以下内容来自官网教程DEAP Basic tutorials：进化计算框架，提供了多种算法所需模块(GA, GP, DE, PSO…) gplearn Welcome to gplearn’s documentation：python GP库，提供了符号回归，分类等方法1.gplearn1.1 Introduction(介绍)gplearn用python实现Genetic Programming，
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2024-05-14 10:17:52
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# Python 基因名转换的科普介绍
在生物信息学中，基因名转换是常见的数据处理任务，尤其是在不同数据库之间进行基因名对照时。基因名的变化可能源于不同的研究、实验条件或数据更新。本文将介绍如何使用Python进行基因名转换，并附上相应的代码示例以及状态图和序列图，帮助大家理解这一过程。
## 基因名转换的背景
基因名转换的需求主要在于生物学研究中常用的基因名不同。例如，某些基因在NCBI数
# 基因名字转化为 Entrez ID 的 Python 实现
在生物信息学和基因组学研究中，基因名字和 Entrez ID（美国国立卫生研究院提供的基因数据库的唯一标识符）之间的转化是一个常见但重要的任务。这篇文章将介绍如何使用 Python 进行基因名字到 Entrez ID 的转换，并提供相应的代码示例。
## 什么是 Entrez ID？
Entrez ID 是一个用于表示基因、蛋白
原创
2024-09-26 06:20:05
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一、背景传统健康险产品需要依靠“生命表”和“重大疾病发生率表”来进行产品设计。不同保险公司在设计产品时都需要基于以上两表，这就导致保险产品的同质化日益加重。同时由于传统的健康险产品基于总体发生概率来确定风险杠杆，吸烟体人群和非吸烟体人群的个体化差异被忽视。 使用机器学习技术，可以训练出针对个体的风险判断模型，通过该模型来估算不同个体的风险杠杆，以实现吸烟体和非吸烟体人群保险费率差异化定价。二、样本
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2024-01-27 23:47:37
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1.Ensembl stable ID ： Ensembl stable ID 的结构是根据不同物种设置的前缀, 加上数据所指的类型, 如基因蛋白质, 再加上一系列的数字. 有的时候可以有不同的版本, 则在 Ensembl ID 后面加上小数点和版本号. 例如：ENS表示物种（human）,G表示基因（gene） 2.UniProt UniProt 中录入的数据都被分配了一个唯一的 entr
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2024-05-13 21:00:27
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基因id转换为基因名是基因组学研究中常见的任务之一。在生物学研究中，基因id通常以一系列数字或字母的组合形式表示，这使得基因的理解和分析变得困难。因此，将基因id转换为基因名可以更好地帮助研究人员理解和解释基因功能、相互作用等。
在R语言中，有许多工具和库可用于基因id转换为基因名。下面将介绍一种常用的方法，并给出相应的代码示例。
## 安装依赖库
在开始之前，我们需要安装两个R语言的依赖库
原创
2024-01-02 09:36:10
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基因名字是我们日常数据分析、阅读文献中最常见的一类术语，以下根据自己工作经验探讨下基因名在生物信息学数据分析中常见的坑！坑1：一个基因有两种名字基因的名字分成两种：一种是给计算机看的，也就是各种数据库中的基因ID，最常用的基因id数据库来源包括：Ensembl，NCBI，UCSC等；另一种是给人看的，就是我们常见的gene symbol，例如TP53。所以，根据名字来判断是哪个数据库中的id，是数
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2024-10-08 21:08:14
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# R语言基因名转换：从数据到生物学的桥梁
在生物信息学研究中，基因名转换是一项常见而重要的任务。基因名不仅是生物研究中的基本单位，同时也是不同数据库之间共享和分析数据的关键。本文将介绍如何使用R语言进行基因名转换，并举例说明具体操作。
## 基因名转换的背景
基因名可以来自不同的来源，如基因组数据库、文献或实验结果。由于不同数据库采用的命名约定和标准不同，可能会在基因名称上存在差异。因此，
# R语言基因表达数据转化log
在生物学研究中，基因表达数据通常是通过测序技术获得的。这些数据包含了基因在不同组织、不同条件下的表达水平。为了更好地分析和可视化这些数据，通常需要对原始数据进行一些预处理和转化。其中一个常见的处理步骤就是将原始表达数据转化为对数(log)值。
## 为什么要将基因表达数据转化为log值？
将基因表达数据转化为log值有几个好处：
1. **数据分布更接近正态
原创
2024-03-24 03:52:32
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# 利用R语言进行TCGA基因ID转换的实用指南
## 引言
癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）是一个广泛应用于癌症研究的公共数据库，包含大量关于基因变异、表达和临床信息的数据。TCGA中的基因ID通常采用不同于其他数据库的命名方式，因此在分析和整合数据时，我们需要将TCGA基因ID转换为其他常用基因ID（如Ensembl ID或Entrez ID）。
