RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释，并分类统计的软件，几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。很多small RNA, lncRNA与Repeat区有密切关系。之前我在2013在PLOB发布过《RepeatMasker安装方法与使用 》，阅读近7600+。相关百度云中Repbase也被下载几千次。但目前软件和数据库均更新很多次
基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型，有三种策略： 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测(transcriptome-based prediction)：通过物种的RNA-seq数据辅助注
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2023-08-07 12:12:43
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以人类YBX1为例，首先进入NIH官网，如下图，database选择gene，在输入框中输入自己需要找的基因名，点击搜索。 搜索后在下方search result中会显示很多结果，分别是不同物种的。点击人类的YBX1进入详情页面。 进入后，用浏览器自带的查找功能在页面内查找“genebank”。这里使用的是联想浏览器，不同浏览器页内查找方式可能不同，通常可以使用快捷键Ctrl+
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2023-11-02 20:21:34
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1）gff3及gtf2简介一个物种的基因组测序完成后，需要对这些数据进行解读，首先要先找到这些序列中转录起始位点、基因、外显子、内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析。gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式。GFF(general feature format)：这种格式主要是用来注释基因组。 现大部分利用的是第三版，即gff3。GTF(gene transf
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2024-03-29 20:45:55
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软件介绍Vector NTI是一款生物技术研发功能型软件。能帮助检测基因序列，进行相关项目的分析，Vector NTI目前广泛应用于生物科技领域，方便研发人员对序列进行分析演算。本次带来Vector NTI最新版PC客户端资源下载，软件安装包内附有详细的教程说明，欢迎广大用户朋友们下载体验。Vector NTI特色从AlignX出口分子在文本窗格中选定的分子可以出口到GenBank、EMBL(Ge
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2023-11-16 13:42:17
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本周四（11月4日）下午三点，Molecular Plant 和Plant Communications 联合启动MPlant在线讲座—2021前沿技术系列，邀请了华南农业大学的夏瑞教授和陈程杰老师在线讲解了生物信息学工具TBtools的开发历程、主要功能、新的插件等内容并进行了应用演示。本次讲座吸引了一千三百多人在线参加和讨论，反响十分热烈。本次讲座视频录播已上传至bilibili网站，供大家在
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2023-12-21 14:01:57
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WGS(Whole Genome Sequencing)指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA，检测并排列，此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。对于人类来说，全基因组测序的价值是极大的，它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性，当然也意味着更大的数据解读和更高的技术挑战。测序，简单来说就是将DNA化学信号转变为计算机可处理的数字信号。第一代测序技术——sanger法Sanger
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2024-01-30 23:28:30
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在海量的组学数据中，我们经常需要根据已有的差异表达基因找到对应的注释信息。那么针对一系列基因ID批量获取其注释无疑能够大大简化后继的分析，提高科研效率。本次来分享使用python爬虫完成NCBI基因注释的方法。Sample input： 输入文件如下，是一列geneID。待获取的信息来源于NCBI-geneID页中Description项，也就是下图中红色方框项：Sample output： 最终
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2023-11-25 15:59:10
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在Python中，具有相同数据类型的序列可以通过关系运算符进行比较。对序列进行比较大小，实际上就是对序列中的数据以“在字典中的顺序”（lexicographical ordering）进行比较，也就是出现在一本字典前面的数据要比后面的数据小。1 比较的方法1.1 当两个序列长度相同时对于比较两个长度相同的序列，先按照字典顺序，比较这两个序列的第一个数据值，如果能够比较出大小，则该结果即为这两个序列
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2023-05-28 18:02:44
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中学学过生物学的人都会知道，生命的奥秘在DNA，它本质上是一个由碱基对组成的长长的序列，科学家们已经在20年前把智人的完整基因测定完毕了。自然，生命的奥秘远没有解开，测定只是第一步，相当于拿到了源代码，后面要查找子序列，寻找模式，互补反向变换，比对等等。大家都希望计算机程序能加速我们对生命的了解。
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2021-07-01 10:38:24
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# Python分析NCBI基因序列
在生物信息学领域，基因序列分析是一个重要的研究方向。NCBI（国家生物技术信息中心）提供了丰富的基因序列数据，成为研究者们获取和分析基因数据的重要资源。本文将介绍如何使用Python对NCBI的基因序列进行分析，并提供相关代码示例，帮助你更深入地理解这一过程。
## 基础知识
在开始之前，我们需要了解一些基础知识。基因序列通常由一系列的核苷酸（A、T、C
原创
2024-08-27 07:38:51
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前言在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python)GSEApy is a python wrapper for GESA and Enrichr.
