如果你是一个生信初学者，又或者你是一个学临床的，为了发文章开始学生信，学了点数据挖掘，GEO，TCGA什么的，但是对很多专有名词不理解，对很多流程或者步骤云里雾里，可以看看这个教程：生物信息学最佳实践-基础篇！对于很多半路学生信的朋友，或者就是为了发文章而学的人，在初学时都会被庞杂的生物学知识+计算机知识难倒！对于有生物医学背景的来说，计算机知识是最薄弱的地方。本书则很好的补全了这方面的知识，既然
转载
2024-01-24 23:30:47
58阅读
生物信息学在数据挖掘中占据了重要位置，尤其是在利用Python进行分析和处理时。本文将详细描述解决生信数据挖掘中遇到的一系列问题以及相应的解决方案。
## 背景定位
在生信数据挖掘过程中，数据的生成、收集和分析都呈现出复杂性和挑战性。例如，在基因组学研究中，随着高通量测序技术的发展，产生了海量的测序数据，如何高效地进行数据挖掘和处理，成为了行业的关键问题。
数学模型可以用来量化业务影响，我们
大数据与生物信息类SCI【期刊简介】IF：0.1-1.0，JCR4区，中科院4区【检索情况】SCI 在检，正刊【征稿领域】①大数据在生物信息学的中的应用（2023/9/25截稿）包括：大数据+基因测序， 或大数据+生物分类，或大数据+神经递质✔ 计算生物学创新技术的出现 ✔ 大数据和生物信息学：挑战和机遇 ✔ 生物信息学大数据方法的最新趋势和未来研究方向 ✔ 大数据在改造生物信息学领域中的作用 ✔
转载
2023-10-12 07:29:59
64阅读
# 生信数据挖掘入门教程
生物信息学（生信）数据挖掘是生命科学领域的重要工具，为研究基因组、蛋白质组和代谢组等生物数据提供了强有力的支持。在这篇文章中，我们将详细介绍如何进行生信数据挖掘的基本流程，并提供具体的代码示例，以帮助开发者更好地理解这一过程。
## 基本流程
生信数据挖掘的整个流程大致可以分为以下几个步骤：
| 步骤 | 描述
1、爬虫用了哪些包去抓的 答：requests、pyquery、selenium 2、词云用的哪个包 wordcloud 3、询问玩了什么游戏，回答原神，现在要写一个原神竞品的报告，应该从哪些方面去分析 答：根据游戏定位、用户群体、抽卡机制等方面 3、项目经历 4、机器学习的基本流程 数据探索、数据清洗（缺失值、重复值和异常值处理，属性规约）、特征工程、模型优化 5、介绍一下决策树 决策树是一种有
转载
2024-09-27 21:02:28
58阅读
一、前言很多情况下，不熟悉生信分析、不会写代码的科研er们想做出让审稿人满意的、信息含量丰富的、色(bi)彩(ge)斑(man)斓(man)的图片。常见的交互式工具如Origin、Excel、PPT等功能可能没那么强大，功能强大的编程语言如R、Matlab或Python等初学者和非生信专业的人又不友好。因此，那些宝藏在线作图网站就很符合大家的胃口了。下面就对常用的在线工具进行梳理。二、在线工具1.
# 生信数据挖掘技能教程
数据挖掘在生物信息学（生信）领域中的应用日益受到重视，掌握一定的生信数据挖掘技能将有助于深入理解生物数据，并从中提取有价值的信息。本文旨在帮助刚入行的小白理解生信数据挖掘的流程，并提供具体的实现步骤与代码示例。
## 生信数据挖掘的整体流程
在开始实际操作之前，我们先对整个流程有个清晰的认识。以下是生信数据挖掘的基本步骤：
| 步骤 | 描述 |
|------|
原创
2024-08-21 07:40:58
45阅读
更好的阅读体验 首页咱们就不看了，网页总的来讲非常干净，能做的分析大家可以看下，其实就是一整套的分析流程，一般的公司顺便做的那种流程基本就是这样了，不，远没有这么丰富。 这里有一个比较重要的一点就是，准备好自己的数据格式，跟网页要求的一样： 给大家留个链接：https://idepsite.wordpress.com/data-format/ 工具的作者准备好的，自己导入的数据格式要
转载
2023-11-14 19:21:39
41阅读
当然作为入门，python语言基础还是要会一点点的，不过不需要很深。工具嘛，我们只用关心怎么用得溜，平时也没人追究勺子咋造的只管拿来用，是吧~Biopython是一个包含大量实用功能模块的集合，它支持的数据结构可谓非常广泛：Blast结果 – standalone和在线BlastClustalwFASTAGenBankPubMed和Medline……Blast结果 – standalone和在线B
转载
2023-08-15 15:34:55
166阅读
# Python处理生信数据
## 引言
生物信息学是一门研究生物学数据的学科，它涉及到从生物实验中获取的大量的基因组学、转录组学和蛋白质组学等数据的分析和解释。Python作为一种功能强大且易于学习的编程语言，被广泛应用于生物信息学领域。本文将介绍如何使用Python处理生信数据，并给出相应的代码示例。
## 1. 数据获取
在处理生信数据之前，首先需要获取相应的数据。生信数据通常来自于
原创
2023-10-20 18:22:26
184阅读
