当然作为入门，python语言基础还是要会一点点的，不过不需要很深。工具嘛，我们只用关心怎么用得溜，平时也没人追究勺子咋造的只管拿来用，是吧~Biopython是一个包含大量实用功能模块的集合，它支持的数据结构可谓非常广泛：Blast结果 – standalone和在线BlastClustalwFASTAGenBankPubMed和Medline……Blast结果 – standalone和在线B
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2023-08-15 15:34:55
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出自同哥的小练习，用于巩固基础知识：
写程序 splitName.py, 读入test2.fa, 并取原始序列名字第一个空格前的名字为处理后的序列名字，输出到屏幕
用到的知识点
split
字符串的索引
输出格式为：
NM_001011874
gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctg.......
Answer:
for line in open(r'E:\Bioi
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2023-08-21 17:17:22
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文章目录Counting Point Mutations 统计点突变ProblemSample DatasetSample Output孟德尔第一定律/分离定律问题说明样本集结果输出Translating RNA into Protein/RNA翻译成蛋白质ProblemSample DatasetSample OutputFinding a Motif in DNA/在DNA中找模体Probl
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2024-04-15 21:54:00
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一、入门标准 入门比较难定义，什么程度才算入门呢？1. 掌握基本的语法，熟练使用python的内置类型、内置函数和数据结构。 2. 了解一些基本的模块的使用，能够实现一些简单的需求。后面有一个实例，如果你能简单的做完，那我敢肯定你已经入门了。二、基本知识点 1.基本语法缩进：Python是通过代码缩进来决定代码层次逻辑的，一般约定使用4个空格版本问题：主要包括2.x系列的和3.x系列的，两者语法不
# Python在生物信息学分析中的应用
## 一、流程概述
为了实现生信分析，我们通常需要遵循以下步骤：
| 步骤 | 描述 |
| ---- | ---- |
| 1 | 数据获取 |
| 2 | 数据预处理 |
| 3 | 数据分析 |
| 4 | 结果可视化 |
## 二、详细步骤
### 1. 数据获取
在这一步骤中，我们需要获取生物信息学相关的数据集。可以通过公开数据库如N
原创
2024-02-25 04:25:42
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导语：生物信息学分析已经成为当前科研狗们的必备技能，但对于广大非生信专业的科研人员来说，Python，Perl和R语言这些高大上的专业生信技能似乎有些遥不可及，但其实我们完全不必和那些代码打交道，很多在线的网站就具有强大的分析作图功能。上期小编已经给大家分享了NCBI中的几个小工具(转录组分析是目前应用最为广泛的测序分析之一，最常见的目的是挖掘不同样品间的差异表达基因，并分析这些基因的功能注释和调
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2023-09-13 19:21:15
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在学习了生信大神孟浩巍的知乎Live “学习Python, 做生信”之后，对第二部分的文件信息处理部分整理了如下的笔记。一、fasta与fastq格式的转换1、首先需要了解FASTA和FASTQ格式的详解1）具体的详解看知乎专栏的这篇文章，写的很详细。https://zhuanlan.zhihu.com/p/207145402）关于FASTA主要分为两部分：第一行是“>”开始的储运存的序列描
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2023-08-09 15:28:17
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image.pngwget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-87/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.87.chr.gtf.gz
grep -v "#" Homo_sapiens.GRCh38.87.chr.gtf.gz >hg38.gtf.gz
gunzip hg38.gtf.gz做题之前我们先看看文件的内容是什么i
这个是根据老师上课的内容所做的笔记，大家可以参考的看一下。上面部分是大纲，下面是所有的思维导图。蛋白质结构与功能确定蛋白质数据库PIR （protein informaon resources）【PSD】 来自于Genbank，EMBL,DDBJ 会导致数据库权威性不够，因为这三个数据库为核酸数据库，结果为预测，不够准确 从发表的文章得到的序列 提交得到的序列 SWISS-PROT/TrEMBL
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2024-01-23 09:00:57
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# Python在生物信息学中的应用
生物信息学是研究生命科学数据的存储、管理、分析和解释的学科。生物信息学借助计算机技术，处理和分析大量的生物学数据，为生物学研究提供了强有力的工具和方法。而Python作为一种简单易学且功能强大的编程语言，被广泛应用于生物信息学领域。本文将介绍Python在生物信息学中的应用，并附上一些代码示例。
