为了满足科研同伴绘制基因组类型circos图的需求，联川生物近期推出了circos云工具，功能强大，操作简单，接下来将以下图为例，教大家如何使用circos云工具绘制一张高颜值circos图。文中图片绘制所用的示例数据，可以在文末找到下载地址。01 打开云工具 首先打开联川生物云平台circos云工具：选择circos绘图-基因组类型。02 绘制基因组框架 选择不使用示例数据，上传
# 如何用Python绘制基因图
在生物信息学中，绘制基因图通常用于展示基因结构、功能区域和其他相关信息。对于刚入行的小白来说，了解整个流程是学习如何实现这一目标的第一步。下面我将指导你们逐步完成这个项目。
## 项目流程
以下表格展示了我们完成绘制基因图所需的步骤：
| 步骤 | 描述 | 预计时间 |
|------|-----------
# Python差异基因图
在生物学研究中，差异基因是指在不同组织或不同生理状态下表达水平发生显著变化的基因。通过研究差异基因，我们可以深入了解不同组织或条件下的基因表达规律，从而揭示生物体内复杂的生物学过程。而在生物信息学领域，利用Python语言可以方便地对差异基因进行分析和可视化。
## 分析差异基因
在Python中，我们可以使用一些常见的库来对差异基因进行分析，比如`pandas`
原创
2024-05-22 03:35:48
76阅读
前言大多我们在做完差异表达之后都会看下我们的差异基因筛选的是否能将分组结果展现出来，都会选择热图，主要是热图技能聚类，又可以展现表达量的大小，非常直观，所以这期我们就说下热图的绘制方法。实例解析1. 数据读取数据的读取我们仍然使用的是 TCGA-COAD 的数据集，表达数据的读取以及临床信息分组的获得我们上期已经提过，我们使用的是edgeR 软件包计算出来的差异表达结果，合并了原始的 Count
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2023-09-23 09:12:15
309阅读
# R语言基因热图分析教程
## 介绍
在生物信息学和基因组学研究中，基因热图分析是一种常见的数据可视化方式，用于展示基因表达模式的变化。本教程将向你介绍如何使用R语言进行基因热图分析。
## 流程图
```mermaid
flowchart TD
A(获取基因表达数据) --> B(数据预处理)
B --> C(绘制基因热图)
```
## 步骤
### 1. 获取基因表达
原创
2024-03-30 03:48:45
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以一个细菌的测序数据为例子，介绍细菌基因组测序分析流程。本次实验中的细菌基因组大小为3.4M，通过illumina PE150bp测序，获得测序数据量为～800M，通过拼接得到该样本的草图基因组序列，并进行基因注释等分析。内容1 概述2 基因组de novo测序的分析 2.1 分析流程图
本文作者蒋刘一琦，自嘲是一个有艺术追求的生信狗，毕业于浙江大学生物信息学专业，目前在复旦大学就读研究生，研究方向为宏基因组。在生物信息领域我们常常使用 R 语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同 R 包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。
什么是热图(Heatmap) 热图是一个以颜色变化来显示数
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2023-07-16 16:32:24
217阅读
在分析生物信息学的大数据时，**bulk基因表达热图**的生成变得愈发重要。这样的热图可以帮助科学家直观地比较多个样本的基因表达水平，从而洞察潜在的生物学现象。在这篇文章中，我们将探讨如何使用Python生成这样的热图，并深入解析其背后的技术原理、架构设计及优化过程。
### 背景描述
随着基因组学研究的不断深入，测序技术的发展使得我们能够轻松获取大量的基因表达数据。然而，仅仅获取这些数据并不足
# 使用R语言绘制热图的步骤
作为一名经验丰富的开发者，我很高兴能够教会你如何使用R语言来实现“热图 特定基因”。下面是整个流程的步骤表格：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 步骤一 | 导入数据 |
| 步骤二 | 数据预处理 |
| 步骤三 | 绘制热图 |
接下来，我将会详细介绍每个步骤要做的事情，并提供相应的代码。
## 步骤一：导入数据
在开始绘制热图之前
原创
2024-01-12 08:26:23
131阅读
为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量，本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后利用acdSf3/acdSr4引物快速鉴定产ACC脱氨酶细菌acdSf3/acdSr4 Primer pair for Rapid Identification of ACC DeaminaseProducing Bacteria张宇薇2，彭龙2，袁志林1, 2 *，秦媛3，潘雪玉41林木遗传育种国家重点实验室，
