育种数据分析之放飞自我的博客

统计遗传学：第二章，统计分析概念

大家好，我是飞哥。前几天推荐了这本书，可以领取pdf和配套数据代码。这

python

数据挖掘

人工智能

数据

方差

原创点赞0 阅读23 收藏0 评论0 2 天前

统计遗传学：第一章，基因组基础概念

大数据

数据

数据分析

多态性

原创点赞0 阅读17 收藏0 评论0 3 天前

如何运行plink软件--三种方法

有小伙伴问我：同样的问题还有：你以为plink软件像word或者Excel一样？或者你以为plink软件cs.org/plink/1.9/下载到本地，解压即可。比如windows系统，解压下如下：很多人都是先在windows键找到cmd，然后再进入相关文件夹，其实有个简单的方法：

linux

运维

服务器

帮助文档

git

原创点赞0 阅读38 收藏0 评论0 16 天前

R语言中交集，并集，补集，差集的方法：向量和数据框

交集、并集、补集、差集，这些在R语言中如何实现呢，这篇博客介绍一下。首先，模是目标区域# 并集un

r语言

开发语言

数据

并集

测试数据

原创点赞0 阅读128 收藏0 评论0 2022-05-25

统计学习心法：万物皆可回归，有时可以分类

在一个更大的框架下学习，就像是提升了一个维度，好比你之前在二维世界中，只有前后左右，你不断的探索，不断的画平面圈，有

回归

机器学习

数据分析

回归分析

数据

原创点赞0 阅读27 收藏0 评论0 2022-05-15

R语言批量方差分析的tidyverse版本

最近在学习tidyverse，批量方差分析之前都是用for循环，然后用formula处理模型，再把结果保存为list的形

r语言

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数据挖掘

数据

方差分析

原创点赞0 阅读48 收藏0 评论0 2022-05-15

光阴易逝，所以批量管理包{pacman}

r语言

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xml

github

自动安装

原创点赞0 阅读65 收藏0 评论0 2022-04-30

Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式

有时候，我们会遇到Excel格式的基因型数据，这篇博文介绍一下如何手动转为plink格式。可以在Excel中整理，也可以在R语言中整理。数据量少的话，就在Excel中整理，数据量大的话，就在R语言中整理就行。主要思路是根据plink的格式特点，针对性的满足，然后导出，就可以了。1. Excel中的基因

r语言

数据

数据分析

原创点赞0 阅读85 收藏0 评论0 2022-04-18

颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的

开发语言

github

数据

ide

原创点赞0 阅读76 收藏0 评论0 2022-04-14

2022最新教程 | windows系统中vscode配置R语言

VScode配置R语言一直在Rstudio中编写R语言程序，这里，想用VScode进行R语言的编写，毕竟除了R语言，还要编写Python，Shell，Julia等语言，Vscode是通用的平台。这里，我下载的都是最新版的R和Vscode（2022-04-07）。1. 下载R语言4.1.3https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ 默认安装就行，这里不勾

python

r语言

快捷键

原创点赞1 阅读633 收藏1 评论0 2022-04-11

GWAS可视化1 | QQ图和曼哈顿图是嘛意思？

GWAS分析，QQ图和曼哈顿图是标配，可以这两个图具体是什么意思？怎么判断好坏，且听我一一道来。 GWAS可视化1 | QQ图和曼哈顿图是嘛意思？GWAS分析中，会有一个结果，每个SNP的P值，可以根据这个值，以及SNP的染色体和物理位置，进行作图。常见的图是QQ图和曼哈顿图。比如：什么是QQ图QQ图，全称quantile-quantile plot，又称为分位图它是判断模型假阳性、

机器学习

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均匀分布

数据

位图

原创点赞0 阅读38 收藏0 评论0 2022-03-23

遗传进展系列 | 1. 回归系数相关系数遗传力的关系

大家好，我是飞哥。前几天群里有老师问如何计算遗传进展？怎么根据公式计算遗传进展？遗传进展不同的元素是怎么来的？如何手动计算遗传进展？如何使用软件计算遗传进展？我计划写几篇博客总结学习一下：回归系数和相关系数以及遗传力的关系遗传进展不同元素的解释及公式推导如何

回归

数据挖掘

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数据

公式推导

原创点赞0 阅读72 收藏0 评论0 2022-03-17

GGEBiplotGUI软件包如何安装？

我的版本：windows64R4.1.1默认GGEBiplotGUI是不能直接在CRAN中安装的，这里介绍一下如何安装这个包。之前写过一篇博客，

r语言

开发语言

github

数据

原创点赞0 阅读149 收藏0 评论0 2022-03-17

Typora教程3 | Markdown语法简单教程

重新温习一下Markdown的语法，并记录一下，写一个简单的教程。教程格式：在代码块中写原始的markdown通过截图的形式，展示Typora的结果用的风格是：Dyzj-light1. 标题用#放在前面，后面用空格间开，一个#就是一级，二个#就是两级

人工智能

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知乎

空心字

原创点赞0 阅读41 收藏0 评论0 2022-03-17

Typora教程2 | 偏好设置

这里，将默认的设置进行修改，方便写作。进入偏好设置：1. 支持内联公式默认情况下，行内的转义公式，是不显示的，如：勾选相关内容：勾选后，显示如下2. 代码块显示行号处理前：处理后：3. 公式编号...

