# R语言KEGG富集分类
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个基因功能注释和基因组学研究的重要数据库。它提供了生物学和化学相关的基因和蛋白质的大量信息，包括基因的分类、功能注释、代谢途径等。在生物信息学研究中，我们经常需要对一组基因进行功能富集分析，以了解这些基因的功能特征。R语言提供了丰富的生物信息学库，其中包括用于KEGG富集分类
原创
2023-10-19 05:39:12
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本次教程的figure仍然是读者求助的图，算得上是kegg富集图的新流派。据我的调查，该图应该是基迪奥云平台之后进行了复现(仿一个网图，使用circlize包绘制圈图可视化基因集富集分析结果)。最开始也是跟着上述的帖子学习，之后自己对代码进行了改写，重新安排图形的布局，使之（在我看来）更有意义。另一个改动是增加了kegg pathway的注释信息，我在之前的帖子中也提到了如何获取这个信息，没有这个
# R语言kegg通路富集分析
## 什么是kegg通路富集分析？
在生物信息学研究中，kegg通路富集分析是一种常用的生物信息学分析方法，用于揭示不同基因集在特定的生物通路中的富集情况，从而帮助研究者理解基因在生物学过程中的功能和相互关系。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个包含了各种生物通路信息的数据库，通过对基因表达数据进行ke
原创
2024-04-06 06:31:07
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学习目标RNA-seq
了解如何设计实验
R1. 简介在过去的十年中，RNA-seq 已成为转录组差异表达基因和 mRNA在本教程中，将借助许多R包，带你进行一个完整的 RNA-seq workflow
2. 数据集本教程将使用Kenny PJ et al, Cell Rep 2014[1] 中的一部分数据进行演示。实验是在 HEK293F细胞中进行的，这些细胞，
前面的课程中，我们学习了GO/KEGG功能富集分析的操作步骤，并给大家演示了如果使用R语言绘制高级气泡图。之后，同学们都非常积极地拿着代码在自己的电脑上进行操作，基本也能够顺利完成，但也有一些同学可能对R或者RStudio的操作还不是很熟悉，遇到一些R包和Rstudio操作的问题。而猎豹师兄我，作为晚期重度强迫症患者，是坚决不允许这种有人学不会的情况发生的！另外，最近几期有关挖掘GEO速成SCI文
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2023-10-25 22:24:07
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#第九章方差分析
#需要的packages:car gplots HH rrcov multicomp effects MASS mvotlier
#单因素方差分析
#数据集来源multcomp包的cholesterol数据集
library(multcomp)
attach(cholesterol)
table(trt)
aggregate(response,by=list(tre
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2023-08-08 17:56:21
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欢迎关注”生信修炼手册”!KEGG pathway是最常用的功能注释数据库之一，可以利用KEGG 的API获
原创
2022-06-21 09:12:35
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正态检验与R语言1.Kolmogorov–Smirnov test统计学里, Kolmogorov–Smirnov 检验(亦称：K–S 检验)是用来检验数据是否符合某种分布的一种非参数检验，通过比较一个频率分布f(x)与理论分布g(x)或者两个观测值分布来判断是否符合检验假设。其原假设H0:两个数据分布一致或者数据符合理论分布。拒绝域构造为：D=max| f(x)- g(x)|，当实际观测值D&g
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2023-06-20 15:18:54
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作者 biobin
前言 关于 clusterProfiler这个 R 包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做 GO 和 KEGG 的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题： clusterProfiler做 GO 和 KEGG 富集分析的注释信息来自哪里？ GO 的注释信息来自 Bioconductor，
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2024-05-19 16:07:54
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1评论
目录前言一、数据背景二、使用步骤1.加载所需的R包2.读入数据与处理表格3.enrichGO函数进行GO/KEGG/自定义通路的富集4.简单的可视化三、结论 前言clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、以及GSEA富集分析等，并且对富集分析结果进行可视化。这里将使用clusterProfiler包对一些数据进行GO、KEGG等富集分析，
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2023-08-08 09:18:17
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手把手教你看KEGG通路图！ 亲爱的小伙伴们，是不是正关注代谢通路研究？或者你正面对数据，绞尽脑汁？小编当然不能让亲们这么辛苦，今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法，还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图?KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基
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2024-02-06 20:13:20
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#GO柱状图绘制教程
#激活r包
library(GOplot)数据准备与说明 1.1 查看教程中给的数据#查看教程中的数据
write.csv(EC$david,"EC-david.csv")
write.csv(EC$genelist,"EC-genelist.csv")数据说明EC$david为GO富集分析结果，包括174条显著富集的GOterm，第一列为序号，第二列为GO富集分析的类型，第
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2024-08-06 12:31:45
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系列文章目录文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载单细胞测序流程（二）数据整理单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因单细胞测序流程（六）单细胞的细胞类型的注释单细胞测序流程（七）单细胞的细胞类型轨迹分析单细胞测序流程（八）单细胞的marker基因转化
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2023-11-09 00:56:29
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# 使用R语言进行KEGG分析
## 介绍
在生物信息学领域，KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个非常重要的数据库和工具，用于对基因组、基因、蛋白质和代谢途径进行注释和分析。本文旨在向新手开发者介绍如何使用R语言实现KEGG分析。
## 流程图
```mermaid
flowchart TD
start(开始)
step1[下载KE
原创
2024-01-21 09:22:54
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这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway一级注释信息(big annotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的二级注释(small annotation)。「如何获取注释」算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。「辩证地看」，整张图都是pathway注释，没有具体的
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2024-05-18 13:18:18
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手把手教你看KEGG通路图！亲爱的小伙伴们，是不是正关注代谢通路研究？或者你正面对数据，绞尽脑汁？小编当然不能让亲们这么辛苦，今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法，还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图?KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基因组
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2023-10-12 23:27:59
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# 使用 R 语言展示 KEGG 的完整流程
在生物信息学中，KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库是一个重要的资源，用于揭示基因组和代谢网络的功能。对于刚入行的小白来说，理解如何使用 R 语言展示 KEGG 通常涉及几个步骤。本文将详细讲解整个流程，并附上具体代码示例。
## 整体流程
以下是使用 R 展示 KEGG 的基本步骤：
何为功能富集分析？功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。何为GO和KEGG？为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发了很多基因功能注释数据库，。这其中比较有名的一个就是Gene Ontology（基因本体论，GO）和Kyoto E
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2023-07-02 16:47:58
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、介绍了如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析、使用R ggplot包对获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化、使用R clusterProfiler包和R AnnotationHub包对基因进行GO/KEGG功能富集分析、OrgDb包制作以及结果可视化等。本期主要重新归纳和总结了富集结果可视化的代码。有同学反映前面几期富集分析结果可视化有点儿乱，可以归纳总结下
关于单细胞的一些知识Seurat 官方网站 https://satijalab.org/seurat/v3.2/pbmc3k_tutorial.html 在官网教程中，作者选用的是PBMC的数据，可以从官网进行下载 下载后解压缩的文件夹包含三个文件 其中barcodes.csv是一个相当于每个细胞身份证的标记，在PBMC中总共有2700个单细胞，所以barcodes 总共有2700行，每一行代表一
