白墨的博客_生信情报站,测序技术,生信分析

一文读懂相分离（图文详解）

相分离本身是一个物理化学概念，二元或多元混合物会在一定的条件下分到胞质内，将导致细胞凋亡。

相分离

生物信息学

生物信息

数据库

ide

原创 2022-10-30 18:07:20 531 阅读

Chrome 将 http 域名自动跳转 https 的解决方案

chrome

http

https

解决方案

自动跳转

原创 2022-09-04 00:00:13 578 阅读

图解机器学习之回归模型性能评估指标

机器学习中，回归模型性能评估指标

机器学习

回归

人工智能

数据

数据集

原创精选 2022-06-05 00:21:40 2047 阅读

axios 使用详解

一、安装cnpm install axios二、使用三种写法// 第一种写法axios.get('/query?name=tom

javascript

前端

node.js

axios

异步请求

原创 2022-05-19 09:54:16 238 阅读

序列比对应用场景

所有物种/基因都有共同的祖先全基因组比对揭示直系同源片段通过全基因组扫描，识别功能元件比较基因组学揭示保守区比较基因组学揭示功能元件例如上图的基因外显子对老鼠、鸡、鱼都非常保守开发估算约束水平的方法计算替换和间隙的数量估计突变的数量（包括反向突变的估计）

生物信息

序列比对

进化分析

引物设计

原创 2022-05-19 09:41:44 324 阅读

数据库涉及大量数据查询时的注意事项

避免频繁连接和关闭数据库，这样会导致IO访问次数太频繁。设计表时要建立适当的索引，尤其要在 where 及 order by 涉及的列上建立索引避免全表扫描，以下情况会导致放弃索引直接进行全部扫描避免在 where 子句中使用!=或<>操作符避免在 where

数据库

全文检索

查询优化

解决方法

建表

原创 2022-05-19 09:41:07 910 阅读

G2 基础教程

G2 图表组成简介为了更好得使用 G2 进行数据可视化，我们需要了解 G2 图表的组成以及相关

数据可视化

JavaScript

前端

数据

图例

转载 2022-04-30 23:20:29 142 阅读

Python 中变量的多种复制方法（常规拷贝，浅拷贝，深拷贝）

常规拷贝大家常用的变量复制方法，用“=”就行。但是！但是！但是！在我们复制字典和列表时会和我们预想的不一致接下来，做个小实验常规拷贝在原始变量 x 的改变后，因为共用同一个内存地址，因此会直接放到被复制的变量 y 上，导致“不知情”的情况下导致 y 变量在没有操作的情况下改变。浅拷贝解决办法就是使用浅拷贝浅拷贝会将两个变量分别放在不同的内存地址，解决了常规拷贝的缺点。深拷贝但是，对于字典或列

python

数据分析

大数据

浅拷贝

深拷贝

原创 2022-03-17 14:28:40 1395 阅读

Ubuntu 服务器安装远程 Rstudio（图文详解）

文章目录一、环境二、安装三、常用操作重启关闭启动检测配置文件查看状态四、配置`rserver.conf` 配置清单`rsession.conf` 配置清单相信大家都用过本地版的 Rstudio，也时常被电脑卡死所困扰，也有用自己笔记本处理单细胞数据内存不够的 error，怎么解决？Rstudio 官方其实有个

ubuntu

r语言

配置文件

常用操作

原创 2022-03-11 17:59:03 880 阅读

用 Zotero 高效管理文献（图文详解）

一、下载与安装下载网址：https://www.zotero.org/download注册网址：https://www.zotero.org/user/register 二、同步设置这一步极其重要，是 Zotero 强大功能的起点，我们可以将感兴趣的论文的 PDF，文献信息存放在云端，结合PDF 阅读器，甚至可以把 PDF 上的笔记一起保存到云端。当有需要的时候，可以从浏览器，电脑，手机

