前言本人菜鸟，记录一下自己学习使用Gromacs的过程。模拟一般过程：获取蛋白质结构文件 → 准备拓扑 → 选择力场 → 添加盒子、溶剂 → 添加离子 → 能量最小化 → 温度、压力平衡 → 开始模拟 → 分析结果软件：gromacs2021目录1.准备蛋白质结构文件2.准备拓扑、选择力场3.添加盒子、溶剂4.添加离子5.能量最小化6.温度、压力平衡7.开始模拟8.分析结果
1. 蛋白质准备文件从蛋白质文件中删除其他链和链，包括水分子(HOH)。在Ubuntu和Windows中，您可以使用vim、notepad++等编辑器。也可以使用以下命令删除hetatom:#linux
$ grep -v HETATM 1zni.pdb > 1zni_new.pdb
#windows
findstr -v HETATM 1zni.pdb > 1zni_new.pdb2
这将出来，体系每隔一段时候后会变换不同温度下的副本，以达到有助于体系突破能垒，增强采样的作用。副本交换分子动力学 (REMD) 是一种可用于加快任何类型模拟采样的方法，尤其是在构象被相对高能垒分隔的情况下。公zhong号: 320科技工作室。
原创
2023-05-18 09:44:57
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GROMACS介绍GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。科技的发展已然遍布世界，对于事物的探讨尤其是对微观动力学现象的研究越来越依赖于计算机。由此，模拟技术与实验、理论三者的结合是现在以及未来被认可和推广的研究手段。分子动力学模拟不仅可以解释实验现象，验证理论结果，而且还发挥着预见性作用。其在生物、医药、材料、化学等学科领域均有广泛应用。在分子动力学的模拟研究中，一款开源、自由、免费的软件GROMACS得到了广泛的应用。它可以用于几百万个粒子体系的分子动力学模拟研究，特别是生物
原创
2021-06-09 17:35:08
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在Linux操作系统中，安装GROMACS（Groningen Machine for Chemical Simulations）是许多科研工作者和学生经常面临的任务之一。GROMACS是一款用于分子动力学模拟的开源软件，它可以模拟大分子的运动和相互作用，广泛应用于生物物理学、药物设计等领域。
要在Linux系统中安装GROMACS并非一件复杂的事情，但需要按照一定的步骤来进行。首先，用户需要确
原创
2024-04-29 12:17:31
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Gromacs是良好大分子分子动力学模拟软件 ，鉴于当前网络上关于此软件的使用说明及介绍很少，对于象我这样的初学者来说，有很大困难，所以根据我十天以来的安装和使用体会，借着酒劲写下以下的东西，为以后使用这个软件的同学创造一点点的便利。
当前网上能够搜索到的关于Gromacs安装的说明不外乎两篇中文指南，因为Gromacs是在Linux系统下安装使用的，所以这两篇文件中都需要设计 修改一
目录语法说明示例标量被除后的余数向量被除后的余数正值和负值被除后的余数浮点值被除后的余数 rem函数是两个数相除之后的余数。语法a - 被除数 被除数，指定为标量、向量、矩阵或多维数组。a&n
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2024-03-29 13:35:33
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Gromacs安装WSL2 Ubuntu 20.04.6 LTS1. 安装WSL22. 安装必要的软件2.1 安装gcc、g++、cmake2.2 安装cuda（需要nVidia显卡）3. 安装Gromacs3.1 下载Gromacs3.2 安装3.3 测试Colab1. 首次使用1.1 上传gromacs-2022.tar.gz1.2 在Colab中使用（修改自己上传的gromacs版本）2.
安装准备cmake2.8.8 or later C,C++ 3.gromacs包http://www.gromacs.org/Downloads安装步骤tar xfz gromacs.tar.gzcd gromacsmkdir buildcmake ../-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/software/gromacs 指定安装目录-DGMX_BINARY_SU
原创
2017-03-06 09:38:01
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GROMACS是一种在生物分子模拟领域得到广泛应用的软件，它能够对蛋白质、多肽和其他生物分子进行分子动力学模拟。为了在Linux系统上使用GROMACS，必须首先将其正确安装并配置，下面将介绍如何在Linux系统上安装GROMACS的步骤。
首先，确保你的Linux系统已经安装了所需的依赖项，这些依赖项包括cmake、gcc、g++、make、perl等。如果缺少这些依赖项，可以通过包管理器如a
原创
2024-03-28 10:06:45
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上海大学2021～2022学年冬季学期《研究方法与前沿》综述报告报告题目:AI加速器的实现方法与应用 任课教师:评阅日期: AI加速器的实现方法与应用摘要：计算机系统的进化是人类最杰出的工程成就之一，我们现在手中的手机CPU的算力已经达到了50年前阿波罗登月计划所用的电脑的百万倍，而这归功于半导体行业的飞速进步。然而随着著名的摩尔定律和登纳德缩放比例定律
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2024-10-31 18:29:25
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目录知识直通车定点法（Fixed Point Approximation）动态定点法（Dynamic Fixed Point Approximation）动态定点法代码迷你浮点法（Minifloat Approximation）迷你浮点数量化代码乘法变移位法（Multiplier-free arithmetic） 乘法变移位法量化代码定点法（Fixed Point Approximati
文章目录安装Nvidia安装CUDA 安装Nvidia这里需要你的显卡是Nvidia显卡。禁用nouveau ubuntu默认安装了第三方开源的驱动程序nouveau，安装nvidia显卡驱动首先需要禁用nouveau，不然会碰到冲突的问题，导致无法安装nvidia显卡驱动。打开blacklist.conf文件sudo gedit /etc/modprobe.d/blacklist.conf在文
Gromacs命令行参数解析命令参数解析gmx pdb2gmx命令行功能 gromacs在处理数据之前要将pdb文件转化为gromacs能够处理的文件格式, 该步骤相当于是一个准备工作,准备之后进行能量最小化等操作所需要的结构文件。gmx pdb2gmx -f input.pdb -o input.gro -water spce
-f 参数用来指定输入的pdb文件（可以是其他格式的结构文件），该
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2024-10-19 11:53:58
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✅作者简介：热爱科研的Matlab仿真开发者，修心和技术同步精进，matlab项目合作可私信。?个人主页：Matlab科研工作室?个人信条：格物致知。更多Matlab仿真内容点击?智能优化算法 神经网络预测 雷达通信 无线传感器 &n
原创
2023-02-27 12:33:44
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通过genrestr命征，对于膜或者磷脂来说则可以通过序参数表征膜的有序程度例如有序相和无序相等。...
原创
2023-05-18 09:44:34
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在Linux中用vim写代码，但是不可能每次写的代码都没有错误，如果出错了，该怎么找出错误呢？ 在Linux中有个Linux专门的调试器—gdb，我们要学会使用gdb，这样对我们在Linux环境下编写代码有好处。 我们在Linux下写了这么一段代码： 这段代码的功能是将数组arr中的每个元素加起来，将结果返回给sum。 运行的结果如图所示，sum=3，很明显，结果是错误的，按理来说结果应该是55。
随着计算机技术的发展和计算能力的提升，以模拟和计算的方式去探究实验科学中无法看到的分子机制和细节对目前的科
原创
2023-05-18 09:52:17
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但是上述操作也具有一个小问题那就是构建两相盒子后，两种分子会有部分重叠，例如一类分子会分布在另一种种。如果有类似
原创
2023-10-02 11:27:45
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由此，模拟技术与实验、理论三者的结合是现
原创
2023-07-22 11:29:01
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