Ensemble IDEnsemble ID 是Ensembl 数据库使用的ID标识符,用于标识不同的分子特征,如基因,转录本,外显子,蛋白。大多数据库都有一套自己的ID命名。ID 主要是为消除歧义,在特征注释或数据库更新时也能保持一致。不像人为命名的分子名字,如基因名字那样可能发生改变。就类似于我们的身份证号, 名字方便于平常的交流使用,ID是独一无二的。ID 格式Ensemble ID 个格式
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假设我们想搜具有某种功能的一类基因,比如具有激酶活性的基因,我们应给怎么办呢?gene ontology(http://www.geneontology.org/),可以大致翻译为基因注释的数据库就可以帮上忙了。个人理解对于本体(ontology)的解释就是最终认识,即对于以前的不明了和不方便的基因的注释来联系起来,最终让生物学家方便的搞科研。下面摘抄了在生物统计学家园网站上的三个帖子
基因融合指的是两个或者多个基因的部分序列结合到一起形成了一种新的基因。随着高通量测序的发展,我们可以利用二代测序的数据来鉴定出发生在不同疾病当中的融合基因,所以也就出现了很多来寻找融合基因的数据库。今天就来给大家介绍几个融合基因查询的数据库。 TumorFusions(https://www.tumorfusions.org/)提到高通量测序的数据,肯定是绕不开TCGA的数据库。那么庞大的测序量
Ensemble( ensembl.org网站是常用真核生物参考基因组来源之一 )能够对人类基因自动进行注释,包括人类,小鼠,斑马鱼,猪和大鼠等,也包括来自HAVANA的人工注释信息。Ensembl是一项生物信息学研究计划,旨在开发种能够对真核生物基因组进行自动注释(automatic annotation)并加以维护的软件系统。该计划由英国Sanger研究所Wellcome基
美国国家健康与营养调查( NHANES, National Health and Nutrition Examination Survey)是一项基于人群的横断面调查,旨在收集有关美国家庭人口健康和营养的信息。 地址为:https://wwwn.cdc.gov/nchs/nhanes/Default.aspx 数据库有5个信息栏:DEMO:人口统计学DIET: 饮食EXAM: 检查 LAB: 实验
Ensemble 对于学习生物信息学的我们来说应该是如数家珍了,但是我们平时常用到的操作一般是去查基因,下载基因组,这些都是通过网页端来完成:http://uswest.ensembl.org/index.html上面网页展示的就像大家进入某宝商店中的商品展示图,而真正的货物是存放在仓库的。Ensemble 则是将其“货物”是存
原创 2022-03-08 16:04:56
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真核生物基因组中的重复序列及其特点按照真核生物的DNA序列在基因组中的重复程度,大致上可以分为单一序列和重复序列两大类。1.单一序列单一序列(unique sequence )是复性最慢的部分,一般由单一拷贝基因或仅重复数次的基因组成,也可称为单拷贝序列(single copy sequence )。原核生物的大多数基因在单倍体中都是单拷贝的。单一序列最重要的功能是编码蛋白质,除极少数蛋
相信,基因信息检索涉及到我们每个科研实验人员每天的日常实验中,而用的多的几个数据库莫过于NCBI RefSeq,Ensemble,mirBase三个数据库。那这三个数据库中基因信息都是根据什么规则来命名的呢?一、NCBI RefSeqNCBI RefSeq(美国国立生物技术信息中心参考序列)是目前世界上最具有权威性的序列数据库,该数据库中所有的数据是一个非冗余的、提供参考标准的数据,包括染色体、
1.集成学习简介集成学习是通过构建并结合多个学习器来完成学习任务,这些学习器被称为“个体学习器”,不同的个体学习器 和 这些个体学习器的不同的集成方式决定了不同的集成学习方法。如果个体学习器都是从某一种学习算法从训练数据中产生,则称这样的集成学习是同质的,此时的个体学习器也称作基学习器,相应的学习算法称作基学习算法;如果个体学习器是从某几种学习算法从训练数据中产生,则称这样的集成学习是异质的强可学
理由:①.Biomart里面Ensemble Regulation数据着实太少!人类转录因子结合位点数据相对而言多一点,而小鼠的转录因子数据,真的少得可怜。可能是因为经过验证过的数据才能放上来吧(纯属个人猜测)。不过组蛋白修饰结合位点数据很多,对于有需要的人而言,我觉得该方法这是不错的选择。           ②.想下载全部转录因子结合
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数据库SQl ALTER TABLE USER DEFAULT CHARACTER SET utf8;DDL -- 对数据库进行操作的语言 create database 数据库名; drop database 数据库名; use 数据库名; show databases; create table 表名( id int(5), name varchar(20) );
转载 2023-07-20 21:58:28
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一、mysql基础                    1)mysql存储结构: 数据库 -> 表 -> 数据   sql语句     
转载 2023-07-19 15:39:53
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root@webwall:/home/xiachengjiao# vi/webwall/mysql/my.cnf(看配置文件中的参数)root@webwall:/webwall/mysql/bin# ./mysql -u root -S /var/mysql1.sock -pEnter password: Enter password:********ERROR 2002 (HY000): Can
首先,所有的以及人特异性的序列的转录因子的结果都已经出来了,这次想要按照重复家族,来试图解释:(1)我们已经有人表达特异性的基因和转录因子的数据集(师姐之前给过我)(2)不同的重复序列家族,结合的转录因子是否相同(从整体上看,也许也有一些文献的证据)(3)有否存在特异性的和插入序列家族结合的转录因子(如果有,有什么功能,是否也是人特异性的)一、提取不同家族的比对的结果刚刚看了一下,也许是需要重新的
ensemble组合方法1、ensemble概念通过聚合多个分类器的预测来提高分类的准确率,这种技术称为组合方法(ensemble method) 。组合方法由训练数据构建一组基分类器,然后通过对每个基分类器的预测进行权重控制来进行分类。Ensemble技术在数据挖掘的三个方向:1.在样本上做文章,基分类器为同一个分类算法,主要的技术有bagging,boosting;2.在分类算法上做工作,即用
ODBC (开放数据库互联 1992 MS 应用程序和关系数据库之间的通信API,用户可以通过API直接将SQL送给数据库)DAO(数据访问对象 1993 MS 用ADO。
原创 2023-05-13 00:33:15
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原创 2022-01-04 13:33:26
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ADO(ActiveX Data Objects)是一种面向对象的数据访问技术,它提供了一组对象和接口,让开发人员可以方便地从
原创 2023-09-09 07:31:57
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因为测试工程师在日常工作中会参与数据库设计评审、测试环境搭建、日志跟踪,这些会涉及数
原创 2023-05-24 15:08:36
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随着科技的发展和数据的爆炸性增长,数据库技术显得越来越重要。许多企业和组织都需要依靠数据库来管理和处理海量数据。因此,学习数据库技术已经成为越来越多人的需求。本文将介绍一些关于数据库培训班的基本信息。 一、数据库培训班的基本概念 数据库培训班是一种专门针对数据库技术进行培训的教育机构,旨在帮助学员掌握数据库的基本知识和技能。这些培训班通常由专业的教育机构或公司组织,采用系统化的教学方式,让学员
原创 11月前
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