在海量的组学数据中，我们经常需要根据已有的差异表达基因找到对应的注释信息。那么针对一系列基因ID批量获取其注释无疑能够大大简化后继的分析，提高科研效率。本次来分享使用python爬虫完成NCBI基因注释的方法。Sample input： 输入文件如下，是一列geneID。待获取的信息来源于NCBI-geneID页中Description项，也就是下图中红色方框项：Sample output： 最终
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2023-11-25 15:59:10
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今天花了挺久时间写的一个序列提取的小程序，运行成功了，但可能在效率和实现方面存在不足，以后再改进，并希望大佬们提供宝贵的指导意见以及思路准备文件1.存放基因id号的txt文件 2.某物种的全部蛋白序列生成文件生成所需基因的序列文件代码实现一实现思路：1.将所需要的基因ID存放于列表中，gene_list 2.将全部序列的fasta文件按行存放于列表中,all_seq_list 3.获取对应基因的序
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2023-07-06 11:32:29
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“脱氧核糖核酸(DNA)是一种分子，其中包含每个物种独特的生物学指令。DNA及其包含的说明在繁殖过程中从成年生物传给其后代。“简介基因组是生物体中DNA的完整集合。所有生物物种都有一个基因组，但是它们的差异很大。例如，人类基因组被排列成23条染色体，这有点像百科全书被编辑成23卷。如果算上所有字符(单个DNA“碱基对”)，每个人类基因组中将有超过60亿个字符。所以这是一个巨大的工程。人类基因组大约
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2024-07-04 20:56:17
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以人类YBX1为例，首先进入NIH官网，如下图，database选择gene，在输入框中输入自己需要找的基因名，点击搜索。 搜索后在下方search result中会显示很多结果，分别是不同物种的。点击人类的YBX1进入详情页面。 进入后，用浏览器自带的查找功能在页面内查找“genebank”。这里使用的是联想浏览器，不同浏览器页内查找方式可能不同，通常可以使用快捷键Ctrl+
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2023-11-02 20:21:34
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1.Ensembl stable ID ： Ensembl stable ID 的结构是根据不同物种设置的前缀, 加上数据所指的类型, 如基因蛋白质, 再加上一系列的数字. 有的时候可以有不同的版本, 则在 Ensembl ID 后面加上小数点和版本号. 例如：ENS表示物种（human）,G表示基因（gene） 2.UniProt UniProt 中录入的数据都被分配了一个唯一的 entr
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2024-05-13 21:00:27
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最近参加我们生信爆款入门和数据挖掘课程的学员反复咨询一个基因ID问题，就是为什么得到的结果基因名字那么奇怪（全部以LINC开头），而且ID进行转换时候，经常是50%左右的成功率，如果你也有这个疑问，那么恭喜你，看完这个教程，你肯定就懂了！ 这样的基因很多！C12orf44; Chromosome 12 Open Reading Frame 44; 这个是Corf系列基因的意思MIR系列基
以下以2种方法生成唯一IDdef uuid_method():
"""第一种方法"""
import uuid
return str(uuid.uuid1())
print(uuid_method()) def time_method():
"""第二种方法"""
import time, hashlib
m = hashlib.md5()
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2023-06-17 13:08:11
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一、背景传统健康险产品需要依靠“生命表”和“重大疾病发生率表”来进行产品设计。不同保险公司在设计产品时都需要基于以上两表，这就导致保险产品的同质化日益加重。同时由于传统的健康险产品基于总体发生概率来确定风险杠杆，吸烟体人群和非吸烟体人群的个体化差异被忽视。 使用机器学习技术，可以训练出针对个体的风险判断模型，通过该模型来估算不同个体的风险杠杆，以实现吸烟体和非吸烟体人群保险费率差异化定价。二、样本
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2024-01-27 23:47:37
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基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型，有三种策略： 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测(transcriptome-based prediction)：通过物种的RNA-seq数据辅助注
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2023-08-07 12:12:43
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前言在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python)GSEApy is a python wrapper for GESA and Enrichr.
