1. 基因转录本亚型 蛋白质亚型或“蛋白质变体“是一组高度相似的蛋白质成员，这些成员来源于单个基因或基因家族，是遗传差异造成的结果。虽然许多具有相同或相似的生物学作用，但一些亚型具有独特的功能。这些高度相似的蛋白质亚型可以由可变剪
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2024-07-07 14:56:59
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NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ BioPython官方文档：https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/bioPython是生物信息领域用于基因序列比对的一个工具，在搭建本地化blast的时候很实用。 以下笔记内容是在开发过程中参考官方文档 第七章：BLAST 后的相关问题及解决记录。首先，使用NCBI
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2023-12-18 20:46:25
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1.类的继承俗话说：龙生龙，凤生凤，老鼠的儿子会打洞。在古代我们的祖先就已经在大量的观察中总结出了孩子会继承父母一些特质的结论，现代的生物遗传学也确实证实了子类会表现出父类的一些特质是通过DNA的遗传，亲代会将自己的遗传物质DNA传递给后代，而且遗传的性状和物种会保持相对的稳定。遗传物质在生物进程之中得以代代相承，从而使后代具有与前代相近的性状。 这一现象在python中其实也存在，只不过它的遗传
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2023-12-24 13:30:46
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以人类YBX1为例，首先进入NIH官网，如下图，database选择gene，在输入框中输入自己需要找的基因名，点击搜索。 搜索后在下方search result中会显示很多结果，分别是不同物种的。点击人类的YBX1进入详情页面。 进入后，用浏览器自带的查找功能在页面内查找“genebank”。这里使用的是联想浏览器，不同浏览器页内查找方式可能不同，通常可以使用快捷键Ctrl+
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2023-11-02 20:21:34
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突变信号（Mutational Signatures）首次2013年在《nature》进行报道。并做了相关的定义：细胞在成长过程中，基因组不断受到内源性和外源性DNA损伤的威胁，正是由于这些威胁，使得细胞基因组不断发生变化，并最终发生一些突变的积累。每一个突变过程都会留下一个不同的基因组标记，也就称为突变信号。前 言研究人员对TCGA数据的深度挖掘，从而提出的一个统计学概念。文章研究了30种癌症，
好久没写博客了，最近看了个东西，觉得不错，整理了一下：遗传算法遗传算法 ( GA , Genetic Algorithm ) ，也称进化算法 。 遗传算法是受达尔文的进化论的启发，借鉴生物进化过程而提出的一种启发式搜索算法。因此在介绍遗传算法前有必要简单的介绍生物进化知识。一.进化论知识作为遗传算法生物背景的介绍，下面内容了解即可：种群(Population)：生物的进化以群体的形式进行，这样的一
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2024-03-08 14:43:48
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1.构建DGEList对象2.TMM标准化3.估算离散值4.差异基因分析 参考链接：http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1188480.html#加载包和数据
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
if (!requi
# 找基因Python：生物信息学中的Python应用
## 引言
随着基因组学的发展，人们对基因的理解和应用越来越深入。而Python，作为一种灵活且强大的编程语言，在生物信息学中扮演了重要角色。本文将重点介绍如何使用Python找到基因，并通过示例代码进行演示。
## 基因与其重要性
基因是遗传信息的基本单位，决定了生物的性状和生理特征。了解基因的功能、相互作用以及它们在疾病中的作用是
本周四（11月4日）下午三点，Molecular Plant 和Plant Communications 联合启动MPlant在线讲座—2021前沿技术系列，邀请了华南农业大学的夏瑞教授和陈程杰老师在线讲解了生物信息学工具TBtools的开发历程、主要功能、新的插件等内容并进行了应用演示。本次讲座吸引了一千三百多人在线参加和讨论，反响十分热烈。本次讲座视频录播已上传至bilibili网站，供大家在
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2023-12-21 14:01:57
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目录1. 表达式树【★★★★】1.1 开放阅读框（ORFs）2. 基因的结构和功能组织【★★★★】3. 翻译后的相互作用和连接函数【★★★】4. 其他术语【★】4.1 Karva语言:GEP的语言5. 参考书籍 1. 表达式树【★★★★】【ps：这里先看懂表达式树是怎么转换为数学式子PS：注意结合前边内容基因表达式编程(GEP)自学 第【1】天 Python 实现】1.1 开放阅读框（ORFs）
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2023-10-12 21:20:51
