在Python中，具有相同数据类型的序列可以通过关系运算符进行比较。对序列进行比较大小，实际上就是对序列中的数据以“在字典中的顺序”（lexicographical ordering）进行比较，也就是出现在一本字典前面的数据要比后面的数据小。1 比较的方法1.1 当两个序列长度相同时对于比较两个长度相同的序列，先按照字典顺序，比较这两个序列的第一个数据值，如果能够比较出大小，则该结果即为这两个序列
转载
2023-05-28 18:02:44
684阅读
中学学过生物学的人都会知道，生命的奥秘在DNA，它本质上是一个由碱基对组成的长长的序列，科学家们已经在20年前把智人的完整基因测定完毕了。自然，生命的奥秘远没有解开，测定只是第一步，相当于拿到了源代码，后面要查找子序列，寻找模式，互补反向变换，比对等等。大家都希望计算机程序能加速我们对生命的了解。
转载
2021-07-01 10:38:24
2824阅读
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）是甲基化研究的重要技术。尽管已经开发了一系列工具来解决由亚硫酸盐处理引起的比对问题，但尚未对最新可用工具的reads比对性能以及多种哺乳动物的生物学解释（biological interpretation）进行评估。在此基础上，本文对人、牛和猪等三种哺乳动物真实和模拟WGBS生成的14.77 billi
转载
2023-07-13 22:59:39
331阅读
# 基因突变序列比对与R语言入门
在现代生物学与医学研究中，基因突变的序列比对是一个重要的分析步骤。通过分析不同个体间的基因序列差异，研究人员可以探讨遗传变异对生物体的影响。本篇文章将简要介绍如何使用R语言进行基因突变序列比对，并展示一些相关的代码示例。
## 基因突变序列的基本概念
基因突变指的是DNA序列的变化，这些变化可能导致不同的性状或疾病。序列比对是通过算法将两个或多个基因序列进行
原创
2024-10-23 04:02:59
339阅读
在现代生物信息学中，比较基因序列相似度是一个重要的任务。Python 提供了强大的工具和库，使我们能够轻松实现这个目标。本篇文章将分步展示如何使用 Python 进行基因序列相似度比较的整个流程，包括环境准备、集成步骤、配置详解、实战应用、排错指南以及性能优化等内容。
## 环境准备
为了进行基因序列的相似度比较，我们需确保我们有合适的环境和工具。以下是版本兼容性矩阵以及多平台的安装命令。
|
比较是科学研究中最常见的研究方法之一，通过比较寻找研究对象可能具备的某些特征和特性。序列比较的理论基础是进化学说：如果两个序列之间具有足够高的相似性，那么两者可能是共同的进化祖先经过序列内残基的替换，残基或序列片段的缺失或插入以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。序列比较的目的主要有两点：根据相似性通过已知序列来预测未知序列的结构和功能推断序列之间的同源性，推测进化关系相似性 同源性任意两条序列
转载
2023-08-30 18:51:17
141阅读
本文采用两个不同品种的拟南芥进行全基因组比对和变异检测。这种比对方法使得每个相对应的染色体名称都一样。并且对于两个相同物种之间存在倒位等染色体变异，它的全基因组比对过程也是类似的。两个基因组进行从头到尾的碱基水平上的全基因组比对。1.下载基因组的序列文件和参考基因组的注释文件使用gean工具进行从sdi格式转化为fasta格式。#如果没有安装GEAN，可以通过以下方式进行安装，这只是文件格式的转化
转载
2024-01-30 10:00:36
103阅读
基因序列比较设计算法，计算两给定基因序列的相似程度。人类基因由4种核苷酸，分别用字母ACTG表示。要求编写一个程序，按以下规则比较两个基因序列并确定它们的相似程度。即给出两个基因序列AGTGATG和GTTAG，它们有多相似呢？测量两个基因相似度的一种方法称为对齐。使用对齐方法可以在基因的适当位置加入空格，让两个基因的长度相等，然后根据基因的分值矩阵计算分数。基因分数表：ScoreACGT-A5-1
转载
2024-09-03 16:56:54
41阅读
目录目标物种和序列相关Seq列表多序列比对的原理和方法相关的工具建树的几种方法实际操作Muscle&ClustalW可视化结果newick文本MEGAX本地构建流程距离矩阵和自带建树手动建树结果关于NEWICK格式 目标物种和序列物种：冠状病毒中能够感染人的7种病毒
序列来源：NCBI上已经公布的Ref序列，我们只采用了其中的6种。相关Seq列表多序列比对的原理和方法相关的工具Clusta
转载
2024-01-09 15:20:11
14阅读
目录序列对比过程中的罚分规则选择的序列名称具体的序列infoDNA的dotplot实现采用蛋白质进行dotplot使用矩阵进行打分（积分+罚分）BLOSUM62的规则空位罚分最优化（optimization）使用needle软件进行在线global对比。本地实现打分运算调用BIO库进行本地运算手动计算方式一些局限性手动计算过程局部的序列的次优比对局部次优比对的运算结果附录相关引用Reference