# 使用Python进行基因ID转换
在生物信息学领域，基因ID转换是一个常见且重要的任务。随着基因组学的快速发展，研究人员不断生成大量的数据，而这些数据往往使用不同的基因标识符，例如Ensembl、NCBI和UniProt等。因此，了解如何使用Python进行基因ID转换，可以有效地帮助科学家统一数据，提高分析的效率。
## 基因ID转换的必要性
基因ID转换的需求主要来源于以下几点：
1.软件版本 matlab R2018a2.步骤 (1).编写特定功能的matlab代码，以及其测试文件 (2).检查matlab代码的兼容性，确保matlab代码都能转换成C/C++代码（并不是所有的matlab代码都能生成C/C++代码） (3).生成 .c 文件和mex文件 (4).在
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2024-09-20 14:50:29
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1.请根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl 基因ID 对应的基因名(symbol)
包中自带函数toTable可以将各种命名方式转换为数据框
其中每种命名方式都和共同的gene_id对应,可以通过gene_id对各个命名数据框进行联结操作。> head(toTable(org.Hs.egENSEMBL))
gene_id ensembl_id
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2023-10-09 13:17:40
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基本基因表达式算法1. 个体种群【★★★】1.1. 初始种群的产生2. 适应度函数与选择【★★★★】2.1. 适应度函数和选择环境2.2. 选择3. 有修饰的复制【★★★★★】3.1. 复制和选择3.2. 变异3.3. 转座和插入序列元素3.3.1. IS转座：3.3.2. RIS转座3.3.3. 基因的转座3.4 重组3.4.1 单点重组3.4.2. 两点重组3.4.3. 基因重组4. 参考书
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2024-01-28 06:33:58
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最近做转录组的比对时，在建立索引过程中，遇见一个问题，就是我从ncbi下载的序列文件和gtf文件中，染色体命名规则竟然不一样，但序列文件和gff文件染色体命名规则是一样的，具体来说：序列文件和GFF文件中染色体位置以GWHAMMI开头，可是，gff文件又没办法直接和基因组fasta文件搭配使用，只好将 gff文件转gtf文件了。gff和gtf格式都可以储存基因信息，有很多共同点，存储信息侧重点又不
以下均来自百度百科1.什么是基因组？ 基因组是指细胞内所有的遗传信息，以核苷酸序列形式存储，细胞或者生物体中，一套完整单体的遗传物质的总和即为基因组。基因是DNA分子上具有遗传效应的特定核苷酸序列的总称，即具有遗传效应的DNA分子片段。人类基因组由 30亿个碱基对组成。 真核生物基因组较大，每个染色体有一个线形的DNA分子，每个DNA分子有多个复制起点。 原核生物基因
“脱氧核糖核酸(DNA)是一种分子，其中包含每个物种独特的生物学指令。DNA及其包含的说明在繁殖过程中从成年生物传给其后代。“简介基因组是生物体中DNA的完整集合。所有生物物种都有一个基因组，但是它们的差异很大。例如，人类基因组被排列成23条染色体，这有点像百科全书被编辑成23卷。如果算上所有字符(单个DNA“碱基对”)，每个人类基因组中将有超过60亿个字符。所以这是一个巨大的工程。人类基因组大约
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2024-07-04 20:56:17
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最近做PRS评分，需要用到连锁不平衡信息，来进行位点筛选，找了好几个工具用于计算连锁不平衡，也发现了个好用的网页工具来进行查询，在这里和大家分享一下！ 地址在这，阅读原文也是这个，后面的操作都在这个网页进行的。LDlink首页先来欣赏下首页，美国NIH的癌症研究所的工具，还是比较权威的，数据来自千人基因组计划，可以分人种进行信息查询。可以看到有好几个工具可用，我一般用的是SNPclip，这个工具可
# 用R语言对基因名进行排序
在进行生物信息学研究时，我们经常需要对基因进行排序、筛选和分析。而R语言是一种非常强大的工具，可以帮助我们处理和分析基因数据。在本文中，我们将介绍如何使用R语言对特定基因名进行排序的方法。
## 1. 安装和加载必要的库
在进行基因排序之前，我们首先需要安装并加载必要的R包。在这里，我们将使用`dplyr`包来进行排序操作。
```R
# 安装dplyr包
i
原创
2024-04-14 05:24:04
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以人类YBX1为例，首先进入NIH官网，如下图，database选择gene，在输入框中输入自己需要找的基因名，点击搜索。 搜索后在下方search result中会显示很多结果，分别是不同物种的。点击人类的YBX1进入详情页面。 进入后，用浏览器自带的查找功能在页面内查找“genebank”。这里使用的是联想浏览器，不同浏览器页内查找方式可能不同，通常可以使用快捷键Ctrl+
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2023-11-02 20:21:34
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