这个是根据老师上课的内容所做的笔记，大家可以参考的看一下。上面部分是大纲，下面是所有的思维导图。蛋白质结构与功能确定蛋白质数据库PIR （protein informaon resources）【PSD】 来自于Genbank，EMBL,DDBJ 会导致数据库权威性不够，因为这三个数据库为核酸数据库，结果为预测，不够准确 从发表的文章得到的序列 提交得到的序列 SWISS-PROT/TrEMBL
转载
2024-01-23 09:00:57
75阅读
1写在前面最近实在是忙的不行，根本没时间更新，一到家就只想睡觉。?今天写个最近用到的分析方法，Weighted correlation network analysis (WGCNA)，是非常经典的生信分析方法了，现在被引有9913次了，马上就要破万啦。? 网上相关的教程也是不胜枚举，但多多少少是有些不尽人意的地方，有的少步骤，有的代码不全。? 这里在仔细阅读了官方手册后，在这里和大家一起认真地
转载
2023-11-01 19:37:41
92阅读
image.png下载好的文件大概格式如下image.png简单的了解一下都有什么A开头的grep "^A" hsa00001.kegimage.pngB开头的grep "^B" hsa00001.kegimage.pngC开头的(这一行是pathway行)grep "^C" hsa00001.kegimage.png黄色区域就表示keg
转载
2023-12-27 15:10:20
59阅读
# Python生信数据分析入门指南
## 1. 介绍
欢迎来到Python生信数据分析入门指南！在这篇文章中，我将会教你如何使用Python进行生物信息学数据分析。无论你是刚刚入门的小白还是经验丰富的开发者，都可以通过这篇指南来学习和实践。
## 2. 流程概述
在生物信息学数据分析中，通常会包括以下几个步骤：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 1 | 数据准备和
原创
2024-05-25 06:28:36
82阅读
# 生物信息学中的Python应用
生物信息学（Bioinformatics）是利用计算机科学和统计学的方法来分析生物数据，尤其是在基因组学、转录组学等领域。Python因其简洁的语法、丰富的库以及强大的社区支持，成为生物信息学研究中不可或缺的工具。本文将探讨生物信息学中的Python应用，包括常用库、示例代码，以及如何制定数据分析的旅行图。
## 常用库
在生物信息学中，Python有几个
原创
2024-09-04 06:30:53
74阅读
# Python在生物信息学中的应用
生物信息学是研究生命科学数据的存储、管理、分析和解释的学科。生物信息学借助计算机技术，处理和分析大量的生物学数据，为生物学研究提供了强有力的工具和方法。而Python作为一种简单易学且功能强大的编程语言，被广泛应用于生物信息学领域。本文将介绍Python在生物信息学中的应用，并附上一些代码示例。
## Python在生物信息学中的应用
### 数据处理和
原创
2023-12-29 07:35:21
144阅读
生信 Python 是一个日益重要的领域，它结合了生物信息学与 Python 编程语言，帮助研究人员和从业者更高效地处理各种生物数据。在这个过程中，你可能会遇到不同版本的工具、依赖库的兼容性问题、迁移等挑战。本文将详细记录我们在解决“生信 Python”相关问题中的方法与实践，包括版本对比、迁移指南、兼容性处理、实战案例、排错指南和生态扩展等内容。
### 版本对比
对于不同版本的生信 Pyt
image.png做这个题目之间必须要了解一些背景知识1.超几何分布超几何分布是统计学上一种离散概率分布。它描述了由有限个物件中抽出n个物件，成功抽出指定种类的物件的次数（不归还），称为超几何分布。2.富集分析的原理基于筛选的差异基因，或其他自己定义的一组基因，采用超几何检验，判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其他定义的通路富集。假设背景基因的数目为m背景基因中某一通路的pathway中的基
转载
2024-01-24 15:32:14
97阅读
出自同哥的小练习，用于巩固基础知识：
写程序 splitName.py, 读入test2.fa, 并取原始序列名字第一个空格前的名字为处理后的序列名字，输出到屏幕
用到的知识点
split
字符串的索引
输出格式为：
NM_001011874
gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctg.......
Answer:
for line in open(r'E:\Bioi
转载
2023-08-21 17:17:22
3阅读
1写在前面前面我们用WGCNA分析得到多个模块，其中有一些模块和我们感兴趣的表型或者临床特征是相关的。?接着就是要做模块的富集分析了，帮助我们了解这些模块的基因都有哪些已知的功能，涉及到哪些通路，在哪些疾病中最为重要。?现在这种做富集分析的包还是蛮多的，WGCNA包内也是内置了相关功能，不过首推的还是Y叔的clusterProfiler，在我心中真是YYDS。?2用到的包rm(list = ls(
转载
2023-12-08 16:08:41
241阅读
