叶绿体基因组二代测序组装（个人经验分享）前段时间，有老师咨询我关于叶绿体基因组组装的问题，虽然本人不才，但也很热心地帮了个忙。虽说中间出了一些小意外，唉唉算了还是不提了。在这里顺便就个人常用的叶绿体基因组组装思路和方法（基于二代测序），给大家作个分享。叶绿体基因组本身不大（平均不到200kb），所以使用二代测序，在高深度测序模式下，配合一个有效的参考基因组，理论上足以组装出一条完整的环状序列出来（
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2024-01-05 16:30:17
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叶绿体基因组分析须要注意的地方（注释篇） 上期我们讲了组装问题，在组装完成后，就需要对序列进行注释了，叶绿体基因组的注释通常是经过同源比对注释的，同源注释的软件比较多，针对叶绿体基因组注释的软件也有很多，但是目前还没有一款可以得到完美注释结果的软件，所以学会自己检查注释的正确与否很重要。由于基于的是同源比对，那么参考的选择十分的重要，这里要注意一点，不是已经发表的叶绿体基因组
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2024-04-20 10:47:26
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今天的推文简单介绍一下使用GeOrganelle这款软件利用全基因组重测序数据组装叶绿体基因组的过程 现在做植物的叶绿体基因组基本上都是直接以新...
原创
2022-03-18 10:54:45
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录制了一期视频介绍绘制叶绿体基因组圈图的新工具Chloroplot本地使用，视频放到B站了，这里我就不放B站链接了，因为放B站链接文章就发不出来...
原创
2022-03-18 10:53:16
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文章题目Chloroplot: An Online Program for the versatile plotting of organelle genomes期刊frontiers in Genetics
25 September 2020
University of Helsinki这个工具是一个shiny应用 链接是 https://irscope.shinyapps.io/chlorop
原创
2022-03-18 11:12:51
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Circos安装与使用Circos是不款功能强大的可视化软件，可以使用环状图形展示基因数据比较。可以添加多种图展信息，如热图、散点图等。本教程目标:在Ubuntu上安装circos可视化宏基因组数据注: 除了本文的简短教程，circos官网有非常详细的教程安装Circossudo apt-get -y install libgd-perl
wd=~/test/metagenome17
cd $w
文章目录摘要工具与方法操作方法step.1 构建参考基因组数据库step.2 比对序列step.3 获取query_idstep.4 获取比对序列结果展示 摘要很久没有整理工作笔记了，一方面个人有些倦怠，另一方面国内国际发生的事都牵动着许多人，我也不例外。趁着今天项目不多，记录一下最近的解决方案。 上周遇到一个想检测测序样品中是否包含预期的细菌物种。使用nr数据库比对以及metaphlan3进行
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2023-10-25 17:11:50
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我这里使用python和biopython，关于python和Biopython的安装可以参考我的B站视频 https://www.bilibi...
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2022-03-18 10:47:53
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这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。 就我目前而言，它用来解决如下问题：在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可能的突变位点，我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变，这些突变基因有哪些功能？差异表达分析之后会得到许多的基因，这些基因有什么样的特征？如果要进行基因富集分析，不可避免就需要知道他们的GO,KEGG等注释信息。如果一个基因没
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2023-08-24 11:20:26
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宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) 。是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature” , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因
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2024-01-05 17:15:27
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1. 高通量测序是探索宏基因组学研究的一个工具1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads许多微生物未被分离，数据库中无相关信息； 利用宏基因组Reads与当前已知数据库进行比较分析，可以对数据产生新的理解； 已测序的基因组是宏基因组Reads来源确定最可靠的基础，探索与先前基因组密切相关的生物体基因组结构； 从独立测序转变成从环境中直接测序感兴趣的生物体的开始； 已分
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2024-06-18 06:12:59
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# 使用Python比较基因组：新手指南
在当今的生物信息学研究中，基因组比较是一个非常重要的过程，它可以帮助我们理解不同生物之间的基因差异、进化关系以及功能性特点。对于刚入行的小白来说，可能不太清楚从哪里开始。本文将详细介绍如何使用Python来进行基因组比较的整个流程。
## 流程概述
下面是进行基因组比较的基本流程：
| 步骤 | 描述
人类基因组参考基因组：GRCh38下载地址：ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/GRCh38_reference_genome/使用以上数据的有：https://github.com/chapmanb/cloudbiolinux/blob/master/ggd-recipes/hg38/bwa.yaml
原创
2023-01-04 10:54:56
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真核生物基因组的基因分析和预测一、摘要加深基因预测基本原理的理解（如密码子的偏好性、内含子外显子剪切识别序列等）；了解同源基因预测的意义所在；熟悉已有的基因预测的使用（如GenScan、GeneWise等）；二、材料和方法1、硬件平台处理器:Intel（R） Core（TM）i7-4710MQ CPU @ 2.50GHz 安装内存(RAM)：16.0GB2、系统平台Windows 8.1、Ubun
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2023-11-27 15:14:03
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The GCView Server is a comparative genomics tool for circular genomes (p...
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2022-03-09 10:42:39
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更新：20190108 浏览GetOrganelle软件的作者Kinggerm的github主页，发现了很多有用的python脚本，非常好的学习...
原创
2022-03-09 10:28:11
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简介MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒)组成的工具，它在宏基因组研究中非常有用，只需一条完命令即可获得微生物的物种丰度信息(扩增子物种组成需要质控、拼接、拆样本、切除引物、比对等步骤，此软件居然分析宏基因组这么方便)。同时配合自带的脚本可进一步统计和可视化。主页：http://segatalab.cibio.unitn.it/tools/metaphlan2/Meta
1. 背景一个朋友之前问过这个问题，问题可以分为：基因组选择中如何将ATCG的数据转化为012的形式如何进行基因组数据的过滤筛选有没有示例代码可以演示今天我将用一份模拟的芯片下机数据，演示一下如何进行基因组数据的筛选。2. 数据筛选的几个标准1，去除缺失率大于10%的SNP位点这句话的意思是，比如有50K个SNP位点，有1000个体，如果某一个SNP位点在1000个体中，...
原创
2021-06-04 22:53:04
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Liftoff 是一个可以准确根据同一物种或近缘物种基因组进行基因注释映射的工具（与liftOver进行不同基因组版本的染色体位置转换有
原创
2024-09-18 13:54:07
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