文章目录

  • RNA-seq 相关概念
  • RNA-Seq
  • 转录组(transcriptome)
  • RNA种类
  • 可变剪切体(Alternative splicing isoform)
  • junction reads
  • Read count
  • RPKM
  • FPKM
  • 安装软件
  • 安装miniconda
  • 添加channel
  • 创建虚拟环境
  • 查看虚拟环境
  • 搜索bioconda镜像中的软件
  • 安装相关软件


RNA-seq 相关概念

RNA-Seq

具体来说，首先对生物样品中的RNA反转录为cDNA，而后，将这些cDNA打碎为较小片段后，上机进行测序

转录组(transcriptome)

是指特定类型细胞中全体转录本(transcript)的集合

RNA种类

RNA

explanation

coding RNA：mRNA

信使RNA

noncoding RNA：rRNA

核糖体RNA（ribosomalRNA）

noncoding RNA：tRNA

转移RNA（transferRNA）

noncoding RNA：snRNA

小核RNA(small nuclearRNA）

noncoding RNA：snoRNA

最早在核仁发现的小RNA，称作小核仁RNA

noncoding RNA：asRNA

反义antisense RNA 是一类能够与mRNA互补配对的单链RNA分子。细胞中引入反义RNA，可与mRNA发生互补配对，抑制mRNA的翻译

noncoding RNA：lincRNA

长链非编码RNA，长度大于200个核苷酸的一类非蛋白质编码转录物

noncoding RNA：miRNA

microRNA，长度小于50nt

noncoding RNA：siRNA

Small interfering RNA，25nt左右的双链RNA

noncoding RNA：piRNA

与Piwi蛋白相作用的RNA，长度小于50nt

Ensembl 转录本 的 ID特征_ci

可变剪切体(Alternative splicing isoform)

Ensembl 转录本 的 ID特征_搜索_02

junction reads

在DNA转录成mRNA的过程中，内含子被切掉，外显子会在剪切位点连接到一起。对于这些跨过剪切位点的reads，称为junction reads。如果不把它们从中间断开，就无法准确贴到基因组上。 这些junction reads是确定剪切位点的直接证据，对于正确重构转录本结构至关重要

Ensembl 转录本 的 ID特征_RNA-seq_03

Read count

比对到gene A的reads数,（1）换算RPKM,FPKM等后续其他指标 （2）作为基因表达差异分析（DESeq，edgeR）的输入数据

RPKM

Reads Per Kilobase of exon model per Millon mapped reads

每百万条reads中每1000bp基因中reads的数量

Ensembl 转录本 的 ID特征_搜索_04

C: 比对上的reads数（外显子，转录本）

L: 特征长度（1000bp）

N：比对上的总reads数（100万）

示意图：

Ensembl 转录本 的 ID特征_Ensembl 转录本 的 ID特征_05

RPKM:消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响 不适用：发生了可变剪切的RNA-seq数据

FPKM

F=Fragment，即测序片段的数量，比对上的一对reads为一个fragment

本质：以文库中的片段为计算单位，是在PE测序上对RPKM的矫正

FPKM表示：每一百万个map上的reads中map到外显子的每1k个碱基上的reads个数

Ensembl 转录本 的 ID特征_搜索_06

安装软件

安装miniconda

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conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

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(RNA) [sunchengquan 10:50:34 ~]
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base                     /home/sunchengquan/local/app/miniconda3
R                        /home/sunchengquan/local/app/miniconda3/envs/R
RNA                   *  /home/sunchengquan/local/app/miniconda3/envs/RNA

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安装相关软件

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