首先，所有的以及人特异性的序列的转录因子的结果都已经出来了，这次想要按照重复家族，来试图解释：（1）我们已经有人表达特异性的基因和转录因子的数据集（师姐之前给过我）（2）不同的重复序列家族，结合的转录因子是否相同（从整体上看，也许也有一些文献的证据）（3）有否存在特异性的和插入序列家族结合的转录因子（如果有，有什么功能，是否也是人特异性的）一、提取不同家族的比对的结果刚刚看了一下，也许是需要重新的
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2024-07-11 14:41:42
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研究需要，得找出差异表达基因列表中的转录因子。列表长度上百，适合批量查询。经过同学提醒，在 Genecards 上可以查询到一个基因是否为转录因子，就着这个线索，我在 Genecards 基因页面中发现其利用了 HPA (human protein atlas) 的数据。顺藤摸瓜找到了 Protein class 这个字段，其中的元素用逗号隔开的，如果元素中含有 Transcription fac
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2021-02-27 10:14:18
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为什么要研究转录因子结合的顺式作用元件真核生物转录起始过程十分复杂，往往需要多种蛋白因子的协助，转录因子与RNA聚合酶Ⅱ形成转录起始复合体，共同参与转录起始的过程。根据转录因子的作用特点可分为二类；第一类为普遍转录因子,它们与RNA聚合酶Ⅱ共同组成转录起始复合体时，转录才能在正确的位置开始。除TFⅡD以外，还发现TFⅡA，TFⅡB，TFⅡF，TFⅡE，TFⅡH等，它们在转录起始复合体组装的不同阶段
写笔记的目的一是加深对论文的理解，二是便于日后回顾。标题：Urban Traffic Prediction from Spatio-Temporal Data Using Deep Meta Learning简介：KDD 2019的论文，考虑了节点和边的元信息来做预测。解决的问题：已有的ST模型大体包括特征提取模块、预测模块，对于预测模块关注的少，文章认为，不同的区域，如办公区，住宅区在早晚高峰会
文章目录RNA-seq 相关概念RNA-Seq转录组(transcriptome)RNA种类可变剪切体(Alternative splicing isoform)junction readsRead countRPKMFPKM安装软件安装miniconda添加channel创建虚拟环境查看虚拟环境搜索bioconda镜像中的软件安装相关软件 RNA-seq 相关概念RNA-Seq具体来说，首先对
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2024-09-22 23:14:47
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不可成药的三大类靶点传统的药物靶点绝大部分是具有适合的结合位点和明确的活性位点的蛋白质。药物分子往往通过“占位驱动”的药理学作用模式发挥作用。这种方法虽然可行，但并不能适用于所有的靶蛋白，尤其是在蛋白本身缺乏相应的结合口袋、蛋白的内源性底物高亲和力、蛋白存在于细胞内部药物分子无法抵达、蛋白的致病机制不依靠蛋白间相互作用或催化活性等情况下。随着对癌症进展的分子基础和多种驱动因素的深入理解，科学家开始
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2024-01-09 12:11:52
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 植物的生长发育不仅受自身基因遗传因素的调控，还受到环境胁迫、内源激素变化等影响，其中转录因子在植物的生物钟调控、激素信号转导、生长和代谢等过程中发挥重要作用。染色质免疫共沉淀技术（chromatin immunoprecipitation，ChIP）可以利用目的蛋白特异性抗体与可溶性染色质免疫共沉淀，特异性地富集目的蛋白结合
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2024-01-08 15:49:52
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2020年SCI影响因子预测 （值得收藏） 2020年的影响因子即将出炉，按往年的公布情况，影响因子将于6月中下旬公布。在2019年，iNature团队预测了236本杂志，其中有218本能准确的预测。趁着这个时机，iNature团队主要关注2019年影响因子大于20的杂志，同时加上一些常见的生物医学领域的期刊及国内主办的期刊，共97本，我们发现：【1】相比于
编者按转录因子在调控基因表达的过程中发挥了至关重要的作用，因此也涌现出众多的转录因子数据库，今天给小编大家介绍几个信息全面且专业的转录因子数据库。1：TRANSFAC数据库TRANSFAC数据库是手工收集的关于真核生物转录因子、它们在基因组上的结合位点和与DNA结合profiles的数据库。主要用于预测潜在的转录因子结合位点。网址：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/A
原创
2021-03-28 07:13:21
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欢迎关注”生信修炼手册”!chipBase收集来自GEO,ENCODE数据库中的chip_seq数据，通过对
原创
2022-06-21 06:08:27
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什么是转录因子？转录因子
转录因子基本介绍
什么是转录因子？转录因子（Transcriptionfactor，TF)是一个能与特异DNA序列结合的蛋白,可以单独或与其他蛋白形成复合体，提高或阻断特性基因对RNA聚合酶的招募,调控着基因的表达。转录因子特点是它包含一个或多个DNA结合域（DNA-binding domain， DBDs），通过这些结合域与基因附近的DNA序列结合，
欢迎关注”生信修炼手册”!JASPAR是一个免费公开的转录因子数据库，在该数据库中收录了转录因子的mitif
原创
2022-06-21 06:16:49
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欢迎关注”生信修炼手册”!在人和小鼠中，已经识别到的转录因子有几百种之多。众所众知，转录因子的调控作用是具有
原创
2022-06-21 09:20:35
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转录因子（Transcription factor，TF）是一类能够以序列特异性实验方法（如...
原创
2023-07-26 15:00:51
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案例背景最近看到要做三因子模型的同学还挺多的，就是所谓的Fama-French回归模型，也就是CAMP资本资产定价模型的升级版，然后后面还升级为了五因子模型。看起来眼花缭乱，其实抛开金融资产定价的背景，从机器学习角度来看，就是多元线性回归.......很low也很简单。数据也很简单，以日度数据为例，y就是一个资产的日度收益率，例如一只股票的每天的收益率。X就是日度的五个因子数据，mkt_rf [市
使用qteasy自定义并回测一个多因子选股策略使用qteasy自定义并回测一个多因子选股策略策略思想定义策略运行策略 使用qteasy自定义并回测一个多因子选股策略我们今天使用qteasy来回测一个多因子选股交易策略，qteasy是一个功能全面且易用的量化交易策略框架，Github地址在这里。使用它，能轻松地获取历史数据，创建交易策略并完成回测和优化，还能实盘运行。项目文档在这里。为了继续本章的
摘要对于基因调控来说，体内转录因子结合很重要。定义体内TF结合方面，ChIP-seq是一种有效的的技术。然而，众多不同的TFs使得对TF进行全基因组分析是费力和昂贵的。主要基于“组蛋白修饰或DNaseI超敏反应数据加上DNAmotif和其他基因组特征”预测TF结合的算法已开发。但是，这些方法的样本获取困难的局限性阻止了它们的广泛应用，特别是在临床环境。本文进行了涉及多个方面的综合调查，包括细胞系，
原创
2021-03-26 08:05:56
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借用黄学弟的博客来水一下文章，严格意义上来说都算我师兄了
原创
2023-12-20 21:32:07
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欢迎关注”生信修炼手册”!unibind采用了ChIP-eat这个工具对ReMap数据库中转录因子的chip
原创
2022-06-21 09:10:13
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欢迎关注”生信修炼手册”!对于转录因子而言，相关的信息有以下几种transcription factorsD
原创
2022-06-21 06:15:58
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