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大家好，我是邓飞。今天，有老师问我一个问题，如果从一个区间匹配到另一
原创
2022-11-12 18:37:09
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fastq与fasta文件格式解析一、fasta格式二、fastq格式2.1 格式说明2.2 碱基质量计算2.3 Quality Score简化三、二代测序的fastq文件格式介绍四、补充说明4.1 illumina测序仪4.2 illumina测序方法4.3 测序流程参考文章 一、fasta格式fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式（主要是把序列存储到数据库中的一种形式），可以储存核酸序
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2023-12-27 21:42:48
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今天花了挺久时间写的一个序列提取的小程序，运行成功了，但可能在效率和实现方面存在不足，以后再改进，并希望大佬们提供宝贵的指导意见以及思路准备文件1.存放基因id号的txt文件 2.某物种的全部蛋白序列生成文件生成所需基因的序列文件代码实现一实现思路：1.将所需要的基因ID存放于列表中，gene_list 2.将全部序列的fasta文件按行存放于列表中,all_seq_list 3.获取对应基因的序
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2023-07-06 11:32:29
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什么是基因？基因是控制性状的基本遗传单位，决定着人的生老病死，是健康、靓丽、长寿之因，是生命的操纵者和调控者。人类约有两万至两万五千个基因。首先，我们应该了解一下染色体，DNA，RNA，基因之间的关系。基因的定义基因是控制生物性状的基本遗传单位。基因（遗传因子）是产生一条多肽链或功能RNA所需的全部核苷酸序列。也就是说，基因只是DNA链中的一个个片段。 每一片段会控制不同的性状。 按照基因结构，可
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2024-04-09 13:19:26
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转基因、基因敲入/敲除动物技术已经成为现代生命科学基础研究和药物研发领域不可或缺的重要技术，该技术从上世纪七八十年代诞生以来，至今已有近四十年的历史，经典技术如DNA原核显微注射、胚胎干细胞显微注射技术一直以来经久不衰，在小鼠模型构建方面日趋完善，并且如同剪切酶和抗体等常规分子生物学试剂的制备技术一样，逐渐从基础研究实验室转向商业模式，成为一项高度标准化的新兴产业，催生了数以百计的创新药物和数以
$\DeclareMathOperator{\rev}{rev}$传送门：基因工程 这道题拖了好久，一直没有清晰的思路。当然，$k\le\frac{n}{2}$ 时，比较简单。下面我着重讲一下当 $k>\frac{n}{2}$ ，即前 $k$ 个字符与后 $k$ 个字符有重叠时，如何思考这个问题。为了便于分析，我们把题目要求形式化成如下的数学表示假设修改后的字符串为 $S$ ，字符
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2024-05-11 19:33:11
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# 使用Biopython获取某个物种所有基因的序列
在生物信息学领域，Biopython是一个非常有用的Python工具包，用于处理生物信息学数据。在本文中，我们将介绍如何使用Biopython获取某个物种所有基因的序列的方法，并提供相关的代码示例。
## 问题描述
假设我们想要获取某个物种（比如大鼠）所有基因的序列，我们可以使用Biopython提供的工具来实现这个目标。这样做可以帮助我
原创
2024-04-28 03:53:48
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还在利用hisat, tophat这些耳熟能详的软件将read比对到基因组（转录组）上，然后统计每个基因的count数么？试试这些不需要比对，速度更快的工具吧。 Salmon(Patro et al. 2016), Sailfish (Patro, Mount, and Kingsford 2014) kallisto (Bray et al. 2016) RSEM(B. Li and Dewe
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2024-08-09 08:24:24
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）是甲基化研究的重要技术。尽管已经开发了一系列工具来解决由亚硫酸盐处理引起的比对问题，但尚未对最新可用工具的reads比对性能以及多种哺乳动物的生物学解释（biological interpretation）进行评估。在此基础上，本文对人、牛和猪等三种哺乳动物真实和模拟WGBS生成的14.77 billi
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2023-07-13 22:59:39
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基因组结构元件的可视化有多种方式，比如IGV等基因组浏览器中以track为单位的展
原创
2022-06-21 09:24:09
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