It’s used for convenient
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2023-09-13 17:28:38
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软件介绍Vector NTI是一款生物技术研发功能型软件。能帮助检测基因序列，进行相关项目的分析，Vector NTI目前广泛应用于生物科技领域，方便研发人员对序列进行分析演算。本次带来Vector NTI最新版PC客户端资源下载，软件安装包内附有详细的教程说明，欢迎广大用户朋友们下载体验。Vector NTI特色从AlignX出口分子在文本窗格中选定的分子可以出口到GenBank、EMBL(Ge
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2023-11-16 13:42:17
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在Python中，具有相同数据类型的序列可以通过关系运算符进行比较。对序列进行比较大小，实际上就是对序列中的数据以“在字典中的顺序”（lexicographical ordering）进行比较，也就是出现在一本字典前面的数据要比后面的数据小。1 比较的方法1.1 当两个序列长度相同时对于比较两个长度相同的序列，先按照字典顺序，比较这两个序列的第一个数据值，如果能够比较出大小，则该结果即为这两个序列
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2023-05-28 18:02:44
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# Python 实现基因 Symbol 转 ID
在生物信息学的领域，基因符号（Gene Symbol）和基因 ID 之间的转换是非常重要的。基因符号通常更加简洁易记，而基因 ID 则是数据库中存储基因信息的唯一标识符。在许多分析中，我们需要将基因符号转换为基因 ID，以便进行后续的基因功能注释或富集分析。
## 为什么要进行基因符号转 ID？
* **数据整合**：在进行基因表达分析时，
原创
2024-09-24 05:48:59
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# Python分析NCBI基因序列
在生物信息学领域，基因序列分析是一个重要的研究方向。NCBI（国家生物技术信息中心）提供了丰富的基因序列数据，成为研究者们获取和分析基因数据的重要资源。本文将介绍如何使用Python对NCBI的基因序列进行分析，并提供相关代码示例，帮助你更深入地理解这一过程。
## 基础知识
在开始之前，我们需要了解一些基础知识。基因序列通常由一系列的核苷酸（A、T、C
原创
2024-08-27 07:38:51
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Python中的任何序列（可迭代的对象）都可以通过赋值操作进行拆分，包括但不限于元组、列表、字符串、文件、迭代器、生成器等。不过如果我们想从可迭代对象中分解出$N$个元素，但如果这个可迭代对象长度超过$N$，则会抛出异常"too many values to unpack"。针对这个问题的解决方案是... ...
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2021-10-09 22:12:00
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一、背景对于每个生物信息分析的人来说，ID 匹配（映射）是一项非常常见，但又很繁琐的任务。假设，我们有一个来自上游分析的 gene symbol 或报告的 ID 列表，然后我们的下一个分析却需要使用基因 ID（例如 Entrez gene id 或 Ensembl gene id）。这时候，我们就希望将基因符号或报告的 ID 的列表转换为相应的基因 ID。在开始介绍今天的主角 mygene 前，我
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2024-08-01 15:39:47
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题目:
for(int i=1;i<=n;i++)
{
for(int j=m/2
原创
2022-11-07 15:19:36
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利用python脚本，提取指定ID名称的序列 #!/usr/bin/python3
#-*- coding:utf-8 -*-
#提取指定ID的序列
import sys
args=sys.argv
fr=open(args[1], 'r')
fw=open('./out.fasta', 'w')
dict={}
for line in fr:
if line.startswith('
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2023-06-20 17:14:41
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传送门题目描述给出一个含有nn个数的整数序列，把它拆分成两个序列，使分成的两个序列之和的差值最小输入格式第一行一个正整数n，第二行含n个正整数的序列a[n]。输出格式一个正整数表示分成的两个子序列之和的最小差值思路：先得出序列的总值sum，然后用01背包解法找到小于等于sum/2的子序列。#include<bits/stdc++.h>using namespace std;#d
原创
2022-11-07 13:46:13
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RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释，并分类统计的软件，几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。很多small RNA, lncRNA与Repeat区有密切关系。之前我在2013在PLOB发布过《RepeatMasker安装方法与使用 》，阅读近7600+。相关百度云中Repbase也被下载几千次。但目前软件和数据库均更新很多次