转载
2023-07-01 15:25:25
122阅读
以人类YBX1为例，首先进入NIH官网，如下图，database选择gene，在输入框中输入自己需要找的基因名，点击搜索。 搜索后在下方search result中会显示很多结果，分别是不同物种的。点击人类的YBX1进入详情页面。 进入后，用浏览器自带的查找功能在页面内查找“genebank”。这里使用的是联想浏览器，不同浏览器页内查找方式可能不同，通常可以使用快捷键Ctrl+
转载
2023-11-02 20:21:34
481阅读
多序列比对介绍多序列比对，指对两条以上的生物序列进行全局比对。多序列比对的用途确认：一个未知的序列是否属于某个家族。建立：系统发生树，查看物种间或者序列间的关系。模式识别：一些特别保守的序列片段往往对应重要的功能区域，通过多序列比对，可以找到这些保守的片段。已知推未知：把已知有特殊功能的序列片段通过多序列比对做成模型，然后根据该模型推测未知的序列是否也具有该功能。其他：预测蛋白质/RNA的二级结构
转载
2023-09-18 19:41:30
273阅读
在线双序列比对工具EMBL全局双序列比对工具Gap的类型及分值设置调整gap open和gap extend以达到期望的比对结果。EMBL局部序列比对工具其他在线双序列比对工具软件名比对类型EMBLGlobal/LocalPIRGlobalLalignGlobal/LocalLAGANGlobalAlignMeAlignment of Membrane ProteinsMCALIGNAlignme
转载
2023-07-28 10:49:44
326阅读
序列比对是什么以及序列比对主要的作用是什么，本篇博客就一笔带过，因为不是主要分享内容。序列比对，此处引申为pairwise alignment会更加恰当一些，用于比较2条序列之间的相似程度，推断它们之间的相似程度，进而探索对应功能以及系统发育关系。接下来大体分为2个部分，1）全局比对，2）局部比对首先要明确一个概念：序列比对想要达到的目的是什么？引一张图来说明序列比对的目的以及全局比对、局部比对之
转载
2023-11-24 13:28:05
121阅读
# Python 多序列比对的入门指南
在生物信息学和数据科学中，多序列比对是一个非常重要的技术，它可以帮助我们了解同一生物种群中的不同个体之间的基因序列异同。今天，我们将带你一步一步走过多序列比对的流程，并且使用 Python 编写相应的代码。
## 多序列比对的流程
我们可以将多序列比对的过程分为以下几个步骤：
| 步骤 | 描述 |
|
原创
2024-08-13 09:35:08
136阅读
一、功能分类： 多序列比对二、软件官网：http://www.drive5.com/muscle/三、软件介绍： MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)。它是一款非常简单好用的软件，muscle也是肌肉的意思，也寓意此款软件功能强劲有力。 muscle是在2004年公布的一款蛋白质水平多序列比对的开源软件，在速度和精度上都优于Clustal
在海量的组学数据中，我们经常需要根据已有的差异表达基因找到对应的注释信息。那么针对一系列基因ID批量获取其注释无疑能够大大简化后继的分析，提高科研效率。本次来分享使用python爬虫完成NCBI基因注释的方法。Sample input： 输入文件如下，是一列geneID。待获取的信息来源于NCBI-geneID页中Description项，也就是下图中红色方框项：Sample output： 最终
转载
2023-11-25 15:59:10
98阅读
序列比对问题问题要求输入：两个序列A和B，其长度分别为m和n输出：A和B的一种比对形式，其满足惩罚函数f(A,B)值最小。(1) 对A和B之间的每一个空隙匹配，计惩罚分2分；(2)对A和B之间的每一个错配，计惩罚分3分；(3)成功配对不计惩罚分问题分析本题采用动态规划的思想去做对于两个序列A：a1,a2,a3,a4…,anB：b1,b2,b3,b4…,bn在两个序列中当对比到相等元素的时候自然就可
转载
2023-12-25 12:17:03
51阅读
# 如何在Python中实现多序列比对
多序列比对是生物信息学中分析基因组、蛋白质或其他生物序列的关键技术之一。通过多序列比对，我们可以识别相似性、进化关系以及功能上的重要区分。在本篇文章中，我将指导你如何使用Python进行多序列比对。
## 流程概述
首先，我们先梳理完成多序列比对的流程。在这部分，我将以表格的形式展示各个步骤的概览。
| 步骤编号 | 步骤描述
【生信MOOC】生物序列比对工具2——多序列比对文章的文字/图片/代码部分/全部来源网络或学术论文，文章会持续修缮更新，仅供大家学习使用。目录【生信MOOC】生物序列比对工具2——多序列比对1、多序列比对的定义和用途2、多序列比对的要求3、多序列比对工具——EMBL - Clustal Omega4、多序列比对工具——EMBL - TCOFFEE - Expresso5、多序列比对的保存格式6、多
转载
2024-01-05 22:31:04
312阅读
