一代、二代、三代测序技术简要原理及比较1.一代测序1.1 Sanger测序2.二代测序2.1.Illumina Solexa合成测序2.2.Roche 454焦磷酸测序2.3.ABI SOLiD连接法测序2.4.BGI（华大基因）：纳米球测序3.三代测序3.1.Oxford Nanopore公司：[纳米孔测序技术]3.2.Pacific Bioscience公司：[单分子实时荧光测序技术SMRT
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2024-04-04 07:04:42
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）是甲基化研究的重要技术。尽管已经开发了一系列工具来解决由亚硫酸盐处理引起的比对问题，但尚未对最新可用工具的reads比对性能以及多种哺乳动物的生物学解释（biological interpretation）进行评估。在此基础上，本文对人、牛和猪等三种哺乳动物真实和模拟WGBS生成的14.77 billi
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2023-07-13 22:59:39
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对于每一个进入生物领域的人，基本都避免不了分子克隆(认知的同胞除外)，当然就需要一个称手的 DNA 比对软件。今天给大家强烈推荐一款 DNA 比对软件，APE(a plasmid editor)。这款软件不仅能做 DNA 序列比对，DNA 序列翻译，还能够做引物设计，酶切位点设计，质粒图谱构建(这个还是 snapgene 更好用，不过人家是收费的)，ORF 查找等非常多的实用功能，下面我来详细介绍
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2023-07-19 22:10:21
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脱氧核糖核酸即常说的DNA，是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为：A、G、C、T。 DNA携带的遗传信息可以用形如：AGGTCGACTCCA.... 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能
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2022-06-27 21:16:24
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找爸爸题目描述小A最近一直在找自己的爸爸，用什么办法呢，就是DNA比对。小A有一套自己的DNA序列比较方法，其最终目标是最大化两个DNA序列的相似程度，具体步骤如下：给出两个DNA序列，第一个长度为\(n\)，第二个长度为\(m\)。在两个序列的任意位置插入任意多的空格，使得两个字符串长度相同逐位进行匹配，如果两个序列相同位置上的字符都不是空格，假设第一个是\(x\)，第二个是\(y\)，那么他们
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2024-08-23 08:05:28
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在Python中，具有相同数据类型的序列可以通过关系运算符进行比较。对序列进行比较大小，实际上就是对序列中的数据以“在字典中的顺序”（lexicographical ordering）进行比较，也就是出现在一本字典前面的数据要比后面的数据小。1 比较的方法1.1 当两个序列长度相同时对于比较两个长度相同的序列，先按照字典顺序，比较这两个序列的第一个数据值，如果能够比较出大小，则该结果即为这两个序列
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2023-05-28 18:02:44
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本文采用两个不同品种的拟南芥进行全基因组比对和变异检测。这种比对方法使得每个相对应的染色体名称都一样。并且对于两个相同物种之间存在倒位等染色体变异，它的全基因组比对过程也是类似的。两个基因组进行从头到尾的碱基水平上的全基因组比对。1.下载基因组的序列文件和参考基因组的注释文件使用gean工具进行从sdi格式转化为fasta格式。#如果没有安装GEAN，可以通过以下方式进行安装，这只是文件格式的转化
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2024-01-30 10:00:36
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在现代生物信息学中，比较基因序列相似度是一个重要的任务。Python 提供了强大的工具和库，使我们能够轻松实现这个目标。本篇文章将分步展示如何使用 Python 进行基因序列相似度比较的整个流程，包括环境准备、集成步骤、配置详解、实战应用、排错指南以及性能优化等内容。
## 环境准备
为了进行基因序列的相似度比较，我们需确保我们有合适的环境和工具。以下是版本兼容性矩阵以及多平台的安装命令。
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中学学过生物学的人都会知道，生命的奥秘在DNA，它本质上是一个由碱基对组成的长长的序列，科学家们已经在20年前把智人的完整基因测定完毕了。自然，生命的奥秘远没有解开，测定只是第一步，相当于拿到了源代码，后面要查找子序列，寻找模式，互补反向变换，比对等等。大家都希望计算机程序能加速我们对生命的了解。
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2021-07-01 10:38:24
