1. 场景描述一直做java，因项目原因，需要封装一些经典的算法到平台上去，就一边学习python，一边网上寻找经典算法代码，今天介绍下经典的相关性算法，算法原理就不介绍了，只从代码层面进行介绍，包含：rest接口、连接mpp数据库、回传json数据、下载图片及数据。（python聚类算法解决方案（rest接口/连接mpp数据库/回传json数据/下载图片及数据））2. 解决方案2.1 项目套路（
转载
2024-04-14 13:43:12
42阅读
文章目录免疫组库高通量分析工具：IGoR题记摘要背景结果重组方案的概率分配V(D)J重组的推断方案的退化/退步分析与其他方法比较体细胞超突变讨论方法IGoR方法概述胚系基因比对和方案枚举序列分析学习算法超突变间的关联性译者简介猜你喜欢写在后面 免疫组库高通量分析工具：IGoRMarcou Q , Mora T , Walczak A M . High-throughput immune repe
一个试管中就可以装下1万亿台，运算速度每秒钟可以达到10亿次，而它所需要的能量仅仅是传统电脑的10亿分之一，DNA计算机到底是什么？ 为什么DNA能够进行计算？你听说过用DNA计算机来进行人工智能计算吗？你听说过用DNA计算机来检测癌症么？ ——新石器公园本篇博客内容来自一个试管中就可以装下1万亿台，运算速度每秒钟可以达到10亿次，而它所需要的能量仅仅是传统电脑的10亿
目录前言一、查找算法1.顺序查找（线性查找）2.二分查找二、排序算法1.冒泡排序2.直接选择排序3.插入排序4.直接插入排序···三、链表的基础操作1.链表的创建2.移除链表元素3.设计链表4.ListNode temp = head 与 ListNode dumpyNode = new ListNode(0) 的区别四、树的基础操作1.二叉树的定义2.二叉树的递归遍历，前中
转载
2023-07-21 16:20:43
80阅读
现在做生物和医学的，很多都可能会和各种组学数据打交道。其中表达谱数据总是最常用的，也是比较好测的。即使在工作中不去测序，也可以利用已有的数据库去做一些数据挖掘，找一找不同表型（比如癌症）对应的marker或者调控的通路。这里跟大家推荐一款分析表达谱数据的神器GENE-E，亲测比较好用，满足常用需求，可以做各种热图，聚类，箱图，相似分析和标记筛选等等，而且非常小巧。  
转载
2024-07-30 20:33:23
39阅读
前两天我们对GEO数据库来了一个大致的
介绍GEO数据集详细介绍GEO数据库介绍 (一)
。
我们对于目标数据集，我们做的第一个事情就
是差异分析，来寻找有差异的结果。
所有的表达芯片做的差异表达分析都是基于limma的算法来的。
我们今天介绍的这个GEO2R也只是把这个算法更加方便使用了而已。
PS：GEO2R只
什么是遗传算法遗传算法（Genetic Algorithm, GA）的灵感来自于达尔文生物进化论的生物进化过程——“物竞天择，适者生存”，是一种模拟自然界进化过程的蕴含遗传学机理的进化算法（Evolutianary Algorithm, EA），用于“高效解决困难的优化问题”，简单地说，就是用来搜索最优解的。遗传算法的一般过程 遗传算法是从代表问题可能潜在的解集的一个种群（population）开
转载
2024-06-28 12:48:28
126阅读
之前给大家介绍过单表超大的时候，需要分表，一般都是用主键进行hash，或者直接用雪花算法生成全局唯一id，然后按2^n取模，把一张超多数据的表，分成2^n个表。这个时候，问题来了：
如果一个业务里有多个key，例如订单中心，有buyer_id、order_id、seller_id等，我们希望相关的业务都入到同一个库或者同一个表，这样能减少跨库、跨表操作，增加效率。这该怎么办呢？
原创
2021-07-12 14:58:12
475阅读
基本基因表达式算法1. 个体种群【★★★】1.1. 初始种群的产生2. 适应度函数与选择【★★★★】2.1. 适应度函数和选择环境2.2. 选择3. 有修饰的复制【★★★★★】3.1. 复制和选择3.2. 变异3.3. 转座和插入序列元素3.3.1. IS转座：3.3.2. RIS转座3.3.3. 基因的转座3.4 重组3.4.1 单点重组3.4.2. 两点重组3.4.3. 基因重组4. 参考书
转载
2024-01-28 06:33:58
78阅读
亲爱的同学们~~~今天给大家介绍一个超牛的解决方案，我第一次知道的时候都惊呆了！这就是~~~基因 法算 之前给大家介绍过单表超大的时候，需要分表，一般都是用主键进行hash，或者直接用雪花算法生成全局唯一id，然后按2^n取模，把一张超多数据的表，分成2^n个表。这个时候，问题来了：如果一个业务里有多个key，例如订单中心，有buyer_id、order_id、seller_id等，我们希
原创
2021-03-18 21:45:05
557阅读
# 实现Java基因算法分表
## 引言
作为一名经验丰富的开发者，你需要教导一位刚入行的小白如何实现“Java基因算法分表”。本文将指导你如何实现这一任务，并通过表格、代码示例和流程图来帮助你理解整个过程。
