前言本人菜鸟，记录一下自己学习使用Gromacs的过程。模拟一般过程：获取蛋白质结构文件 → 准备拓扑 → 选择力场 → 添加盒子、溶剂 → 添加离子 → 能量最小化 → 温度、压力平衡 → 开始模拟 → 分析结果软件：gromacs2021目录1.准备蛋白质结构文件2.准备拓扑、选择力场3.添加盒子、溶剂4.添加离子5.能量最小化6.温度、压力平衡7.开始模拟8.分析结果
1. 蛋白质准备文件从蛋白质文件中删除其他链和链，包括水分子(HOH)。在Ubuntu和Windows中，您可以使用vim、notepad++等编辑器。也可以使用以下命令删除hetatom:#linux
$ grep -v HETATM 1zni.pdb > 1zni_new.pdb
#windows
findstr -v HETATM 1zni.pdb > 1zni_new.pdb2
目录语法说明示例标量被除后的余数向量被除后的余数正值和负值被除后的余数浮点值被除后的余数 rem函数是两个数相除之后的余数。语法a - 被除数 被除数，指定为标量、向量、矩阵或多维数组。a&n
转载
2024-03-29 13:35:33
69阅读
✅作者简介：热爱科研的Matlab仿真开发者，修心和技术同步精进，matlab项目合作可私信。?个人主页：Matlab科研工作室?个人信条：格物致知。更多Matlab仿真内容点击?智能优化算法 神经网络预测 雷达通信 无线传感器 &n
原创
2023-02-27 12:33:44
272阅读
这将出来，体系每隔一段时候后会变换不同温度下的副本，以达到有助于体系突破能垒，增强采样的作用。副本交换分子动力学 (REMD) 是一种可用于加快任何类型模拟采样的方法，尤其是在构象被相对高能垒分隔的情况下。公zhong号: 320科技工作室。
原创
2023-05-18 09:44:57
218阅读
import remd_path = 'md.txt'out_path = 'out.txt'with open(md_path, 'r', encoding='utf-8') as
原创
2023-05-23 10:28:33
159阅读