基因表达谱热图的绘制1.数据的获取–从NCBI数据库下载基因表达谱数据 2.数据整理–将所有下载的基因表达谱数据放在一个Excel里，如下再转成文本文档（grain2.txt)。 3.R语言绘制热图（直接复制>后的代码）getwd() 查看当前工作目录 setwd("D:/1-R/myfile/file4")将工作目录设为grain2文本所在文件夹
install.packages(‘ph
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2023-06-20 14:47:20
399阅读
前言最近好多文章都是以单个基因为中心，干湿结合发一篇分值蛮高的 SCI 论文，这个同样也是目前的一个趋势，单个基因在 pan-cancer中的分布情况，比如功能，临床预测预后等，都是一个方向，精细分析一个基因将是个性化诊疗的一个方向。我们看到发在frotiers上的一篇文章，就是单基因生信分析的这个思路。基本思路单基因富集分析并不是说拿单个基因来进行富集分析，单个基因怎么能进行富集分析呢？一个基因
人类基因组概况： 人类基因组由ATCG四种碱基组成，但是CG的含量低于50%，所以CG含量低于AT含量。 一个基因组的dna大约3ug。 snp： 平均每100到1000个碱基会出现1个SNPs，不过密度并不均匀。 如果按照每1000个碱基存在1个SNP来计算，人类30亿个碱基中，大约有300万个SNPs。 人类基因组的突变频率1
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2024-01-05 22:47:38
307阅读
Circos安装与使用Circos是不款功能强大的可视化软件，可以使用环状图形展示基因数据比较。可以添加多种图展信息，如热图、散点图等。本教程目标:在Ubuntu上安装circos可视化宏基因组数据注: 除了本文的简短教程，circos官网有非常详细的教程安装Circossudo apt-get -y install libgd-perl
wd=~/test/metagenome17
cd $w
桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你134篇原创内容桓峰基因公众号推出基于基因组数据生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的教程目录如下：DNA 1. Germline Mutation Vs. Somatic Mutation 傻傻分不清楚DNA 2. SCI 文章中基因组变异分析神器之 ma
### R语言基因测序热图制作教程
作为一名经验丰富的开发者，我将会教你如何实现“R语言基因测序热图制作”。首先，让我们整体了解一下整个流程。
#### 流程表格
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 1 | 导入数据 |
| 2 | 数据预处理 |
| 3 | 绘制热图 |
#### 具体步骤及代码
##### 步骤1：导入数据
在R语言中，首先我们需要导入基因表达
原创
2024-04-06 06:30:27
194阅读
# Python绘制基因表达矩阵热图
基因表达矩阵热图是一种用来展示基因表达水平的可视化工具，通常用于对基因表达数据进行分析和展示。在生物信息学和基因组学领域，热图是非常常见的数据可视化方式之一。在本文中，我们将介绍如何使用Python绘制基因表达矩阵热图，并展示一些示例代码。
## 什么是基因表达矩阵热图？
基因表达矩阵热图是一种二维图形表示方法，通常用颜色来表示数据的大小。在基因表达矩阵
原创
2024-05-31 06:33:39
322阅读
为了创建基因热图，首先需要明确一些背景信息。基因热图是一种常用的数据可视化方法，通常用于展示基因表达数据的变化。这种可视化可以帮助研究人员快速识别基因之间的关系，以及它们在不同条件下表现出的差异。
在基因表达分析中，假设有 $n$ 个基因和 $m$ 个样本，我们的目标是生成一个 $n \times m$ 的二维热图，每个单元格的颜色代表对应基因在对应样本中的表达量。这个过程涉及数据准备、标准化和
R语言是一种功能强大的数据分析和可视化工具，它提供了丰富的绘图函数和包，用于创建各种类型的图形。本文将介绍如何使用R语言绘制基因位置图。
基因位置图是一种常用的可视化方式，用于展示基因在染色体上的位置和分布。在绘制基因位置图之前，我们需要准备好基因数据和染色体坐标数据。基因数据一般包含基因名称、染色体号、起始和终止位置等信息，可以存储为一个数据框。染色体坐标数据则指定了染色体的长度和起始位置。
原创
2023-08-14 13:09:07
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三元图/三元相图 Ternary Plot
三元图有6种英文叫法，其中ternary plot最为常用。三元图是重心图的一种，它有三个变量，但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中，图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系。常用于物理化学、 岩石学、矿物学、冶金学和其它物理科学，用于表示在同一个系统中三组分间的比例。在群体遗传学中，它被称做Finetti
