在Linux操作系统中，安装GROMACS（Groningen Machine for Chemical Simulations）是许多科研工作者和学生经常面临的任务之一。GROMACS是一款用于分子动力学模拟的开源软件，它可以模拟大分子的运动和相互作用，广泛应用于生物物理学、药物设计等领域。
要在Linux系统中安装GROMACS并非一件复杂的事情，但需要按照一定的步骤来进行。首先，用户需要确
原创
2024-04-29 12:17:31
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GROMACS是一种在生物分子模拟领域得到广泛应用的软件，它能够对蛋白质、多肽和其他生物分子进行分子动力学模拟。为了在Linux系统上使用GROMACS，必须首先将其正确安装并配置，下面将介绍如何在Linux系统上安装GROMACS的步骤。
首先，确保你的Linux系统已经安装了所需的依赖项，这些依赖项包括cmake、gcc、g++、make、perl等。如果缺少这些依赖项，可以通过包管理器如a
原创
2024-03-28 10:06:45
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在Linux中用vim写代码，但是不可能每次写的代码都没有错误，如果出错了，该怎么找出错误呢？ 在Linux中有个Linux专门的调试器—gdb，我们要学会使用gdb，这样对我们在Linux环境下编写代码有好处。 我们在Linux下写了这么一段代码： 这段代码的功能是将数组arr中的每个元素加起来，将结果返回给sum。 运行的结果如图所示，sum=3，很明显，结果是错误的，按理来说结果应该是55。
GROMACS介绍GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。科技的发展已然遍布世界，对于事物的探讨尤其是对微观动力学现象的研究越来越依赖于计算机。由此，模拟技术与实验、理论三者的结合是现在以及未来被认可和推广的研究手段。分子动力学模拟不仅可以解释实验现象，验证理论结果，而且还发挥着预见性作用。其在生物、医药、材料、化学等学科领域均有广泛应用。在分子动力学的模拟研究中，一款开源、自由、免费的软件GROMACS得到了广泛的应用。它可以用于几百万个粒子体系的分子动力学模拟研究，特别是生物
原创
2021-06-09 17:35:08
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1. 蛋白质准备文件从蛋白质文件中删除其他链和链，包括水分子(HOH)。在Ubuntu和Windows中，您可以使用vim、notepad++等编辑器。也可以使用以下命令删除hetatom:#linux
$ grep -v HETATM 1zni.pdb > 1zni_new.pdb
#windows
findstr -v HETATM 1zni.pdb > 1zni_new.pdb2
前言本人菜鸟，记录一下自己学习使用Gromacs的过程。模拟一般过程：获取蛋白质结构文件 → 准备拓扑 → 选择力场 → 添加盒子、溶剂 → 添加离子 → 能量最小化 → 温度、压力平衡 → 开始模拟 → 分析结果软件：gromacs2021目录1.准备蛋白质结构文件2.准备拓扑、选择力场3.添加盒子、溶剂4.添加离子5.能量最小化6.温度、压力平衡7.开始模拟8.分析结果
Gromacs是良好大分子分子动力学模拟软件 ，鉴于当前网络上关于此软件的使用说明及介绍很少，对于象我这样的初学者来说，有很大困难，所以根据我十天以来的安装和使用体会，借着酒劲写下以下的东西，为以后使用这个软件的同学创造一点点的便利。
当前网上能够搜索到的关于Gromacs安装的说明不外乎两篇中文指南，因为Gromacs是在Linux系统下安装使用的，所以这两篇文件中都需要设计 修改一
目录一、linux内安装gdb二、使用gdb调试程序步骤1.执行程序2.调试设置断点开始调试debug版本与release版本的说明： debug版本：在编译阶段会加入某些调试信息，是给程序员使用的
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2024-09-06 06:04:25
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Gromacs安装WSL2 Ubuntu 20.04.6 LTS1. 安装WSL22. 安装必要的软件2.1 安装gcc、g++、cmake2.2 安装cuda（需要nVidia显卡）3. 安装Gromacs3.1 下载Gromacs3.2 安装3.3 测试Colab1. 首次使用1.1 上传gromacs-2022.tar.gz1.2 在Colab中使用（修改自己上传的gromacs版本）2.
