以人类YBX1为例，首先进入NIH官网，如下图，database选择gene，在输入框中输入自己需要找的基因名，点击搜索。 搜索后在下方search result中会显示很多结果，分别是不同物种的。点击人类的YBX1进入详情页面。 进入后，用浏览器自带的查找功能在页面内查找“genebank”。这里使用的是联想浏览器，不同浏览器页内查找方式可能不同，通常可以使用快捷键Ctrl+
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2023-11-02 20:21:34
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在海量的组学数据中，我们经常需要根据已有的差异表达基因找到对应的注释信息。那么针对一系列基因ID批量获取其注释无疑能够大大简化后继的分析，提高科研效率。本次来分享使用python爬虫完成NCBI基因注释的方法。Sample input： 输入文件如下，是一列geneID。待获取的信息来源于NCBI-geneID页中Description项，也就是下图中红色方框项：Sample output： 最终
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2023-11-25 15:59:10
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基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型，有三种策略： 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测(transcriptome-based prediction)：通过物种的RNA-seq数据辅助注
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2023-08-07 12:12:43
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前言在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python)GSEApy is a python wrapper for GESA and Enrichr.
It’s used for convenient
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2023-09-13 17:28:38
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软件介绍Vector NTI是一款生物技术研发功能型软件。能帮助检测基因序列，进行相关项目的分析，Vector NTI目前广泛应用于生物科技领域，方便研发人员对序列进行分析演算。本次带来Vector NTI最新版PC客户端资源下载，软件安装包内附有详细的教程说明，欢迎广大用户朋友们下载体验。Vector NTI特色从AlignX出口分子在文本窗格中选定的分子可以出口到GenBank、EMBL(Ge
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2023-11-16 13:42:17
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在Python中，具有相同数据类型的序列可以通过关系运算符进行比较。对序列进行比较大小，实际上就是对序列中的数据以“在字典中的顺序”（lexicographical ordering）进行比较，也就是出现在一本字典前面的数据要比后面的数据小。1 比较的方法1.1 当两个序列长度相同时对于比较两个长度相同的序列，先按照字典顺序，比较这两个序列的第一个数据值，如果能够比较出大小，则该结果即为这两个序列
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2023-05-28 18:02:44
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# Python分析NCBI基因序列
在生物信息学领域，基因序列分析是一个重要的研究方向。NCBI（国家生物技术信息中心）提供了丰富的基因序列数据，成为研究者们获取和分析基因数据的重要资源。本文将介绍如何使用Python对NCBI的基因序列进行分析，并提供相关代码示例，帮助你更深入地理解这一过程。
## 基础知识
在开始之前，我们需要了解一些基础知识。基因序列通常由一系列的核苷酸（A、T、C
原创
2024-08-27 07:38:51
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利用python脚本，提取指定ID名称的序列 #!/usr/bin/python3
#-*- coding:utf-8 -*-
#提取指定ID的序列
import sys
args=sys.argv
fr=open(args[1], 'r')
fw=open('./out.fasta', 'w')
dict={}
for line in fr:
if line.startswith('
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2023-06-20 17:14:41
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RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释，并分类统计的软件，几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。很多small RNA, lncRNA与Repeat区有密切关系。之前我在2013在PLOB发布过《RepeatMasker安装方法与使用 》，阅读近7600+。相关百度云中Repbase也被下载几千次。但目前软件和数据库均更新很多次
在生物信息学研究中，获取基因组序列是一个关键的步骤。利用Python语言能够高效地从各种公共数据库下载这些序列。在这篇博文中，我们将详细探讨“Python下载基因组序列”的过程中，涉及到版本对比、迁移指南、兼容性处理、实战案例、排错指南和性能优化等方面。
### 版本对比
在Python生态中，有几个流行的库可以用于下载基因组序列，如 `BioPython` 和 `pyEnsembl`。这些库
在生物信息学的研究中，获取基因序列是分析和实验的基础，而“ncbi下载基因序列fasta python”便是实现这一需求的有效方法。在这篇博文中，我将详细记录下如何使用Python从NCBI网站下载基因序列的过程，包括背景定位、演进历程、架构设计、性能攻坚和扩展应用。
