手把手教你看KEGG通路图！ 亲爱的小伙伴们，是不是正关注代谢通路研究？或者你正面对数据，绞尽脑汁？小编当然不能让亲们这么辛苦，今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法，还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图?KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基
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2024-02-06 20:13:20
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百趣代谢组学资讯：代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是继基因组学和蛋白质组学之后发展起来的新兴的组学技术，是系统生物学的重要组成部分，研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。代谢组学是对某一生物体组份或细胞在一特定生理时期或条件下所有代谢产物同时进行定性和定量分析，以寻找出目标差异代谢物。可用于疾病早期诊断、药物靶点发现、疾病机理研究及疾病诊断等。国内外研究
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2023-12-12 19:27:11
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微生物组测序 （主要指扩增子测序、全长扩增子测序与宏基因组测序）可提供细菌构成、基因丰度和功能性信息，可以解决“who is there”（那儿有谁）和“what are they doing”（在干嘛）的问题。而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，可以解决“what have really happened”（究竟发生了什么）的问题。生物科学研究过程复杂，单独和片面的单一组学无法
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2024-04-11 13:07:26
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学习目标RNA-seq
了解如何设计实验
R1. 简介在过去的十年中，RNA-seq 已成为转录组差异表达基因和 mRNA在本教程中，将借助许多R包，带你进行一个完整的 RNA-seq workflow
2. 数据集本教程将使用Kenny PJ et al, Cell Rep 2014[1] 中的一部分数据进行演示。实验是在 HEK293F细胞中进行的，这些细胞，
Reference: Alex Graves的[Supervised Sequence Labelling with RecurrentNeural Networks]
Alex是RNN最著名变种，LSTM发明者Jürgen Schmidhuber的高徒，现加入University of Toronto，拜师Hinton。统计语言模型与序列学习1.1 基于频数统计的语言模型
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2024-08-08 08:02:15
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一边学习，一边总结，一边分享！写在前面关于GO背景基因集文件的制作，我们在很早以前也发过。近两天，自己在分析时候，也是被搞了头疼。想重新制作一份GO背景基因集，进行富集分析。但是结果，也不如意。以及在制作的过程中，也是跟随着以前的教程制作，发现以前整理的教程比较乱，那么借此机会，也进行整理，重新进行记录。本期教程前言我们在做转录组数据分析时，大多数都会进行功能富集分析，预测目的基因所具有的的功能。
前言临近年底，鹿明生物给您送“年货”了，这次带来的年货是基于GC-MS靶向代谢组学定量方法及方法学验证干货。GC-MS（气质联用）相关介绍首先，让我们来了解下GC-MS的相关介绍~GC-MS分离检测的原理：利用待分离的各种物质在两相中的分配系数、吸附能力等理化性质的不同来进行分离，然后进入质谱检测器进行检测的过程。GC-MS仪器分为三个系统：进样系统；分离系统；检测系统。GC-MS的
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2024-02-06 11:34:55
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## R语言代谢组学
代谢组学是研究生物体代谢产物的组合及其在生物体内的变化规律的一门学科，它可以帮助我们了解生物体在不同生理状态下的代谢变化，从而揭示疾病的发生机制和诊断标志物。R语言是一种功能强大的统计分析工具，对于代谢组学数据的处理和分析非常方便。
### 代谢组学数据处理
在R语言中，我们可以使用一些常用的包来处理代谢组学数据，比如`metaboAnalystR`和`xcms`等。下
原创
2024-03-31 04:08:43
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R语言是一种用于统计分析和数据可视化的强大工具，它有许多强大的包可以帮助用户进行生物信息学分析。在生物信息学中，通路富集分析是一种常用的方法，用于揭示一组基因在特定的生物学过程或通路中的富集情况。本文将介绍如何使用R语言进行通路富集分析，并通过示例代码演示整个过程。
# 什么是通路富集分析？
通路富集分析是一种用于确定一组基因在生物学通路或过程中的富集情况的方法。通过对基因组数据进行分析，可以
原创
2024-05-02 06:16:21
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代谢组学是继基因组学、蛋白质组学、转录组学后出现的新兴“组学”,自1999年以来，每年发表的代谢组学研究的文章数量都在不断增加，尤其是在疾病诊断领域，应用前景不可估量，今天咱们就聊一聊代谢组学在疾病诊断中的应用。代谢组学（metabolomics）的出现是生命科学研究的必然。在20世纪90年代中期发展起来的代谢组学，是对某一生物或细胞中相对分子量小于1,000的小分子代谢产物进行定性和定量分析的一
