Linux 中安装Gromacs（2022 GPU-CUDA）
实机操作：Ubuntu20.04系统(Ubuntu 20.04.4 LTS版本)
安装Gromacs-2022 GPU-CUDA加速版
文章目录
- 前言
- 一、基础软件安装
- 1.gcc下载安装
- 2.g++下载安装
- 2.g++下载安装
- 3.python下载安装
- 4.cmake下载安装
- 二、显卡驱动和CUDA安装
- 1.显卡驱动
- 2.CUDA安装
- 三、Gromacs-2022 GPU-CUDA安装
- 本人比较过CPU与 GPU加速的运算速度
前言
实机操作：Ubuntu20.04系统(Ubuntu 20.04.4 LTS版本)
安装Gromacs-2022 GPU-CUDA加速版
电脑配置
CPU：I7-9750H
GPU：GTX 1660 TI
一、基础软件安装
所需要用到的软件为有
gcc ， g++ ， python ， cmake ，Gromacs
检查方法 命令
软件名 -version
软件名 -V以下安装均须要管理员权限，本人一直在root身份运行，若需要 以下命令前可加上sudo
1.gcc下载安装
apt-get install gcc2.g++下载安装
在这里插入代码片2.g++下载安装
apt-get install g++3.python下载安装
Ubuntu系统自带python3.8.10,没有的可以安装一下
apt install python4.cmake下载安装
apt-get install cmake二、显卡驱动和CUDA安装
1.显卡驱动
Ubuntu20.04安装之后已经有显卡驱动，但版本较旧，需要更改。
在左下角显示应用程序中 选择 “软件与更新”
“附加驱动” 更改为合适的驱动版本，这里选择了510版本。
另可以 下载显卡驱动手动安装
2.CUDA安装
首先查看驱动适用CUDA版本
nvidia-smi
去Nvidi官网下载cuda安装包：https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit-archive
本人选择deb安装方式
依次输入命令即可
下载安装结束后，配置环境变量
输入命令打开文件
gedit ~/.bashrc在文件最后输入以下语句
export PATH=/usr/local/cuda-11.6/binKaTeX parse error: Expected '}', got 'EOF' at end of input: {PATH:+:{PATH}}
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.6/lib64KaTeX parse error: Expected '}', got 'EOF' at end of input: …LIBRARY_PATH:+:{LD_LIBRARY_PATH}}
（以上路径以各自安装的CUDA版本和安装路径 自行修改）保存
输入以下命令，更新环境变量配置
source ~/.bashrc至此CUDA安装完成，输入nvcc -V命令查看CUDA信息
nvcc -V
三、Gromacs-2022 GPU-CUDA安装
打开gromacs官网，下载最新版gromacs-2022
https://manual.gromacs.org/documentation/
将tar.gz文件解压
tar xfz gromacs-2022.tar.gz进入解压后的文件夹
cd gromacs-2022
mkdir build
cd build在build目录下用cmake进行安装
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda11.6
#（以实际CUDA tookit安装路径及版本为准）
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC安装完成后输入
gmx -version查看版本信息
若关闭后无法使用此命令 则可能是环境变量没有设置
设置环境变量
gedit ~/.bashrc在文件最后输入以下语句
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
（以上路径为 各自安装的Gromacs路径 自行修改）保存
输入以下命令，更新环境变量配置
source ~/.bashrc重启终端后就可以输入
gmx -version查看版本信息
安装Gromacs-gpu-CUDA完成
本人比较过CPU与 GPU加速的运算速度
以Justin1 中 1AKI.pdb为例
NVT NPT 预平衡
仅使用CPU(I7-9750H)运算 ：2.30h 2.20h
使用GPU加速（NVIDIA-RTX-1660 TI）运算 ：1min 1min