安装准备cmake2.8.8 or later C,C++ 3.gromacs包http://www.gromacs.org/Downloads安装步骤tar xfz gromacs.tar.gzcd gromacsmkdir buildcmake ../-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/software/gromacs 指定安装目录-DGMX_BINARY_SU
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2017-03-06 09:38:01
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上海大学2021～2022学年冬季学期《研究方法与前沿》综述报告报告题目:AI加速器的实现方法与应用 任课教师:评阅日期: AI加速器的实现方法与应用摘要：计算机系统的进化是人类最杰出的工程成就之一，我们现在手中的手机CPU的算力已经达到了50年前阿波罗登月计划所用的电脑的百万倍，而这归功于半导体行业的飞速进步。然而随着著名的摩尔定律和登纳德缩放比例定律
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文章目录安装Nvidia安装CUDA 安装Nvidia这里需要你的显卡是Nvidia显卡。禁用nouveau ubuntu默认安装了第三方开源的驱动程序nouveau，安装nvidia显卡驱动首先需要禁用nouveau，不然会碰到冲突的问题，导致无法安装nvidia显卡驱动。打开blacklist.conf文件sudo gedit /etc/modprobe.d/blacklist.conf在文
Gromacs命令行参数解析命令参数解析gmx pdb2gmx命令行功能 gromacs在处理数据之前要将pdb文件转化为gromacs能够处理的文件格式, 该步骤相当于是一个准备工作,准备之后进行能量最小化等操作所需要的结构文件。gmx pdb2gmx -f input.pdb -o input.gro -water spce
-f 参数用来指定输入的pdb文件（可以是其他格式的结构文件），该
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2024-10-19 11:53:58
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随着计算机技术的发展和计算能力的提升，以模拟和计算的方式去探究实验科学中无法看到的分子机制和细节对目前的科
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2023-05-18 09:52:17
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但是上述操作也具有一个小问题那就是构建两相盒子后，两种分子会有部分重叠，例如一类分子会分布在另一种种。如果有类似
原创
2023-10-02 11:27:45
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概念Compute Shader是在GPU上运行的程序。虽然是老生常谈了，但是我们还是要先介绍一下GPU。 众所周知，CPU和GPU是两种不同的架构，那么他们之间的区别是什么？1.CPU是基于低延迟的设计CPU有很强大的算术逻辑单元，减少操作延迟；巨大的Cache，为了降低内存访问的延迟；复杂的控制器，使用分支预测来减少分支延迟，使用数据转发减少数据延迟。我们可以这样说：CPU擅长逻辑
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2024-10-23 20:19:37
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由此，模拟技术与实验、理论三者的结合是现
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2023-07-22 11:29:01
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Linux 中安装Gromacs（2022 GPU-CUDA）实机操作：Ubuntu20.04系统(Ubuntu 20.04.4 LTS版本) 安装Gromacs-2022 GPU-CUDA加速版 文章目录前言一、基础软件安装1.gcc下载安装2.g++下载安装2.g++下载安装3.python下载安装4.cmake下载安装二、显卡驱动和CUDA安装1.显卡驱动2.CUDA安装三、Gromacs-
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2024-05-08 19:39:11
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GROMACS教程31 下载pdb文件3用pdb2gmx 处理 pdb 文件3建立盒子3设置能量最小化4用grompp程序进行文件处理6使用 genion 和tpr文件添加离子6用fws_ion.pdb来产生能量最小化的输入文件6在后台运行能量最小化(在命令后加&)7设置位置限制性模拟791 如何重启一个计算112 如何延长一个计算113 如何设置并行计算11五 模拟结果分析121 如何将
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2024-04-09 06:45:54
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