集成学习（Ensemble）相关概念及算法（Adaboost，Bagging，Stacking）集成学习简介集成学习（Ensemble）指的是，instead of 用一个单一的精密的高效能的学习器对数据进行处理，我们采用多个weak learner进行学习，并且通过一定的手段将这些weak learner的结果进行整合，得到最终需要的结果。当然，虽然叫做weak learner，实际上只是相对于
Ensemble IDEnsemble ID 是Ensembl 数据库使用的ID标识符，用于标识不同的分子特征，如基因，转录本，外显子，蛋白。大多数据库都有一套自己的ID命名。ID 主要是为消除歧义，在特征注释或数据库更新时也能保持一致。不像人为命名的分子名字，如基因名字那样可能发生改变。就类似于我们的身份证号, 名字方便于平常的交流使用，ID是独一无二的。ID 格式Ensemble ID 个格式
1.集成学习简介集成学习是通过构建并结合多个学习器来完成学习任务，这些学习器被称为“个体学习器”，不同的个体学习器 和 这些个体学习器的不同的集成方式决定了不同的集成学习方法。如果个体学习器都是从某一种学习算法从训练数据中产生，则称这样的集成学习是同质的，此时的个体学习器也称作基学习器，相应的学习算法称作基学习算法；如果个体学习器是从某几种学习算法从训练数据中产生，则称这样的集成学习是异质的强可学
ensemble组合方法1、ensemble概念通过聚合多个分类器的预测来提高分类的准确率，这种技术称为组合方法(ensemble method) 。组合方法由训练数据构建一组基分类器，然后通过对每个基分类器的预测进行权重控制来进行分类。Ensemble技术在数据挖掘的三个方向：1.在样本上做文章，基分类器为同一个分类算法，主要的技术有bagging，boosting；2.在分类算法上做工作，即用
首先，所有的以及人特异性的序列的转录因子的结果都已经出来了，这次想要按照重复家族，来试图解释：（1）我们已经有人表达特异性的基因和转录因子的数据集（师姐之前给过我）（2）不同的重复序列家族，结合的转录因子是否相同（从整体上看，也许也有一些文献的证据）（3）有否存在特异性的和插入序列家族结合的转录因子（如果有，有什么功能，是否也是人特异性的）一、提取不同家族的比对的结果刚刚看了一下，也许是需要重新的
要点尽管在宏基因组学分类方面有新进展，但是从宏基因组学数据重建微生物物种仍然具有挑战性。来自Nature Biotechnology 的一项最新研究开发了用于宏基因组分箱（VAMB）的变体自动编码器，该程序使用深度的变体自动编码器在聚类之前对序列丰度和k-mer分布信息进行编码。结果表明VAMB能够集成这两种不同的数据类型，而无需事先了解数据集。 VAMB的表现优于现有的最新Binner
本教程向您介绍如何用CorelDRAW实现表格的制作。我们在制作一些简单的表格时常会用到，但它确实没有专业的表格软件那么的方便，因为用cdr会涉及到合并单元格的问题，这里将介绍三种在cdr实现表格的方法。利用图纸工具制作表格1、在工具箱中选择“图纸工具”，开始绘制之前先要设定表格的行数和列数，在属性栏的右上角设置“图纸的行数和列数”。2、设置完毕，绘制“表格”，在窗口里从左上角往右下角拉动，在表格
文章目录RNA-seq 相关概念RNA-Seq转录组(transcriptome)RNA种类可变剪切体(Alternative splicing isoform)junction readsRead countRPKMFPKM安装软件安装miniconda添加channel创建虚拟环境查看虚拟环境搜索bioconda镜像中的软件安装相关软件 RNA-seq 相关概念RNA-Seq具体来说，首先对
NCBI、UniProt、RCSB PDB三个数据库是在生物医学领域非常重要的数据库。本帖主要为自己学习记录，可供大家学习参考。目录一、简介与网址1.NCBI2.UniProt1）UniProtKB2）UniRef3）UniParc3.RCSB PDB二、操作使用1.PDB中，找蛋白晶体结构2.蛋白/多肽序列比对2.1网页版 2.2软件版一、简介与网址1.NCBI 网址：htt
1.基本GFF和GTF是两种最常用的数据库注释格式，基因注释文件。GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释，对染色体上的基因进行标注。//我这里关注的主要是GTF文件。2.格式以tab键分割为9列：seq_id：染色质名称；source：注释团队；type: 注释信息的类型
假设我们想搜具有某种功能的一类基因，比如具有激酶活性的基因，我们应给怎么办呢？gene ontology（http://www.geneontology.org/）,可以大致翻译为基因注释的数据库就可以帮上忙了。个人理解对于本体（ontology）的解释就是最终认识，即对于以前的不明了和不方便的基因的注释来联系起来，最终让生物学家方便的搞科研。下面摘抄了在生物统计学家园网站上的三个帖子
