桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你134篇原创内容桓峰基因公众号推出基于基因组数据生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的教程目录如下：DNA 1. Germline Mutation Vs. Somatic Mutation 傻傻分不清楚DNA 2. SCI 文章中基因组变异分析神器之 ma
1. 场景描述一直做java，因项目原因，需要封装一些经典的算法到平台上去，就一边学习python，一边网上寻找经典算法代码，今天介绍下经典的相关性算法，算法原理就不介绍了，只从代码层面进行介绍，包含：rest接口、连接mpp数据库、回传json数据、下载图片及数据。（python聚类算法解决方案（rest接口/连接mpp数据库/回传json数据/下载图片及数据））2. 解决方案2.1 项目套路（
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2024-04-14 13:43:12
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之前使用es，更多的是使用term查询，和agg聚合分析。对相关性关注较少。实际上es擅长的是做模糊搜
原创
2023-06-10 06:11:56
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前言在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python)GSEApy is a python wrapper for GESA and Enrichr.
It’s used for convenient
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2023-09-13 17:28:38
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2019-04-25 19:26:00
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Ted Talks环境：Python2.7 Anaconda Jupyter Notebook数据集: https://www.kaggle.com/rounakbanik/ted-talks导入相应的库
%matplotlib inline
import pandas as pd
import numpy as np
from scipy import stats
import matplotl
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2024-03-12 07:29:35
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时间限制: 1000 ms ...
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2019-04-25 19:26:00
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1131：基因相关性时间限制: 1000 ms 内存限制: 65536 KB提交数: 10401 通过数: 5283【题目描述】为了获知基因序列在功能和结构上的相似性，经常需要将几条不同序列的DNA进行比对，以判断该比对的DNA是否具有相关性。现比对两条长度相同的DNA序列。定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对，如果一个碱基对中的两个碱基相同的话，则称为相...
原创
2021-08-10 09:59:54
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时间限制: 1000 ms 内存限制: 65536 KB 提交数: 10401 通过数: 5283
【题目描述】为了获知基因序列在功能和结构上的相似性，经常需要将几条不同序列的DNA进行比对，以判断该比对的DNA是否具有相关性。现比对两条长度相同的DNA序列。定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对，如果一个碱基对中的两个碱基相同的话，则称为相同碱基对。接着计算相同碱基对占总碱基对数量的比例，
原创
2022-03-24 11:34:35
415阅读
首先，做这个相关性分析，在这里需要安装几个R包。 使用场景 1.已经确定研究的基因，但是想探索他潜在的功能，可以通过跟这个基因表达最相关的基因来反推他的功能，这种方法在英语中称为guilt of association，协同犯罪。2.我们的注释方法依赖于TCGA大样本，既然他可以注释基因，那么任何跟肿瘤相关的基因都可以被注释，包括长链非编码RNABiocManager::install
表观遗传学是与遗传学(genetic)相对应的概念。遗传学是指基于基因序列改变所 致基因表达水平变化，如基因突变、基因杂合丢失和微卫星不稳定等；而表观遗传学则是指基于非基因序列改变所致基因表达水平变化，如DNA甲基化和染色质构象变 化等；表观基因组学(epigenomics) 则是在基因组水平上对表观遗传学改变的研究。 数据库介绍 01DNA
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2023-12-21 10:38:40
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# 用Python绘制基因相关性热图
## 引言
随着基因组学的发展，研究人员越来越关注基因之间的相互关系。基因相关性热图是一种强有力的可视化工具，可以帮助我们直观地分析基因之间的相关性。在这篇文章中，我们将使用Python库来绘制基因相关性热图，并通过代码示例演示具体的实现过程。
## 基因相关性热图的概念
基因相关性热图是一种矩阵图像，其中每个方格表示两个基因之间的相关性。热图中的颜色
## 计算基因相关性 R语言
### 导言
基因是生物体内的遗传物质，控制着生物体内的各种生命过程。在研究生物学中，我们经常需要计算基因之间的相关性，以了解它们之间的相互作用和功能关系。而R语言是一个功能强大的统计分析和绘图工具，提供了各种方法和函数来计算基因相关性。本文将介绍如何在R语言中计算基因相关性，并给出一些代码示例。
### 相关性的计算方法
在R语言中，我们可以使用不同的方法来
原创
2023-09-18 05:39:45
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在生物信息学领域，利用R语言进行单个基因与基因集的相关性分析是一个重要的研究方向。这项分析通常涉及多个生物数据集，通过各种统计方法来评估单个基因如何与一个已定义的基因集之间的关系。接下来，我将详细介绍如何解决这一问题的具体步骤。
## 协议背景
单个基因与基因集相关性分析旨在通过系统化的方法评估基因的生物学功能。我们可以通过四象限图来了解不同基因在生物过程中可能扮演的角色。
```merm
给定2个长度分别为m和n的DNA序列X和Y，以及一个长度为p的模式子串P．带有子序列包含约束的最长公共子序列问题就是要找出x和Y的不包含P为其子串的最长公共子序列。例如，如果给定的DNA序列x和Y分别为X=AATGCCTAGGC，Y=CGATCTGGAC，模式子序列P=TGGC，则子序列ATCTGG
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2020-03-01 12:43:00
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一、基因在任意癌症表达量相关性1. 获取基因名2. 制作基因在癌症的表达矩阵3. 绘制基因相关性热图二、基因集在癌症的表现1. 获取基因集2. 制作基因集在癌症的表达矩阵3. 绘图三、多个基因集相关性热图1. 获取基因集2. 制作基因集在癌症的表达矩阵3. 绘图 一、基因在任意癌症表达量相关性1. 获取基因名 从文献这个表中复制基因名library(stringr)
vCAF='Esam, Gn
在暑假的学习中，我简单的学习了一下阈值处理以及其实现，可见博客：阈值处理 阈值处理——实例分析之前看绿皮书觉得里面讲的虽然很好，但是就是不是很懂，经过一段时间的学习后，在反过来看绿皮书，才觉得是真的写的好；一张图片分为前景和后景，我们感兴趣的一般是前景，所以我们一般使用阈值将前景和后景分割开来，使我们感兴趣的图像的像素值为1，不感兴趣的我0，有时一张图我们会有几个不同的感兴趣
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2024-01-12 11:26:22
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一、相关原理概念 相关性（Correlation）：在统计学中，相关性或独立性是两个随机变量之间的统计关系。尽管在最广泛的意义上，相关性可以表示任何类型的关联，但统计学中，它通常指的是一对变量线性相关的程度。我们熟知的Pearson相关系数（ρ = cov（X,Y）/ sqrt（DX * DY）），它只对两个变量之间的线性关系敏感（
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2023-12-23 18:49:27
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我们之前讲过相关性分析，生物信息学常见的相关性分析是pearson相关和spearman相关。（生物信息学）R语言与统计学入门（六）—— Pearson和Spearman相关性分析_Lijingxian教你学生信的博客但是相关性分析也有它的的缺点。相关分析只能得出两个变量之间是否相关, 但却不能回答在两个变量之间 存在相关关系时, 它们之间是如何联系的, 即无法找出刻画它们之间因果关系 的函数关系
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2023-08-01 13:56:19
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python机器学习，不同分类介绍。仅供参考。分类一：机器学习算法分两个说法一：学习方式监督学习（有标签）决策树学习(ID3,C4.5等)朴素贝叶斯分类最小二乘回归逻辑回归（Logistic Regression）支撑向量机集成方法反向传递神经网络（Back Propagation Neural Network）非监督学习（无标签）奇异值分解主成分分析独立成分分析Apriori算法k-Means算
