp,想把绵羊的V2和V4版本的数据合并,具体来说,是V2转为V4然后与V4合并。 我建议用liftOver软件进行处理,并许诺写篇博客介绍一下。还有小伙伴想把1.2的参考基因组,变为3.1的,问我如何处理,我还是建议用liftOver,在线网站也可以解决,但是本地编程更快一些。1. 不同基因组转换对
大家好,我是邓飞,好久没有更新博客了,是因为好久没有进步了。之前我认为鲁迅说的对,他在《野草》中写道:“当我沉默着的时候,我觉得充实;我将开口,同时感到空虚”。现在确切的情况是,当我停止更新时,我感到充实和无压力,然后越来越不想更新,最后发现没有什么可写的,一旦我想写点东西,就是特别空虚,腹中空空但是又开始大腹便便,好像肚子里没东西,但是都是肉,成年人的忧伤……回到正轨,今天我用dplyr的fil
大家EFF,输入文件是vcf格式,另外,他需要基因组数据和gff创建数据库(通用的物种官网有现成的,但是推荐自定义构建,不容易出错。snpEFF,主要是下机数据,vcf数据,运算速度快,给出每个SNP的信息。
上一次,我们介绍如何根据显著性snp,使用bedtools根据上下游距离,根据gff文件注释基因。这一次
集成,去掉:层叠的关联菜单,然后点击确定。不习惯,想变为之前的风格。打开winrar软件。
默认是更平衡(蓝色),如果想画画,需要设置为:更有创造力(红色的颜色),就可以了!
二进制文件,直接运行即可。核心计算文件,计算PRS。
大家好,我是邓飞,这里总结一下多个plink文件合并的问题。所以,这里也分为两种方法总结一下。
今天,windows11升级后,桌面下面的地方,出现了一个搜索框,很难看:下面介绍一下如何去掉。
然后,今天我的Rstudio打开后,是这一片空白,没有菜单,没有编程界面,什么都没有,比我的脸还干净。测试的
bing集合了chatGPT,今天介绍一下,如何申请加入到列表,体验一下。未来几个月,bing应该会放开chatGPT的接入,这样国内也可以用到这
、它表示可以实现为选择响应(RR)的选择差异(SS)的比例(Falconer和Mackay,2005)。
入的问题自动生成答案。
试试chatGPT水文的过程。
大家好,我是邓飞,这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。计划分为三篇文章:第一篇:Haploview做单倍型教程1–软件安装第二篇:Haploview做单倍型教程2–分析教程第三篇:Haploview做单倍型教程3–结果解读今天是第三篇。1. LDblock整体结果上图就是最常见的LDblock,该图的结果解读。2. SNP在染色体的分布最上面是SNP的物理位置,
如果自己有很多R版本,可以在设置中进行定义,方法如下:上面就是几种常见的Rstudio不能链接到R语言的解决方法,希望对大家有所帮助。如果有用,欢迎三连!!!
大家好,我是邓飞,这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。今天是第二篇。
GWAS分析中,曼哈顿图如何显示SNP的名称。
从更新的方向上来看,它是想对待R语言一样对待Python,比如识别版本,比如运
大家好,我是邓飞,这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。
现代遗传关联研究通常使用数万至数十万个体的数据,这些数据是全基因组数千万标记的基因分型或估算的。
虽然plink2.0已经存在好久了,但是一直用的都是plink1.9,因为语法熟悉。更主要是p:使用plink2.0软件将下面格式随便输入、输出。
大家好,我是邓飞。平时在分析时,也有时候需要将外部准备好的数据,更新到plink数据中。plink有两种格式类型,二进制文件(bed,bim,fam)在fam文件的第六列,文本文件(ped,map)在ped文件的第六列。数据量小时,可以用excel打开,直接手动增加,如果数据量大,就需要编程实现,比如R语言,Perl或者Python。其实,plink自己有一个参数,可以自动更新表型数据,只需要将所
问题来源:1. 什么是PRS分析PRS就是多基因风险评分模型,它根据GWAS已经挖掘的结果(GWAS结果,gwas summary),然后使用自己的数据,选择合适的位点,进行个体的风险得分预测。所以它的步骤:收集已有的gwas summary结果整理自己的snp分型和表型数据进行PRS计算2. 为何要加入PC1-10这里的PC是PCA,就是主成分分析的意思,PC1-10,是值PCA1,PCA2……
虽然,我早就知道GWAS分析中的effect值,就是数量遗传学的基因中的替换效应,但是一直没有
大家好,我是邓飞。今天,有老师问我一个问题,如果从一个区间匹配到另一
出图:包括PC1和PC2的散点图,以及PC1和PC2的解释百分比。
对于动植物育种而言,我之前写过PRS和MAS以及GS的关系,有老师评论
软件github地址:https://github.com/arq5x/bedtools2/比较好的介绍文档:https://w
大家好,我是邓飞。在GWAS分析中,我们挖掘到了一些显著性的位点,如何确定这
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