Ensemble（ ensembl.org网站是常用真核生物参考基因组来源之一 ）能够对人类基因自动进行注释，包括人类，小鼠，斑马鱼，猪和大鼠等，也包括来自HAVANA的人工注释信息。Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发种能够对真核生物基因组进行自动注释(automatic annotation)并加以维护的软件系统。该计划由英国Sanger研究所Wellcome基
基因融合指的是两个或者多个基因的部分序列结合到一起形成了一种新的基因。随着高通量测序的发展，我们可以利用二代测序的数据来鉴定出发生在不同疾病当中的融合基因，所以也就出现了很多来寻找融合基因的数据库。今天就来给大家介绍几个融合基因查询的数据库。 TumorFusions(https://www.tumorfusions.org/)提到高通量测序的数据，肯定是绕不开TCGA的数据库。那么庞大的测序量
简介：Enigma Virtual Box 虚拟文件打包系统（Windows 环境）可以将您的程序和配套文件打包成一个可执行文件，而没有任何效率的损失，配套文件也不会被释放至硬盘。本项功能有独立的免费应用程序，同时支持 X86 和 X64 二进制文件。Enigma Virtual Box 文件打包系统是创建简化程序的理想应用。 软件介绍：Enigma Virtual
https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html https://github.com/Ensembl/ensembl-vep 输入一些variant的名字，出来一些注释结果。 注释结果： #Uploaded_variation Loca
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2021-01-21 22:11:00
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美国国家健康与营养调查（ NHANES, National Health and Nutrition Examination Survey）是一项基于人群的横断面调查，旨在收集有关美国家庭人口健康和营养的信息。 地址为：https://wwwn.cdc.gov/nchs/nhanes/Default.aspx 数据库有5个信息栏：DEMO：人口统计学DIET: 饮食EXAM: 检查 LAB: 实验
【1】Science China:Life Sciences：研究建立高效制备基因编辑猪技术体系2022年3月30日报道，近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所动物基因工程与种质创新科技创新团队联合深圳农业基因组研究所动物基因组研究中心，成功建立了一种名为报告RNA富集的双引导RNA核蛋白（RE-DSRNP）的高效编辑技术体系，可用于快速制备无外源DNA基因编辑克隆猪，并利用该体系首次成功获得了
Ensemble 对于学习生物信息学的我们来说应该是如数家珍了，但是我们平时常用到的操作一般是去查基因，下载基因组，这些都是通过网页端来完成：http://uswest.ensembl.org/index.html上面网页展示的就像大家进入某宝商店中的商品展示图，而真正的货物是存放在仓库的。Ensemble 则是将其“货物”是存
原创
2022-03-08 16:04:56
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真核生物基因组中的重复序列及其特点按照真核生物的DNA序列在基因组中的重复程度，大致上可以分为单一序列和重复序列两大类。1.单一序列单一序列（unique sequence ）是复性最慢的部分，一般由单一拷贝基因或仅重复数次的基因组成，也可称为单拷贝序列（single copy sequence ）。原核生物的大多数基因在单倍体中都是单拷贝的。单一序列最重要的功能是编码蛋白质，除极少数蛋
下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/windowmasker/在这个目录下其中windowmasker 为linux 平台的可执行文件windowmasker 只需要根据基因组序列本身，就可以识别并标记高重复序列和低复杂度序列，其有两种工作模式， 第一种为WinMasker模式， 用于识别重复序列；第二种为DUST模式，用于识别低复杂度序列；w
