大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）是甲基化研究的重要技术。尽管已经开发了一系列工具来解决由亚硫酸盐处理引起的比对问题，但尚未对最新可用工具的reads比对性能以及多种哺乳动物的生物学解释（biological interpretation）进行评估。在此基础上，本文对人、牛和猪等三种哺乳动物真实和模拟WGBS生成的14.77 billi
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2023-07-13 22:59:39
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【生信】生物序列比对文章的文字与图片全部/部分来源网络或学术论文，文章会持续修缮更新，仅供大家学习使用。目录【生信】生物序列比对1、生物序列比对介绍2、序列比对算法基于全局匹配的算法（1）打分矩阵（2）动态规划算法 （3）Needleman-Wunsch算法基于局部匹配的算法Needleman-Wunsch算法Smith-Waterman算法Smith-Waterman算法与Needle
1. 根据不同目的选择不同软件RNA-Seq的主要目标是确定特定样品中RNA分子的序列、结构和丰度。序列指的是A、C、G、U残基的特定顺序；序列可以用于识别一致的蛋白质编码基因、新基因或长的非编码RNA，一旦序列被确定，折叠成二级结构可以揭示分子的类型，如tRAN或miRNA。结构是指基因结构【即启动子、内含子-外显子街头、5‘端和3’端非翻译区（UTR）级polyA位置】。二级结构提供互补的核苷
在Python中，具有相同数据类型的序列可以通过关系运算符进行比较。对序列进行比较大小，实际上就是对序列中的数据以“在字典中的顺序”（lexicographical ordering）进行比较，也就是出现在一本字典前面的数据要比后面的数据小。1 比较的方法1.1 当两个序列长度相同时对于比较两个长度相同的序列，先按照字典顺序，比较这两个序列的第一个数据值，如果能够比较出大小，则该结果即为这两个序列
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2023-05-28 18:02:44
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本文采用两个不同品种的拟南芥进行全基因组比对和变异检测。这种比对方法使得每个相对应的染色体名称都一样。并且对于两个相同物种之间存在倒位等染色体变异，它的全基因组比对过程也是类似的。两个基因组进行从头到尾的碱基水平上的全基因组比对。1.下载基因组的序列文件和参考基因组的注释文件使用gean工具进行从sdi格式转化为fasta格式。#如果没有安装GEAN，可以通过以下方式进行安装，这只是文件格式的转化
中学学过生物学的人都会知道，生命的奥秘在DNA，它本质上是一个由碱基对组成的长长的序列，科学家们已经在20年前把智人的完整基因测定完毕了。自然，生命的奥秘远没有解开，测定只是第一步，相当于拿到了源代码，后面要查找子序列，寻找模式，互补反向变换，比对等等。大家都希望计算机程序能加速我们对生命的了解。
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2021-07-01 10:38:24
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介绍在分子生物学中，DNA 和蛋白质可以表示为字母序列。DNA 序列由 A、T、G、C 组成，代表核苷碱基(nucleobases) 腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶。蛋白质由 20 个不同的字母组成，表示 20 种不同的氨基酸。比较来自同一生物体或来自不同生物体的两个序列，称为 序列比较 (Sequence comparison)，是分子生物学中的一项重要任务。它有助于为许多生物学问题提供解决方
一代、二代、三代测序技术简要原理及比较1.一代测序1.1 Sanger测序2.二代测序2.1.Illumina Solexa合成测序2.2.Roche 454焦磷酸测序2.3.ABI SOLiD连接法测序2.4.BGI（华大基因）：纳米球测序3.三代测序3.1.Oxford Nanopore公司：[纳米孔测序技术]3.2.Pacific Bioscience公司：[单分子实时荧光测序技术SMRT
通过代码指导 Minimmap2 基因组比对和 seq-seq-pan 泛基因组比对，并在 R 中进行可视化。本教程提供了一个示例，该示例使用Heliconius butterflies中optix基因位点的两种单倍型。教程：https://stevenvb12.github.io/代码：https://github.com/StevenVB12/Tutorial_pan_genomics作者：生
目录1 BIO基本介绍2 BIO工作机制 3 同步阻塞案例 4 BIO模式多发和多收消息1 BIO基本介绍 BIO是就是传统的io编程，其相关的类和接口在Java.io BIO:同步阻塞，服务器实现模式为一个线程一个连接，即客户端有连接请求时服务器端就需要启动一个线程进行
欢迎关注”生信修炼手册”!由于测序仪机器读长的限制，在构建文库的过程中首先需要将DNA片段化，测序得到的序列
原创
2022-06-21 09:05:34
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做完基因组组装后，通常要评估基因组的质量，目前可以采用二三代数据比对回基因组看比对率和coverage，BUSCO，LAI等。转录组数据比对率也是我们常用的方法，通常可以排除转录组数据是否存在问题，也方便在后续注释中排除转录组数据样本的问题。 可以用HiSAT2比对来查看比对率： pe1=5_1.c ...
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2021-10-29 14:27:00
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基因组在生物学中，一个生物体的基因组是指包含在该生物的DNA（部分病毒是RNA）中的全部遗传信息，或者说是一套染色体中完整的DNA序列。对于单倍体细胞，基因组是指编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。对于有性生殖个体，通常是指一套常染色体和两种性染色体的序列。基因组包括核基因组、线粒体基因染色体中心li组和叶绿体基因组等。一般而言，染色体中心粒附近重复序列多而编码序列少。一个蛋白质编码基因往往
基因序列比较设计算法，计算两给定基因序列的相似程度。人类基因由4种核苷酸，分别用字母ACTG表示。要求编写一个程序，按以下规则比较两个基因序列并确定它们的相似程度。即给出两个基因序列AGTGATG和GTTAG，它们有多相似呢？测量两个基因相似度的一种方法称为对齐。使用对齐方法可以在基因的适当位置加入空格，让两个基因的长度相等，然后根据基因的分值矩阵计算分数。基因分数表：ScoreACGT-A5-1
目前，基因测序普遍使用的DNA测序仪主要基于短读长测序技术，在获得基因组
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2023-04-18 10:50:32
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序列比对问题问题要求输入：两个序列A和B，其长度分别为m和n输出：A和B的一种比对形式，其满足惩罚函数f(A,B)值最小。(1) 对A和B之间的每一个空隙匹配，计惩罚分2分；(2)对A和B之间的每一个错配，计惩罚分3分；(3)成功配对不计惩罚分问题分析本题采用动态规划的思想去做对于两个序列A：a1,a2,a3,a4…,anB：b1,b2,b3,b4…,bn在两个序列中当对比到相等元素的时候自然就可
基因结构预测中同源注释策略，将mRNA、cDNA、蛋白、EST等序列比对到组装的基因组中，在
原创
2022-06-01 13:50:20
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欢迎关注”生信修炼手册”!之前提到的clustalo, muscle, mafft 适用于几千到几万条序列的
原创
2022-06-21 05:52:55
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欢迎关注”生信修炼手册”!除了动态的查看基因组学数据，IGV还内置了以下两个工具BlatMotif find
原创
2022-09-05 13:40:46
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质控 过滤 比对 去除宿主# 云硬盘挂在100Gvirtio-disk-bxgzkldx/dev/disk/by-id/virtio-disk-bxgzkldx /data ext4 defaults 0 0# uniport数据库下载wget https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/
原创
2023-01-04 20:29:11
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