作者 biobin
前言 关于 clusterProfiler这个 R 包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做 GO 和 KEGG 的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题： clusterProfiler做 GO 和 KEGG 富集分析的注释信息来自哪里？ GO 的注释信息来自 Bioconductor，
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2024-05-19 16:07:54
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这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway一级注释信息(big annotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的二级注释(small annotation)。「如何获取注释」算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。「辩证地看」，整张图都是pathway注释，没有具体的
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2024-05-18 13:18:18
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手把手教你看KEGG通路图！亲爱的小伙伴们，是不是正关注代谢通路研究？或者你正面对数据，绞尽脑汁？小编当然不能让亲们这么辛苦，今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法，还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图?KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基因组
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2023-10-12 23:27:59
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何为功能富集分析？功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。何为GO和KEGG？为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发了很多基因功能注释数据库，。这其中比较有名的一个就是Gene Ontology（基因本体论，GO）和Kyoto E
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2023-07-02 16:47:58
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KEGG通路富集分析是一种常用的生物信息学方法，用于分析基因组学数据中的代谢通路和相关基因表达。在这篇文章中，我们将介绍如何使用Python进行KEGG通路富集分析，以及如何利用这些分析结果进行生物学研究。
### 什么是KEGG通路富集分析？
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个综合数据库，包含了有关基因组学、化学和其他生物信息学数
原创
2024-04-22 06:57:23
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全网最全 KEGG 注释结果绘图，直击 SCI 绘图标注，关注我，您最好的选择！前言1. KEGG 原理KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库是系统地分析基因功能、链接基因组信息和功能信息的数据库，包括代谢通路（pathway）数据库、分层分类数据库、基因数据库、基因组数据库等。KEGG的pathway数据库是应用最广泛的代谢通路公共数据库
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2024-09-09 07:29:47
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本次教程的figure仍然是读者求助的图，算得上是kegg富集图的新流派。据我的调查，该图应该是基迪奥云平台之后进行了复现(仿一个网图，使用circlize包绘制圈图可视化基因集富集分析结果)。最开始也是跟着上述的帖子学习，之后自己对代码进行了改写，重新安排图形的布局，使之（在我看来）更有意义。另一个改动是增加了kegg pathway的注释信息，我在之前的帖子中也提到了如何获取这个信息，没有这个
原标题：GO/KEGG功能富集分析( 科研猫 出品：2/4)在 上一期中 给大家讲解了GO和KEGG的基本概念和内涵，并且给大家介绍了DAVID这一神奇网站。今天我们就把GO/KEGG功能富集分析的详细教程按部就班地呈现给大家。Step1：打开DAVID官网：https://david.ncifcrf.gov/点击左侧功能菜单：Functional Annotation进入到如下页面中，页面中的红
GO和KEGG富集分析是生物信息学领域中常用的技术，用于分析基因或蛋白质的功能和通路，以识别在特定条件下显著富集的生物过程和信号通路。本文将详细阐述如何使用Python进行GO和KEGG富集分析的流程，内容涵盖环境准备、分步指南、配置详解、验证测试、优化技巧与排错指南。
### 环境准备
在开始之前，我们需要确认硬件与软件的要求，以确保能够顺利运行GO和KEGG富集分析。
**软硬件要求**
Kegg通路或者GO本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析，结果可以以多种形式展示，最常用的包括：条形图/bar图，气泡图/dot图等，其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息：名字，富集倍数（或者gene ratio），P值，基因count。例如：pathwayenrichmentpvaluecountRNA transport4.8072586411.56E-0515Epstein-Ba
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2023-09-10 22:22:53
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# R语言kegg通路富集分析
## 什么是kegg通路富集分析？
在生物信息学研究中，kegg通路富集分析是一种常用的生物信息学分析方法，用于揭示不同基因集在特定的生物通路中的富集情况，从而帮助研究者理解基因在生物学过程中的功能和相互关系。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个包含了各种生物通路信息的数据库，通过对基因表达数据进行ke
原创
2024-04-06 06:31:07
958阅读
欢迎关注”生信修炼手册”!KEGG pathway是最常用的功能注释数据库之一，可以利用KEGG 的API获
原创
2022-06-21 09:12:35
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学习目标RNA-seq
了解如何设计实验
R1. 简介在过去的十年中，RNA-seq 已成为转录组差异表达基因和 mRNA在本教程中，将借助许多R包，带你进行一个完整的 RNA-seq workflow
2. 数据集本教程将使用Kenny PJ et al, Cell Rep 2014[1] 中的一部分数据进行演示。实验是在 HEK293F细胞中进行的，这些细胞，
上一次，我们介绍如何根据显著性snp，使用bedtools根据上下游距离，根据gff文件注释基因。这一次
原创
精选
2023-05-29 06:45:42
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# R语言KEGG富集分类
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个基因功能注释和基因组学研究的重要数据库。它提供了生物学和化学相关的基因和蛋白质的大量信息，包括基因的分类、功能注释、代谢途径等。在生物信息学研究中，我们经常需要对一组基因进行功能富集分析，以了解这些基因的功能特征。R语言提供了丰富的生物信息学库，其中包括用于KEGG富集分类
原创
2023-10-19 05:39:12
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KEGG功能富集气泡图是一种用于展示生物信息学分析结果的常用图表，通过气泡的大小和颜色来展示不同功能通路的丰度和显著性。在python中，我们可以使用一些常见的库来生成这样的图表，如matplotlib和seaborn。
首先，我们需要准备好进行KEGG功能富集分析的数据，一般包括基因列表和对应的KEGG通路信息。在这里，我们以一个示例数据为例进行说明。首先，我们导入必要的库：
```pyth
原创
2024-04-19 07:47:42
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1.GO富集 使用orgDb 通过使用Bioconductor的AnnotationHub在线检索并抓取OrgDb。 非模式基因GO富集分析：以
原创
2022-08-31 17:00:39
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1.GO富集 使用orgDb 通过使用Bioconductor的AnnotationHub在线检索并抓取OrgDb。 非模式基因GO富集分析：以玉米为例+使用OrgDb 在线shiny 可以选择B73_v3和v4。 玉米GO富集分析 2. KEGG富集 先使用createKEGGdb创建玉米的KEG
原创
2022-09-01 12:00:26
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前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题：clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里？ GO的注释信息来自Bio
原创
2022-06-10 22:43:42
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（全文约6600字）1. 富集分析1.1. 富集分析概念富集分析富集分析，本质上是对数据的分布检验，如果分布集中在某个区域，则认为富集。常用的分布检验方法有卡方检验、Fisher精确检验以及KS检验等方法。生物信息学领域的富集分析在 背景基因集(N) 下获得 一组特定基因集(S) ，S可能是基因列表，表达图谱，基因芯片等形式。在预先构建好基因注释数据库(例如GO,KEGG等)已对背景基因集(N)根
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2023-08-30 20:34:28
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