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2024-01-17 12:00:42
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GC/MS分析生物样本为何要衍生化处理？有哪些衍生化的方法？GC的流动相为气体（通常为高纯氦），这就要求被分析物必须能够气化，而生物样本中很多内源性代谢物都含有极性基团，具有沸点高、不易气化特点。衍生化能够降低这些代谢物的沸点，增加它们的热稳定性，以便分析能够顺利进行。衍生化方法及试剂种类繁多，根据不同的分析目标，需选择合适的衍生化方法。如分析脂肪酸，我们可以采用甲酯化衍生。在GC/MS代谢平台上
TradeBlazer公式包含的公式类型如下：用户函数，公式应用 用户函数用户函数是可以通过名称进行调用的一组语句的集合，用户函数返回一个值，这个值可以是Numeric，Bool，String三种类型中的任何一种。您可以在需要的任何地方调用用户函数来完成相应的功能。例如，在TradeBlazer公式中经常使用的一个用户函数Summation，Summation通过输入Price序列数据，以及 Le
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2023-09-09 22:22:06
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KEGG简介KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。与其他数据库相比，KEGG 的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它利用图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系，这样可以使研究者能够对其关注的代谢途径有直观全面的了解。ko：
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2024-05-27 19:01:57
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代谢组学是研究生物体内小分子代谢物的全球性分析，能够提供有关生物体健康状态、疾病风险的重要信息。本博文旨在围绕“代谢组学、疾病风险和R语言”展开，记录解决相关问题的详细过程，包括协议背景、抓包方法、报文结构、交互过程、工具链集成和逆向案例等内容。我们将通过图表和代码示例来更深入地理解这个过程。
### 协议背景
在代谢组学的研究中，理解生物分子如何在不同的条件下交互非常关键。为了有效地分析和解
背景介绍
4个层次的组学技术 代谢物可以反馈调节上游文章发表现状 代谢物定义：分子量小于1000的小分子代谢组学：检测生物体内的小于1000分子量的代谢物进行定性定量分析检测方式
色谱技术-物质分离
GC：气相色谱LC：液相色谱质谱技术-物质鉴定
当遇到分子量相同的物质会打碎分子，进行二级质谱色质联用仪器平台
公司选择 平台比较 代谢组研究流程
# R语言kegg通路富集分析
## 什么是kegg通路富集分析？
在生物信息学研究中，kegg通路富集分析是一种常用的生物信息学分析方法，用于揭示不同基因集在特定的生物通路中的富集情况，从而帮助研究者理解基因在生物学过程中的功能和相互关系。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个包含了各种生物通路信息的数据库，通过对基因表达数据进行ke
原创
2024-04-06 06:31:07
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# R语言中的GO通路富集分析
## 1. 引言
在生物信息学研究中，基因富集分析（Gene Enrichment Analysis）是一种常用的技术，它用于识别在某些生物条件下表达水平显著变化的基因集合，特别是对于功能基因组学的研究。GO（基因本体，Gene Ontology）通路富集分析是一种识别这些基因与已知生物学过程、细胞成分和分子功能之间关系的手段。本文将介绍如何在R语言中进行GO通
生物学是一种复杂的学科，往往单一组学无法探究想要了解的生物学问题，这时就要运用到多组学联合分析。近年来，多组学研究的不断发展和持续火热，越来越多的研究者开始将微生物组学和代谢组学联合起来。16s全长扩增子测序可提供细菌构成、基因丰度，可以解决who-有谁以及many-有多少的问题。而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，可以解决what h
简介代谢组学是在20世纪90年代中期发展起来，是研究生物体被扰动后(基因或环境的改变后)其代谢产物(内源性代谢物质)种类及数量变化的一门科学。是继基因组学、蛋白质组学之后的新兴的组学技术, 是系统生物学研究不可缺少的重要基础学科之一。代谢组学通过揭示内在、外在因素的影响下，代谢整体的变化轨迹反映病理生理过程的一系列生物事件。通过对代谢组学数据进行分析，可以对生物体内的小分子代谢物进行定性定量分析，
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2023-11-24 20:47:19
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2021 Jul 21的European Respiratory Journal。IF:16.672。知识点 LC-MS 非靶向代谢组技术简介代谢组学是直接研究生物体受基因和蛋白调控的所有代谢物的变化规律和功能的科学，是探究生物现象结果的科学，代谢组学 研究一方面可以发掘一些新的分子标志物，另一方面通过与蛋白质组学、基因组学数据的联动分析，可以从原因和结果两方面分 析生物体的内在变化，将系统生物学
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2024-04-30 14:25:03
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