It’s used for convenient
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2023-09-13 17:28:38
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fastq与fasta文件格式解析一、fasta格式二、fastq格式2.1 格式说明2.2 碱基质量计算2.3 Quality Score简化三、二代测序的fastq文件格式介绍四、补充说明4.1 illumina测序仪4.2 illumina测序方法4.3 测序流程参考文章 一、fasta格式fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式（主要是把序列存储到数据库中的一种形式），可以储存核酸序
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2023-12-27 21:42:48
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基因组学所需的数据量如此巨大，用深度学习技术去探索人类基因组密码便成为了趋势与未来。由卡耐基梅龙大学硕士岳天溦与Eric Xing教授的学生汪浩瀚合著的论文“Deep Learning for Genomics: A Concise Overview”， 综述了深度学习在基因组学中的应用。文中分析了不同深度模型的优劣势，举例讲解如何利用深度学习解决基因学问题，并且指出了当前科研所面临的缺陷和挑战论
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2024-05-03 16:54:41
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-为啥么要死磕 hierarchical clustering 呢？直接用 Jalview 不香吗？ -希望做到可视化与算法互为表里，不仅仅是软件呈现一个结果，还希望可以去利用结果设计一些算法。 -那还不如去看看(1) Jalview里面Tree的设置和导出 (2) scikit-learn如何做hierarchical clustering。 -那也先把biopython的cluster部分看完
给定2个长度分别为m和n的DNA序列X和Y，以及一个长度为p的模式子串P．带有子序列包含约束的最长公共子序列问题就是要找出x和Y的不包含P为其子串的最长公共子序列。例如，如果给定的DNA序列x和Y分别为X=AATGCCTAGGC，Y=CGATCTGGAC，模式子序列P=TGGC，则子序列ATCTGG
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2020-03-01 12:43:00
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在生物信息学研究中，获取基因组序列是一个关键的步骤。利用Python语言能够高效地从各种公共数据库下载这些序列。在这篇博文中，我们将详细探讨“Python下载基因组序列”的过程中，涉及到版本对比、迁移指南、兼容性处理、实战案例、排错指南和性能优化等方面。
### 版本对比
在Python生态中，有几个流行的库可以用于下载基因组序列，如 `BioPython` 和 `pyEnsembl`。这些库
在生物信息学的研究中，获取基因序列是分析和实验的基础，而“ncbi下载基因序列fasta python”便是实现这一需求的有效方法。在这篇博文中，我将详细记录下如何使用Python从NCBI网站下载基因序列的过程，包括背景定位、演进历程、架构设计、性能攻坚和扩展应用。
## 背景定位
随着基因组学与生物技术的发展，研究人员需要大量基因序列进行比对和分析。NCBI（国家生物技术信息中心）提供了丰
# 如何判断基因序列中是否包含特定基因
在生物信息学中，判断一个基因序列是否含有特定的基因是一项重要的任务。随着基因组学的发展，程序员和生物学家的合作越来越紧密，因此，掌握基本的编程知识，特别是Python，可以帮助你实现这一目标。本文将带你逐步实现这个功能。
## 整体流程
以下是实现判断序列是否包含特定基因的整体步骤：
| 步骤 | 描述
序列是一种数据存储方式，用来存储一系列的数据。在内存中，序列就是一块用来存放 多个值的连续的内存空间。 由于 Python3 中一切皆对象，出序列中存储的是整数对象的地址，而不是整数对象的值。 python 中常用的序列结构有： 字符串、列表、元组、字典、集合目录列表列表简介列表的创建基本语法[]创建list()创建range()创建整数列表推导式生成列表列表元素的增加和删除append()方法+
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2023-11-10 12:58:01
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