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【生信】第二章 序列比对——Needleman-Wunsch全局比对 主要为基因组测序比对相关知识，部分内容作笔记自查使用。如有错误或遗漏还请海涵，可评论或邮箱联系。最后修改时间：2020-04-03 07:53:55 星期五Needleman-Wunsch全局比对一、符号约定符号说明xandy两个序列M\left( {i,j} \right)在{x_i}比对到{y_i}情况下，序列x和y目前的最
通过代码指导 Minimmap2 基因组比对和 seq-seq-pan 泛基因组比对，并在 R 中进行可视化。本教程提供了一个示例，该示例使用Heliconius butterflies中optix基因位点的两种单倍型。教程：https://stevenvb12.github.io/代码：https://github.com/StevenVB12/Tutorial_pan_genomics作者：生
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2024-06-23 12:52:19
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我的基因组（十一）:测序数据的比对现在比较流行的基因组比对工具是bwa和bowtie，它俩的算法不一样，但是我们不需要了解那么具体，只需要知道它可以把我们的fastq测序文件通过与参考基因组的比对生成sam格式的比对结果文件，从sam文件中，我们可以看到每条reads在参考基因组的位置，这条reads是在哪一条染色体，又是在这条染色体的哪个位置就可以一目了然。对于比对的结果，我们可以用
# 基因突变序列比对与R语言入门
在现代生物学与医学研究中，基因突变的序列比对是一个重要的分析步骤。通过分析不同个体间的基因序列差异，研究人员可以探讨遗传变异对生物体的影响。本篇文章将简要介绍如何使用R语言进行基因突变序列比对，并展示一些相关的代码示例。
## 基因突变序列的基本概念
基因突变指的是DNA序列的变化，这些变化可能导致不同的性状或疾病。序列比对是通过算法将两个或多个基因序列进行
原创
2024-10-23 04:02:59
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2、ClustalX进行多重序列比对2.1 首先，打开ClustalX，依次在菜单栏选择“File”-“Load Sequences”导入我们的目的序列（fas格式）。2.2 然后进行完全比对，依次选择“Alignment”-“Do Complete Alignment”2.3 选择保存路径，点击“OK”。一般默认生成两个文件，分别是*.aln和*.dnd文件，可以用“记事本”打开。由于*.aln
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2024-04-28 17:03:20
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交叉（Crossover）在上一篇文章所描述的选择过后，我们在一个population中选出了一部分可以用作交配的父母个体，而染色体交叉操作，就是指我们在这些父母个体中，选择两个进行相互交配，将他们的染色体按照某种方式相互交换部分基因，形成两个新的个体的过程。实际上交叉操作还分为无性、有性、多亲重组三种：无性：子代由一个父个体产生有性：子代由两个父个体产生一个/两个子个体多亲重组：多余两个父个体产
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2023-12-25 22:33:31
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DNA损伤与修复是生命活动中的重要现象，据统计，每个体细胞每天会受到至少六万次的DNA损伤，正是由于DNA损伤修复机制的存在，才能够随时纠正和修复这些损伤，保证生命活动的正常进行。如果DNA损伤没有被正确修复，可能发生以下3种情况细胞衰老，加速细胞衰老进程细胞凋亡，DNA损伤过度无法修复时，会启动凋亡程序来清除损伤的细胞细胞癌变，DNA损伤部分修复的情况下，细胞会出现各种基因组变异，累积到一定程
原创
2022-06-21 10:10:04
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需求背景我们需要定时采集一些配置文件的内容，每次采集之后和上一次采集的内容进行比较，将按行为单位的变更记录持久化到数据库中。这样做的好处是可以随时来查看这些变更记录，我们可以知道在什么时候进行了哪些变更，可以比较方便的分析出哪些变更影响到了服务的正常运行。下面就开始使用difflib模块来实现这个需求。difflib介绍difflib是python的标准库模块，它提供的类和方法用来比较两个序列之间
24的就不说了 如果是16pin的呢？少了哪几根? ...
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2021-08-04 09:14:00
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DNA 序列在分子生物学和医药研究中有着广泛的应用，比如基因溯源、物种鉴定、疾病诊断等。如果结合正在兴起的基因大数据，采取大量的样本，那么通常实验结果更具说服力，也能够更有效地投入现...
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2021-08-19 10:43:00
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# 实现Java DNA的步骤指南
## 介绍
在这篇文章中，我将教会你如何实现“Java DNA”。Java DNA是一个用Java编程语言编写的程序，用于模拟DNA序列。在整个过程中，我将向你展示每个步骤需要做什么，并提供相应的代码。
## 步骤概览
以下是实现Java DNA的步骤概览。我们将按照这些步骤逐步进行。
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 步骤 1 |
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2023-08-09 13:31:06
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