基因技术、纳米技术、机器人技术的新潘多拉之盒即将开启，你我却毫无查觉。我们不单受到大规模杀伤性武器的威胁，还有技术知识产生的大规模杀伤力。这一邪恶的力量，正由国家力量支持的大规模杀伤性武器，转向极端的个人。——Bill Joy，BSD操作系统，Vi编辑器，Sparc微处理器设计者，Sun联合创始人及前首席科学家难以抵挡的技术1978年5月25日清晨，芝加哥大学停车场，工作人员意外发现一个邮包，收件
# Python基因组测序数据组装
基因组测序是现代生物学和医学研究的重要技术之一，其核心在于对 DNA 序列的准确组装。随着高通量测序技术的发展，产生了大量的测序数据，这些数据的组装和分析成为了生物信息学中的一个热门研究领域。本文将探讨如何使用 Python 来进行基因组测序数据的组装，并提供相关的代码示例。
## 什么是基因组组装？
基因组组装是将来自 DNA 测序仪的短序列（称为 re
原创
2024-09-09 05:10:04
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深度测序（deep sequencing）,下一代测序（NGS），二代测序或者短读长测序（Shotr-read sequencing）在生命科学领域日趋成熟，甚至目前也发展出了单分子实时测序的第三代测序。利用测序研究生命活动的基本规律日趋重要，转录组测序，单细胞测序等等都已经成为大规模地研究基因的手段，使得研究人员可以根据数据，利用统计学的检验进行无偏见的选取目的基因。但是您可能会被那些令人生畏的
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2024-07-30 10:29:51
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已知达松维尔拟诺卡氏菌亚种是会导致人类放线菌瘤的环境生物，该样本是来自Keddieii血根杆菌DSM 10542的通用样品，旨通过基因组重测序探索其和参考基因组有何不同，找出基因组变异信息。1.需要的软件• 软件名：Aspera 版本号：4.0.2.38 • 软件名：sratoolkit 版本号：2.11.1 • 软件名：FastQC 版本号：0.11.7 • 软件名：Trimmomatic版本号
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2024-09-05 19:56:28
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一、构建hvg并查看是否有MT/ERCC基因混杂情况hvg基因为高变化基因，即在各个样本中，表达量差异最为明显的基因。#highly Variable gene:简单理解sd大的
scRNA <- FindVariableFeatures(scRNA, selection.method = "vst", nfeatures = 1500)
#根据文献原图，挑选变化最大的1500个h
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2024-04-26 11:27:16
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# 基因组重测序数据分析
基因组重测序（Genome Resequencing）是指对已经完成测序的基因组进行再次测序，以发现个体间的遗传变异。这种技术在现代遗传学、医学和生物信息学中扮演着重要角色，能够帮助我们理解各种疾病的遗传基础、寻找生物标志物以及推动精准医学的研究。本文将深入探讨基因组重测序数据分析的基本流程，并通过代码示例进行说明。
## 基因组重测序数据分析流程
基因组重测序数据
# 如何实现基因重测序数据分析方法vcf
## 概述
在基因组学领域，vcf文件是一种非常重要的文件格式，用于存储基因重测序数据的变异信息。本文将介绍如何通过一系列步骤来进行基因重测序数据分析方法vcf。我将会指导你从头到尾完成整个流程，让你能够熟练处理这一重要任务。
## 流程
首先，我们来看一下整个分析流程的步骤：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 1 | 数据准备
原创
2024-06-01 06:34:18
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宏基因组宿主去污染在上一篇文章中，详细的介绍了宏基因组如何下载以及如何使用fastp进行质控，本篇文章主要聚焦于如何对宿主污染进行去除。如何判断存在宿主污染的方法在上一篇文章中有提到，即GC含量严重偏离正态分布时我们就认为原始数据存在宿主污染，这里介绍的去除宿主污染的工具是bowtie2，同样的也有很多其他软件可以做到去污染，如bwa，kneaddata等软件。事实上，去除宿主污染的基本原理就是通
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2023-11-10 23:25:21
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【生信】全基因组测序（WGS）文章的文字/图片/代码部分/全部来源网络或学术论文，文章会持续修缮更新，仅供大家学习使用。目录1、全基因组测序(WGS) 的定义2、GWS流程2.1准备工作——分析软件2.2原始数据质控 2.3数据预处理 2.4变异检测1、全基因组测序(WGS) 的定义全基因组测序（WGS, Whole Genome Sequencing）是下一代测序技术，用于快
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2023-11-26 11:50:17
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金磊量子位 报道 | 7分钟，这是来自中国的一支团队“合力出成绩”、一举打破的世界纪录：全球首次将人类全基因组分析，推进分钟级时代。这支团队，由三家来自中国的机构共同组建。他们这次所做的具体任务，叫做30X人类全基因组测序（WGS）胚系变异分析。（其中，“30X”是指全基因组测序的深度）而在这个团队之前，同等条件下完成这项任务所需的时间，却长达近24小时之久。所以咱就是说，现在的“battle”结