## Python在生物信息学中的应用
### 数据处理和
原创
2023-12-29 07:35:21
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# 生物信息学中的Python应用
生物信息学（Bioinformatics）是利用计算机科学和统计学的方法来分析生物数据，尤其是在基因组学、转录组学等领域。Python因其简洁的语法、丰富的库以及强大的社区支持，成为生物信息学研究中不可或缺的工具。本文将探讨生物信息学中的Python应用，包括常用库、示例代码，以及如何制定数据分析的旅行图。
## 常用库
在生物信息学中，Python有几个
原创
2024-09-04 06:30:53
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# Python生信数据分析入门指南
## 1. 介绍
欢迎来到Python生信数据分析入门指南！在这篇文章中，我将会教你如何使用Python进行生物信息学数据分析。无论你是刚刚入门的小白还是经验丰富的开发者，都可以通过这篇指南来学习和实践。
## 2. 流程概述
在生物信息学数据分析中，通常会包括以下几个步骤：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 1 | 数据准备和
原创
2024-05-25 06:28:36
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生信 Python 是一个日益重要的领域，它结合了生物信息学与 Python 编程语言，帮助研究人员和从业者更高效地处理各种生物数据。在这个过程中，你可能会遇到不同版本的工具、依赖库的兼容性问题、迁移等挑战。本文将详细记录我们在解决“生信 Python”相关问题中的方法与实践，包括版本对比、迁移指南、兼容性处理、实战案例、排错指南和生态扩展等内容。
### 版本对比
对于不同版本的生信 Pyt
image.png做这个题目之间必须要了解一些背景知识1.超几何分布超几何分布是统计学上一种离散概率分布。它描述了由有限个物件中抽出n个物件，成功抽出指定种类的物件的次数（不归还），称为超几何分布。2.富集分析的原理基于筛选的差异基因，或其他自己定义的一组基因，采用超几何检验，判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其他定义的通路富集。假设背景基因的数目为m背景基因中某一通路的pathway中的基
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2024-01-24 15:32:14
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1写在前面前面我们用WGCNA分析得到多个模块，其中有一些模块和我们感兴趣的表型或者临床特征是相关的。?接着就是要做模块的富集分析了，帮助我们了解这些模块的基因都有哪些已知的功能，涉及到哪些通路，在哪些疾病中最为重要。?现在这种做富集分析的包还是蛮多的，WGCNA包内也是内置了相关功能，不过首推的还是Y叔的clusterProfiler，在我心中真是YYDS。?2用到的包rm(list = ls(
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2023-12-08 16:08:41
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FastQC是一款基于Java的软件，一般都是在linux环境下使用命令行运行，它可以快速多线程地对测序数据进行质量评估（Quality Control），其官网地址为：Babraham Bioinformaticsfastx Toolkit 在使用FastQC之后，如果我们发现了一些问题（序列质量不高，），那么我们该使用什么样的工具，去解决这些问题呢？fastx Toolkit是包含处理fast
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2023-12-18 21:20:43
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# 生信 Python 实战入门指南
生物信息学（Bioinformatics）是一个结合生物学、计算机科学和数学的跨学科领域。在这个领域中，使用Python进行数据分析和处理非常常见。本文将为刚入行的小白提供一个从零开始学习生信 Python 的实战流程指南。
## 整体流程
下面是实现生信 Python 实战的基本步骤：
| 步骤 | 描述
Dana Pe'er Lab of Computational Systems BiologyDana Pe'er是哥伦比亚大学生物科学系的副教授，被认为是计算系统生物学的主要研究人员之一。Dana Pe'er的研究重点是理解分子网络的组织，功能和进化，特别关注的是遗传变异如何改变调控网络，以及这些遗传变异如何导致癌症。教育背景：
bachelor's degree --- 耶路撒冷希伯来大学(H
# 生物信息学分析与Python基础
## 引言
生物信息学（Bioinformatics）是一门融合生物学、计算机科学和数学的交叉学科，主要用于分析和解释生物数据，尤其是基因组、转录组和蛋白质组等大规模生物数据。Python作为一种易于学习、功能强大的编程语言，已成为生物信息学分析中常用的工具之一。
本文将探讨生物信息学分析的基本概念，并提供一些简单的Python代码示例，以帮助理解如何使
# Python在生物信息学分析中的应用
生物信息学是一门涉及生物学、计算机科学和统计学等领域的跨学科学科，用于处理和分析生物学数据。Python作为一种简单易学、功能强大的编程语言，在生物信息学领域得到了广泛的应用。本文将介绍Python在生物信息学分析中的应用，并通过一个简单的示例来展示其使用。
## Python在生物信息学中的优势
Python作为一种通用编程语言，在生物信息学领域有
原创
2024-05-18 04:37:12
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