## 整体流程
首先，让我们通过以下表格来展示整个实现Java基因算法分表的流程：
```markdown
| 步骤 | 描述 |
|------|-
原创
2024-06-05 07:41:43
48阅读
刚刚接触到基因组重组排序算法是研一的时候，由于导师在这方面造诣很高，所以有了初步的了解与接触。希望这篇文章可以让你对基因组重组排序有一个初步的了解。基因组重组概念：是计算生物学的重要领域，其研究目标是寻找最短的重组操作序列，将一种基因组转化为另一种基因组。背景与发展：比较不同生物的基因组，发现他们包含的基因大致相同，但是基因在染色体上的排列次序不同。后来发现，基因组重组一是生物进化的普遍模式，二是
转载
2024-10-12 16:32:35
26阅读
“脱氧核糖核酸(DNA)是一种分子，其中包含每个物种独特的生物学指令。DNA及其包含的说明在繁殖过程中从成年生物传给其后代。“简介基因组是生物体中DNA的完整集合。所有生物物种都有一个基因组，但是它们的差异很大。例如，人类基因组被排列成23条染色体，这有点像百科全书被编辑成23卷。如果算上所有字符(单个DNA“碱基对”)，每个人类基因组中将有超过60亿个字符。所以这是一个巨大的工程。人类基因组大约
转载
2024-07-04 20:56:17
66阅读
一、背景传统健康险产品需要依靠“生命表”和“重大疾病发生率表”来进行产品设计。不同保险公司在设计产品时都需要基于以上两表，这就导致保险产品的同质化日益加重。同时由于传统的健康险产品基于总体发生概率来确定风险杠杆，吸烟体人群和非吸烟体人群的个体化差异被忽视。 使用机器学习技术，可以训练出针对个体的风险判断模型，通过该模型来估算不同个体的风险杠杆，以实现吸烟体和非吸烟体人群保险费率差异化定价。二、样本
转载
2024-01-27 23:47:37
75阅读
以人类YBX1为例，首先进入NIH官网，如下图，database选择gene，在输入框中输入自己需要找的基因名，点击搜索。 搜索后在下方search result中会显示很多结果，分别是不同物种的。点击人类的YBX1进入详情页面。 进入后，用浏览器自带的查找功能在页面内查找“genebank”。这里使用的是联想浏览器，不同浏览器页内查找方式可能不同，通常可以使用快捷键Ctrl+
转载
2023-11-02 20:21:34
478阅读
在海量的组学数据中，我们经常需要根据已有的差异表达基因找到对应的注释信息。那么针对一系列基因ID批量获取其注释无疑能够大大简化后继的分析，提高科研效率。本次来分享使用python爬虫完成NCBI基因注释的方法。Sample input： 输入文件如下，是一列geneID。待获取的信息来源于NCBI-geneID页中Description项，也就是下图中红色方框项：Sample output： 最终
转载
2023-11-25 15:59:10
98阅读
以下内容来自官网教程DEAP Basic tutorials：进化计算框架，提供了多种算法所需模块(GA, GP, DE, PSO…) gplearn Welcome to gplearn’s documentation：python GP库，提供了符号回归，分类等方法1.gplearn1.1 Introduction(介绍)gplearn用python实现Genetic Programming，
转载
2024-05-14 10:17:52
77阅读
1、介绍 遗传算法（GeneticAlgorithm）是模拟达尔文生物进化论的自然选择和遗传学机理的生物进化过程的计算模型，通过模拟自然进化过程搜索最优解。遗传算法是从代表问题可能潜在的解集的一个种群（population）开始的，初代种群产生之后，按照适者生存和优胜劣汰的原理，逐代（generation）演化产生出越来越好的近似解，在每一代，根据问题域中个体的适应度（fitness）大小选择个体
转载
2024-09-20 14:44:48
23阅读
Hub gene在生物学研究中是一个高频词汇，它不仅在Frontier这类优秀期刊中被用来疯狂的灌水，更会在Nature，Cell这种顶级期刊中出现。1. 什么是Hub gene Hub gene 是对某一生物学过程起到重要调控作用的基因。而在具体的科研工作中，hub gene 则常常被定义为对差异表达基因集合（DEGs）具有最强调控作用的基因。2. 为何要寻找Hub gene hub gene往
转载
2023-09-27 06:23:30
489阅读
遗传算法 ( GA , Genetic Algorithm ) ，也称进化算法 。 遗传算法是受达尔文的进化论的启发，借鉴生物进化过程而提出的一种启发式搜索算法。因此在介绍遗传算法前有必要简单的介绍生物进化知识。
一.进化论知识
作为遗传算法生物背景的介绍，下面内容了解即可：
种群(Population)：生物的进化以群体的形式进行，这样的一个群体称
转载
精选
2012-05-29 09:04:17
1498阅读