在许多现代应用中，时序数据处理是个至关重要且复杂的问题。在我最近的一个项目中，我们遇到了一个与“时序数据处理 Java”相关的难题，这个问题不仅涉及到系统性能，还影响到了我们的用户体验。因此，我决定记录下这个问题的解决过程，分享我的思路和收获。
#### 问题背景
在一个基于 Java 的数据处理系统中，我们需要处理大量的时序数据，以实现实时监控和分析。在一段时间的高负载测试后，我们的团队注意
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期我们通过3篇高分文章来解读微量样本甲基化测序在肿瘤中的应用。01 肝细胞癌诊断和预后标题：Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma（循环肿瘤DNA甲基化标志物在肝细胞癌诊断和预后
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2023-11-07 15:55:27
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# Java时序数据处理
在日常软件开发中，我们经常会遇到需要处理时序数据的情况，比如处理日志、监控数据、传感器数据等。时序数据是一种按时间顺序排列的数据，通常包含时间戳和数值。Java作为一种流行的编程语言，提供了丰富的工具和库来处理时序数据。本文将介绍如何在Java中处理时序数据，并通过代码示例演示。
## 时序数据处理的基本概念
时序数据处理主要包括数据采集、存储、分析和可视化等步骤。
原创
2024-05-27 04:32:25
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原理介绍篇前言最近正在学习如何处理高通量测序的数据，我认为要处理高通量测序数，那么对测序原理要有一个清晰的认识，本篇文章介绍了sanger测序，二代测序的测序原理1. sanger测序要了解二代测序的优势，以及进步在何处，我们需要认识旧的测序方式的缺陷，从而深刻理解二代测序。我们知道，在DNA合成时，是通过四个不同的碱基，按照模板链一一合成的， 而在sanger测序中，需要介绍一种特殊的碱基 ——
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2023-10-24 18:03:23
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测序数据拿回来之后，会给一些数据。那么这些数据代表什么呢？1. 原始数据（Raw data）：一次测序产生的全部原始数据。理论上，它们应该是没有经过任何过滤的，无论好坏。2. PF数据（PF data）：在测序过程中，Illumina内置软件根据每个测序片段（read，通常每个片段长100个碱基）前25个碱基的质量决定该read是保留还是抛弃。如果没有达到质控标准，则该read的全部碱基都被抛弃；
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2023-07-06 16:16:22
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二代测序原理：1、DNA待测文库构建。 超声波把DNA打断成小片段，一般200--500bp，两端加上不同的接头2、Flowcell。一个flowcell，8个channel，很多接头3、桥式PCR扩增。每个DNA片段将在各自位置集中成束，每一束含有单个DNA模板的很多拷贝，目的：将碱基的信号强度放大，达到测序所需的信号要求。4、测序。边合成边测序。反应所需材料，dNTP的3’端特殊处理，不能继续
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2023-07-02 17:24:09
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每个测序样品的Raw Data包括两个FASTQ文件，分别包含所有cDNA片段两端测定的Reads。FASTQ格式文件示意图如下： FASTQ格式文件示意图注：FASTQ文件中通常每4行对应一个序列单元：第一行以@开头，后面接着序列标识（ID）以及其它可选的描述信息；第二行为碱基序列，即Reads；第三行以“+”开头，后面接着可选的描述信息；第四行为Reads每个碱基对应的质量打分编码，
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2024-04-15 13:20:43
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BWA–MEM 算法执行局部比对和剪接性。可能会出现 query 序列的多个不同的部位出现各自的最优匹配，导致 reads 有多个最佳匹配位点。
原创
2021-06-09 23:24:16
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全基因组重测序数据分析 1. 简介(Introduction) 通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变，结构变异-SNV，包括重排突变（deletioin, duplication 以及copy number variation）以及SNP的座位；针对重排突变和SNP的功能性进行综合分析；我们将分析基因功能（包括miRNA），重组率（Recombinat
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2024-01-15 22:38:24
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考虑这样一个问题，“如果要保证基因组上95%的区域其覆盖深度在30x以上的话，那么最低的平均测序深度应该是多少？”。 关于测序量的估计，对于做生物信息的人来讲应算是家常便饭了，多数时候我们都能直接根据以往项目的经验来获得，或是说的更具体些，在变异检测中一般要有25x以上的覆盖度才能得到一个比较靠谱的结果，于是以此为目的给出测序量的估计值；当然少数情况下也会有直接拍脑袋拍出一个值来的疯
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2023-11-01 23:25:39
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