Zotero

文献

文献管理

服务器

安装插件

原创 2022-03-11 17:58:44 756 阅读

Django REST 框架详解 06 | 视图家族 Generics 与 Viewsets

文章目录一、Generics：工具视图1.群查与单增：ListCreateAPIView查看源码代码实现测试接口2.添加其他接口代码实现接口测试![mark](https://imgconvert.csdnimg.cn/aHR0cDovL2JhaW1vYy56aXB0b3AudG9wL2Jsb2cvMjAyMDA1MTkvZ0EwTld0eEthUGI1LnBuZw?x-oss-process=image/format,png)3.后续问题二、Viewsets：视图集1.简单使用查看源码![mark](ht

django

django rest

后端

数据库

网站

原创 2022-03-11 17:58:25 326 阅读

生信自动化流程搭建 02 | 脚本

脚本脚本是字符串声明，它定义了由过程执行到执行任务的命令。一个进程仅包含一个脚本块，并且当该进程包含输入和输出声明时，它必须是最后一个语句。输入的字符串在主机系统中作为Bash脚本执行。它可以是通常在终端 shell 程序或通用Bash脚本中使用的任何命令，脚本或它们的组合。可以在脚本语句中使用的命令的唯一限制是目标执行系统中这些程序的可用性。脚本可以是简单字符串或多行字符串，例如：process doMoreThings { """ blastp -db $db -query que

Nextflow

流程自动化

生物信息学

流程

生信流程

原创 2022-03-11 17:58:24 161 阅读

细胞周期预测 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析 03

文章目录一、介绍二、预处理三、获取细胞周期分数四、在数据缩放期间回归出细胞周期得分五、备用工作流程一、介绍前置知识：原创 Seurat 包图文详解 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析02使用Seurat包来运行，主要实现两个功能：通过marker基因计算细胞周期评分基于评分在预处理过程中，减轻单细胞转录组数据中细胞周期异质性影响二、预处理数据来自

生物信息学

生物学

细胞周期

R

单细胞转录组

原创 2022-03-11 17:57:59 1070 阅读

宝塔中部署 ThinkPHP5（tp5）

文章目录添加站点：站点设置：设置运行目录：设置伪静态规则：测试：其他检测项：添加站点：站点设置：设置运行目录：设置伪静态规则：填写规则如下（也可以点击左上角的下拉框选thinkphp）：location / { if (!-e $request_filename){ rewrite ^(.*)$ /index.php?s=$1 last; break; }}...

thinkPHP5

宝塔

php

伪静态

下拉框

原创 2022-03-11 17:53:43 1627 阅读

生物信息学

导师

大数据

数据分析

基因组

原创 2022-03-08 16:10:22 5079 阅读

JS 中 Json 数据的快速排序

主角为 `sort(sortby)`参数 `sortby` 是一个比较函数，该函数要比较两个值（a，b），返回值用来描述两个值的大小，具体规则为：- a < b，返回负值，排序后， a 在 b 之前- a = b，返回 0- a > b，返回正值，排序后， a 在 b 之后

javascript

json

排序算法

数据排序

升序

原创 2022-03-08 16:09:21 1210 阅读

一文读懂参考基因组和基因组注释+最全下载方法

文章目录一、什么是参考基因组和基因组注释？二、参考基因组版本命名1、常用人参考基因组对应表2、常用小鼠参考基因组对应表三、下载1、NCBI2、Ensemble3、GENCODE4、UCSC5、iGenomes四、其他参考基因组信息一、什么是参考基因组和基因组注释？先来理一理参考基因组，基因组注释文件，测试

生物信息学

参考基因组

基因组注释

二代测序

hive

原创 2022-03-08 16:09:07 10000+阅读 1点赞

详解 R 语言的PCA与TSNE的降维聚类

为了查看降维聚类的可视化效果，我们先用相似样本降维聚类，然后使用具有差异的样本查看聚类效果。同时使用 PCA 与 TSNE 来观察两种不同方法的聚类效果。文章目录一、相似样本的降维聚类1、载入所需的包2、构建两个相似样本数据集3、绘制热图4、绘制PCA5、绘制TSNE二、差异样本的降维聚类1、构建第

降维

PCA

TSNE

R

聚类

原创 2022-03-08 16:08:50 1473 阅读

生信软件 | STAR（测序序列与参考序列比对）

文章目录零、介绍一、安装二、使用1、建立索引2、STAR 比对三、原理聚类、拼接和评分零、介绍STAR （Spliced Transcripts Alignment to a Reference），用于将测序的 Read 对齐到参考基因组的比对软件，常用于 RNAseq。因其具有较高的准确率，映射速度较其他比对软件高 50 多倍，因此作为 ENCODE 项目的