## 背景定位
随着基因组学与生物技术的发展，研究人员需要大量基因序列进行比对和分析。NCBI（国家生物技术信息中心）提供了丰
# 如何判断基因序列中是否包含特定基因
在生物信息学中，判断一个基因序列是否含有特定的基因是一项重要的任务。随着基因组学的发展，程序员和生物学家的合作越来越紧密，因此，掌握基本的编程知识，特别是Python，可以帮助你实现这一目标。本文将带你逐步实现这个功能。
## 整体流程
以下是实现判断序列是否包含特定基因的整体步骤：
| 步骤 | 描述
序列是一种数据存储方式，用来存储一系列的数据。在内存中，序列就是一块用来存放 多个值的连续的内存空间。 由于 Python3 中一切皆对象，出序列中存储的是整数对象的地址，而不是整数对象的值。 python 中常用的序列结构有： 字符串、列表、元组、字典、集合目录列表列表简介列表的创建基本语法[]创建list()创建range()创建整数列表推导式生成列表列表元素的增加和删除append()方法+
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2023-11-10 12:58:01
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1）gff3及gtf2简介一个物种的基因组测序完成后，需要对这些数据进行解读，首先要先找到这些序列中转录起始位点、基因、外显子、内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析。gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式。GFF(general feature format)：这种格式主要是用来注释基因组。 现大部分利用的是第三版，即gff3。GTF(gene transf
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2024-03-29 20:45:55
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今天花了挺久时间写的一个序列提取的小程序，运行成功了，但可能在效率和实现方面存在不足，以后再改进，并希望大佬们提供宝贵的指导意见以及思路准备文件1.存放基因id号的txt文件 2.某物种的全部蛋白序列生成文件生成所需基因的序列文件代码实现一实现思路：1.将所需要的基因ID存放于列表中，gene_list 2.将全部序列的fasta文件按行存放于列表中,all_seq_list 3.获取对应基因的序
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2023-07-06 11:32:29
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本周四（11月4日）下午三点，Molecular Plant 和Plant Communications 联合启动MPlant在线讲座—2021前沿技术系列，邀请了华南农业大学的夏瑞教授和陈程杰老师在线讲解了生物信息学工具TBtools的开发历程、主要功能、新的插件等内容并进行了应用演示。本次讲座吸引了一千三百多人在线参加和讨论，反响十分热烈。本次讲座视频录播已上传至bilibili网站，供大家在
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2023-12-21 14:01:57
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易点评癌症可能是由于宿主组织被细菌和病毒感染所诱发的。而这类致癌过程背后的机制主要有两类：一类是病毒将自身遗传物质整合到宿主基因组中从而导致致癌病毒蛋白的表达，而另一类则是细菌所导致的慢性炎症引发的组织癌变。随着基因组测序技术的快速发展，快速准确的获得大量的测序信息变得越来越容易。因此，在本研究中作者利用了3025个全基因组测序的数据库和相应的RNA-seq结果来深入的解析病毒、细菌和癌症之间的新
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2023-10-08 23:15:40
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WGS(Whole Genome Sequencing)指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA，检测并排列，此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。对于人类来说，全基因组测序的价值是极大的，它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性，当然也意味着更大的数据解读和更高的技术挑战。测序，简单来说就是将DNA化学信号转变为计算机可处理的数字信号。第一代测序技术——sanger法Sanger
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2024-01-30 23:28:30
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第一讲：三位一体的基因概念一、三位一体的基因概念基因确切存在基因呈线状排列在染色体上基因决定某一特定性状基因可以突变基因可交换三位一体：基因是功能单位基因是突变单位基因是重组单位二、基因在染色体上的证据染色体在有丝分裂中的行为染色体在减数分裂中的行为白眼性状伴性遗传染色体不分离现象第二讲：三位一体基因概念的修正一、基因是突变单位的修正利用不同突变纯合子杂交得到杂合子一代，根据子一代表型是突变型还是
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2023-12-27 14:04:04
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目录1. 表达式树【★★★★】1.1 开放阅读框（ORFs）2. 基因的结构和功能组织【★★★★】3. 翻译后的相互作用和连接函数【★★★】4. 其他术语【★】4.1 Karva语言:GEP的语言5. 参考书籍 1. 表达式树【★★★★】【ps：这里先看懂表达式树是怎么转换为数学式子PS：注意结合前边内容基因表达式编程(GEP)自学 第【1】天 Python 实现】1.1 开放阅读框（ORFs）
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2023-10-12 21:20:51
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