开发语言

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代码块

转义

原创点赞0 阅读84 收藏0 评论0 2022-03-17

Typora教程1 | Typora如何设置主题

1. 打开Typora软件2. 打开设置文件–> 偏好设置3. 查看Typora的主题风格点击外观，点击获取主题会弹出官网的主题：https://theme.typora.io/因为我经常写中文的博客，所以要用一个中文的Style：https://theme.typora.io/theme/dyzj/4. 下载主题默认的Do

开发语言

数据分析

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线性模型

原创点赞0 阅读690 收藏0 评论0 2022-03-17

要升级win11吗？电脑变板砖的那种

去年，安耐不住，在电脑系统不断提醒我可以升级的情况下，我九点了升级，重启了几次，就升级成功了。我的win11桌面很漂亮，虽然用法有些区别，但是不影响。早起噩梦早上，我打开电脑，告诉我不支持人脸解锁了，也不支持pin解锁了，需要输入密码，在我将所

网络

重启

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恢复出厂设置

原创点赞0 阅读105 收藏0 评论0 2022-03-17

从数量遗传学角度介绍为何结婚要拿彩礼钱

彩礼钱，是结婚时男方给女方的钱。这里有两点：钱男方给女方俗话说：“父挫，挫一个；母挫，挫一窝”，意思是父亲影响子女，是单个影响的，而母亲影响子女，是成窝影响的。因为，从遗传的角度，子女各继承父母一半的遗传，不只是从遗传的角度（生）

人工智能

协方差

方差

数据

原创点赞0 阅读14 收藏0 评论0 2022-02-16

初体验 | 购买激活Typora软件

1. 下载官网地址：https://typora.io/2. 安装下载exe文件到本地双击安装：安装好之后打开：初次打开，有15天试用。3. 购买点击购买，弹出网页看起来是14.99美元，可以用支付宝购买。填写填写好的信息，可以看到一共89元，点

开发语言

激活码

支付宝

数据分析

原创点赞0 阅读348 收藏0 评论0 2022-02-16

BLUP育种值如何计算准确性

大家好，我是飞哥。育种值的准确性是什么呢？为何要计算育种值的准确性呢？育种值的准确性的大小可以

概率论

算法

机器学习

方差

数据

原创点赞0 阅读89 收藏0 评论0 2022-02-16

GWAS中最少需要的SNP标记个数计算方法

GWAS和GS分析中，都有一个假定：假定至少有一个SNP标记与所控制性状的QTL（基因）处于连锁不平衡状态（LD），那怎么满足这个条件呢，就需要覆盖全基因组的标记，需要计算群体LD的衰减距离，进而计算进行GWAS分析时所

GWAS

原创点赞0 阅读17 收藏0 评论0 2022-02-16

虎年起点：两个100万

明天就要上班了，今天最后一天假期，看我的和科学网，浏览量都达到了100万，记录一下，也立一个新的目标。：阅读量100万+科学网：100万+写博客的初衷2015年毕业后参加工作，因为经常根据客户的问题进行学习，就把相关的

程序人生

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原创点赞0 阅读21 收藏0 评论0 2022-02-16

R语言列表输出到本地简单粗暴的方法

有时候，我的结果是一个list，不能转化为data.frame数据框，强行用数据框函数输出，结果就变化了，比如：fwrittackove

r语言

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数据分析

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原创点赞0 阅读119 收藏0 评论0 2022-02-16

如何查找某个物种的基因组大小

今天，一位老师问我一个问题：猪的基因组大小是多少？我知道大约是2.5Gb，但是怎么查找呢？这里面猪的基因组大小为：2458.Mb5. 试试猫的基因组大小基因组

其他

数据分析

官网

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原创点赞0 阅读67 收藏0 评论0 2022-02-16

R语言列筛选的方法--select

下面，介绍一下R语言中修改列名及筛选列的方法。1. 数据描述数据来源是我编写的R包le

r语言

开发语言

数据

环境变量

原创点赞0 阅读327 收藏0 评论0 2022-02-16

win11电脑上如何设置微信双开（打开两个微信）

下面介绍一下方法。1. 找到启动地址1.1 找到的快捷键图标：1.2 选中点击鼠标右

微信

微信双开

win11

打开两个微信

快捷键

原创点赞0 阅读1692 收藏0 评论0 2022-02-16

R语言行筛选的方法--filter

下面介绍一下R语言中行筛选的方法，主要介绍filter函数目录标题1. 数据2. 生成ID列和类型3. 提取effect大

r语言

开发语言

数据

转义

原创点赞0 阅读587 收藏0 评论0 2022-02-16

GCTA学习8 | GCTA计算多性状遗传力和遗传相关

快速阅读目录 1. GCTA计算两性状遗传相关常用参数1.1 --reml-bivar（必须）1.2 --remlA计算G矩阵，和

r语言

人工智能

开发语言

数据

方差

原创点赞0 阅读158 收藏0 评论0 2022-02-16

GCTA学习6 | GCTA计算GRM矩阵（kinship矩阵）

GRM矩阵，全称：genetic relationship matrix (GRM)。GCTA计算GRM有两种方法默认的Yang，–make-g

矩阵

线性代数

r语言

逆矩阵

三元组

原创点赞0 阅读39 收藏0 评论0 2022-02-16

GCTA学习7 | 计算单性状遗传力和标准误

快速阅读目录 1. GCTA计算单性状遗传力常用参数1.1 --reml（

r语言

数据

方差

迭代

原创点赞0 阅读90 收藏0 评论0 2022-02-16

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