生物信息学

生信分析

STAR

比对软件

基因组

原创 2022-03-08 16:08:32 2977 阅读

白墨的生物信息自学之路

进入21世纪后，组学数据井喷式产出，随之而来的问题是如何处理这些数据，挖掘背后隐藏的价值。人们想到利用包括计算机，物理学，数学，统计学在内学科的优势去解析这些大数据，随之催生出一门新的交叉学科，这就是生物信息学。这门学科为生物进化，物种分类，育种技术，药物设计等领域起到巨大的推

生物信息学

数据分析

生物学

数据库

网站

原创 2022-03-08 16:08:12 300 阅读 1点赞 1收藏

Nginx 配置详解

Nginx 配置文章目录Nginx 配置文件结构全局配置events 配置http 配置server 配置Rewrite一、地址重写，地址转发，重定向二、URL 重写语法：使用：三、if 指令使用1、变量匹配2、判断请求的文件是否存在3、判断手机访问4、其他四、防盗链1. 根据请求文件类型实现防盗链配置实列如下：文件结构整体结构为嵌

1024程序员节

客户端

nginx

重定向

原创 2022-03-08 16:07:37 373 阅读 1收藏

查看并关闭占用端口

查看占用端口sudo lsof -i:8888关闭占用端口sudo kill -9 2558243

1024程序员节

原创 2022-03-08 16:06:30 198 阅读

vuex 监听数组或对象

store.js/* * @Author: Zheng Lei * @Email: baimoc@163.com * @Date: 2020-06-14 09:47:03 * @LastEditTime: 2021-08-12 17:20:02 * @FilePath:

vue

vuex

json

原创 2022-03-08 16:06:20 425 阅读

保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南（图文详解）

一、软件下载http://software.broadinstitute.org/software/igv/download这里以下载 Windows 版本为例，下载带有 Java 的版本，方便安装。由于大部分数据是通过服务器跑出的结果，所以也有小伙伴有在 Linux 服务器端使用的需求。这里推荐几种方式：配合远程控制软件来使用，国产推荐 Todesk，向日葵话说目前

基因组

基因组浏览器

IGV

生物信息学

生物学

原创 2022-03-08 16:06:09 2696 阅读

linux 命令 argument list too long 错误解决

解决ls | xargs -n 100 gunzip -fxargs 命令会将文件以每 100 个为一组来使用 gunzip 解压，同理 cp，mv，rm 等命令同样适用原因使用以下命令解压了超过三十万个压缩文件

linux

压缩文件

命令行

原创 2022-03-08 16:05:29 1542 阅读

单细胞分析的 Python 包 Scanpy（图文详解）

文章目录一、安装二、使用1、准备工作2、预处理过滤低质量细胞样本3、检测特异性基因4、主成分分析（Principal component analysis）5、领域图，聚类图（Neighborhood graph）6、检索标记基因7、保存数据8、番外一、安装如果没有conda 基础，参考： Conda 安装使用图文详解（2021版）pip install

python

生物信息学

单细胞分析

Scanpy

ide

原创 2022-03-08 16:05:19 6106 阅读

解析 Ensembl 的数据库服务器

Ensemble 对于学习生物信息学的我们来说应该是如数家珍了，但是我们平时常用到的操作一般是去查基因，下载基因组，这些都是通过网页端来完成：http://uswest.ensembl.org/index.html上面网页展示的就像大家进入某宝商店中的商品展示图，而真正的货物是存放在仓库的。Ensemble 则是将其“货物”是存

big data

mysql

数据库

数据库服务器

原创 2022-03-08 16:04:56 277 阅读

Linux 查看并关闭端口

netstat -ap | grep 8002 # 8002端口号显示关闭kill -9 659044 # PID号

端口号

原创 2022-03-08 16:04:40 1364 阅读

scanpy 单细胞分析包图文详解 01 | 深入理解 AnnData 数据结构

一、环境准备：搭建 Python 高效开发环境： Pycharm + Anaconda二、安装 scanpypip install scanpy三、AnnData1、AnnData 介绍与结构AnnData 是用于存储数据的对象，一般作为 scanpy 的数据存储格式。

单细胞

生物信息学

scanpy

AnnData

数据

原创 2022-03-08 16:04:30 1453 阅读

归一化与标准化

一、归一化对原始数据缩放到 0-1 之间，是线性变换。也叫最大最小标准化，离散标准化。区间也可以设置为其他，一般为 0 - 1。公式：X=x−minmax−min X

sklearn

机器学习

python

归一化

标准化

原创 2022-03-08 16:04:11 480 阅读

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