这个是根据老师上课的内容所做的笔记，大家可以参考的看一下。上面部分是大纲，下面是所有的思维导图。蛋白质结构与功能确定蛋白质数据库PIR （protein informaon resources）【PSD】 来自于Genbank，EMBL,DDBJ 会导致数据库权威性不够，因为这三个数据库为核酸数据库，结果为预测，不够准确 从发表的文章得到的序列 提交得到的序列 SWISS-PROT/TrEMBL
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2024-01-23 09:00:57
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# 生信 Python 实战入门指南
生物信息学（Bioinformatics）是一个结合生物学、计算机科学和数学的跨学科领域。在这个领域中，使用Python进行数据分析和处理非常常见。本文将为刚入行的小白提供一个从零开始学习生信 Python 的实战流程指南。
## 整体流程
下面是实现生信 Python 实战的基本步骤：
| 步骤 | 描述
生信分析平台方案推介，助力科研专注 专业 共赢 目前生信分析对计算性能和存储高并发性能都提出来新的要求，例如在基因测序分析中，基因序列数目庞大，对基因进行同源性搜寻、比对、分析、系统发育分析等需要对海量、复杂、多变的数据进行分析计算，因此需要用高性能计算（High Performance Computing，HPC）来进行基因数据的统计和分析。基因测序分析对高性能计算机的计算性能、内存容
当然作为入门，python语言基础还是要会一点点的，不过不需要很深。工具嘛，我们只用关心怎么用得溜，平时也没人追究勺子咋造的只管拿来用，是吧~Biopython是一个包含大量实用功能模块的集合，它支持的数据结构可谓非常广泛：Blast结果 – standalone和在线BlastClustalwFASTAGenBankPubMed和Medline……Blast结果 – standalone和在线B
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2023-08-15 15:34:55
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# Python在生物信息学中的应用
生物信息学是研究生命科学数据的存储、管理、分析和解释的学科。生物信息学借助计算机技术，处理和分析大量的生物学数据，为生物学研究提供了强有力的工具和方法。而Python作为一种简单易学且功能强大的编程语言，被广泛应用于生物信息学领域。本文将介绍Python在生物信息学中的应用，并附上一些代码示例。
## Python在生物信息学中的应用
### 数据处理和
原创
2023-12-29 07:35:21
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# 生物信息学中的Python应用
生物信息学（Bioinformatics）是利用计算机科学和统计学的方法来分析生物数据，尤其是在基因组学、转录组学等领域。Python因其简洁的语法、丰富的库以及强大的社区支持，成为生物信息学研究中不可或缺的工具。本文将探讨生物信息学中的Python应用，包括常用库、示例代码，以及如何制定数据分析的旅行图。
## 常用库
在生物信息学中，Python有几个
原创
2024-09-04 06:30:53
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# Python生信数据分析入门指南
## 1. 介绍
欢迎来到Python生信数据分析入门指南！在这篇文章中，我将会教你如何使用Python进行生物信息学数据分析。无论你是刚刚入门的小白还是经验丰富的开发者，都可以通过这篇指南来学习和实践。
## 2. 流程概述
在生物信息学数据分析中，通常会包括以下几个步骤：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 1 | 数据准备和
原创
2024-05-25 06:28:36
82阅读
生信 Python 是一个日益重要的领域，它结合了生物信息学与 Python 编程语言，帮助研究人员和从业者更高效地处理各种生物数据。在这个过程中，你可能会遇到不同版本的工具、依赖库的兼容性问题、迁移等挑战。本文将详细记录我们在解决“生信 Python”相关问题中的方法与实践，包括版本对比、迁移指南、兼容性处理、实战案例、排错指南和生态扩展等内容。
### 版本对比
对于不同版本的生信 Pyt
出自同哥的小练习，用于巩固基础知识：
写程序 splitName.py, 读入test2.fa, 并取原始序列名字第一个空格前的名字为处理后的序列名字，输出到屏幕
用到的知识点
split
字符串的索引
输出格式为：
NM_001011874
gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctg.......
Answer:
for line in open(r'E:\Bioi
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2023-08-21 17:17:22
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image.png做这个题目之间必须要了解一些背景知识1.超几何分布超几何分布是统计学上一种离散概率分布。它描述了由有限个物件中抽出n个物件，成功抽出指定种类的物件的次数（不归还），称为超几何分布。2.富集分析的原理基于筛选的差异基因，或其他自己定义的一组基因，采用超几何检验，判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其他定义的通路富集。假设背景基因的数目为m背景基因中某一通路的pathway中的基
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2024-01-24 15:32:14
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开源生信 Python教程生信专用简明 Python 文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python如何安装Python如何运行Python命令和脚本使用什么编辑器写Python脚本Python程序事例Python基本语法数值变量操作字符串变量操作列表操作集合操作Range使用字典
原创
2024-03-21 20:07:31
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开源生信 Python教程生信专用简明 Python
原创
2024-03-21 20:07:59
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开源生信 Python教程生信专用简明 Python 文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python如何安装Python如何运行Python命令和脚本使用什么编辑器写Python脚本Python程序事例Python基本语法数值变量操作字符串变量操作列表操作集合操作Range使用字典
原创
2024-03-21 21:36:16
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开源生信 Python教程生信专用简明 Python 文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python如何安装Python如何运行Python命令和脚本使用什么编辑器写Python脚本Python程序事例Python基本语法数值变量操作字符串变量操作列表操作集合操作Range使用字典
原创
2024-03-21 21:53:16
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1写在前面前面我们用WGCNA分析得到多个模块，其中有一些模块和我们感兴趣的表型或者临床特征是相关的。?接着就是要做模块的富集分析了，帮助我们了解这些模块的基因都有哪些已知的功能，涉及到哪些通路，在哪些疾病中最为重要。?现在这种做富集分析的包还是蛮多的，WGCNA包内也是内置了相关功能，不过首推的还是Y叔的clusterProfiler，在我心中真是YYDS。?2用到的包rm(list = ls(
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2023-12-08 16:08:41
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开源生信 Python教程生信专用简明 Python 文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python如何安装Python如何运行Python命令和脚本使用什么编辑器写Python脚本Python程序事例Python基本语法数值变量操作字符串变量操作列表操作集合操作Range使用字典
原创
2024-03-21 21:27:35
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原创
2024-03-21 21:36:34
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开源生信 Python教程生信专用简明 Python 文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python如何安装Python如何运行Python命令和脚本使用什么编辑器写Python脚本Python程序事例Python基本语法数值变量操作字符串变量操作列表操作集合操作Range使用字典
原创
2024-03-21 21:45:43
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开源生信 Python教程生信专用简明 Python 文字和视
原创
2024-03-21 21:23:23
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开源生信 Python教程生信专用简明 Python 文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python如何安装Python如何运行Python命令和脚本使用什么编辑器写Python脚本Python程序事例Python基本语法数值变量操作字符串变量操作列表操作集合操作Range使用字典
原创
2024-03-21 21:28:16
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