前言：bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！我这里用一个专题来讲解它的用法，其实它能实现的需求，我们写脚本都是可以做的，而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本功力。 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensibl
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2024-02-23 21:25:23
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Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合，本文列出自己学习其官方文档的几个点，多样品peak相似...
原创
2023-05-02 21:50:45
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用途：返回修正Bessel函数值，它与用纯虚数参数运算时的Bessel 函数值相等。 语法：BESSELI(x，n) 参数：X为参数值。N为函数的阶数。如果 n 非整数，则截尾取整。 2.BESSELJ 用途：返回 Bessel 函数值。 语法：BESSELJ(x，n) 参数：同上 3.BESSELK 用途：返回修正Bessel函数值，它与用纯虚数参数运算时的Bessel 函数
点击阅读原文跳转完整教案。基因组中的趣事（二）- 最长的基因2.7 million，最短的基因
原创
2023-04-26 09:55:52
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# 使用R语言实现Bedtools功能的入门指引
在数据生物信息学领域，Bedtools是一个非常强大的工具，用于处理基因组数据。虽然Bedtools主要是用命令行方式操作，但我们也可以通过R语言来实现类似的功能。本篇文章将引导你如何在R中实现Bedtools的基本操作，适合刚入门的开发者学习。
## 流程概述
以下是我们将要实现的基本步骤：
| 步骤 | 描述
为什么不得不用bedtools？ 速度，当数据到达百万级以上，R和C的速度差别就非常明显了 专业，但凡涉及到region、peak的处理，bedtools都可以胜任 目录 bed文件基本处理：导出，排序 用一个query region去overlap另一个database region，并取得属性
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2021-03-03 16:09:00
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pandas DataFrame的增删查改总结系列文章：pandas DaFrame的创建方法pandas DataFrame的查询方法pandas DataFrame行或列的删除方法pandas DataFrame的修改方法在操作DataFrame时，肯定会经常用到loc，iloc，at等函数，各个函数看起来差不多，但是还是有很多区别的，我们一起来看下吧。首先，还是列出一个我们用的DataFra
软件github地址：https://github.com/arq5x/bedtools2/比较好的介绍文档：https://w
原创
2022-11-06 01:27:13
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wget https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/v2.25.0.tar.gztar xzvf v2.25.0 cd bedtools2-2.25.0/makecd bin/export PATH=$PWD:$PATH
原创
2023-10-08 10:36:15
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bedtools是区间操作最常用的软件，pybedtools对其进行了封装，可以在python编程环境中灵活使用bedtools,而且进一步拓展出了很多有用的功能。在pybedtools中， 核心是以下两个对象1. BedTool2. featureBedTools表示一个区间文件，支持BED, GTF, GFF, BAM等多种格式以及对应的压缩文件，feature表示文件的每一行，包含
原创
2022-06-21 14:09:37
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合，其主要功能如下：bedtools: flexible tools for genome arithmetic and DNA sequence analysis.usage: bedtools <subcommand> [option...
原创
2023-05-07 23:06:01
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大家EFF，输入文件是vcf格式，另外，他需要基因组数据和gff创建数据库（通用的物种官网有现成的，但是推荐自定义构建，不容易出错。snpEFF，主要是下机数据，vcf数据，运算速度快，给出每个SNP的信息。
原创
2023-06-03 01:52:16
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NotImplementedError: head() not supported for non file-based BedTools
原创
2023-10-08 09:24:32
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本文简要介绍如何使用R包bedtoolsrbedtools是一款非常强大的用于处理bed，vcf，gff等格式数据的工具，该软件由犹他大学的Quinlan实验室开发。但是目前bedtools主要提供的是在linux，unxi等操作系统环境下的“命令行”运行方式，然而，对于想要使用R语言进行bedtools命令操作的科研人员来说就显得比较麻烦。今天，我就给大家介绍一款由北卡罗来纳大学教堂山分校开发的
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2021-02-23 12:24:10
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P32 Bedtools使用介绍01。P34 Bedtools使用介绍03。P33 Bedtools使用介绍02。Bedtools使用介绍。
原创
2024-05-06 14:24:31
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R包dplyr可用于处理R内部或者外部的结构化数据，相较于plyr包，dplyr专注接受dataframe对象, 大幅提高了速度,并且提供了更稳健的数据库接口。同时，dplyr包可用于操作Spark的dataframe。本文只是基础的dplyr包学习笔记，所以并不会讨论一些高级应用，或者与data.table包的性能比较。1. 数据集类型转换tbl_df()可用于将过长过大的数据集转换
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2023-09-27 19:17:17
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下载：编译3. 4.运行： bam变成bedhadoop@Master:~/xubo/data/snap$ bamToBed -i 片
原创
2023-01-04 10:54:26
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欢迎关注”生信修炼手册”!通常在分析peak区域对应的靶基因时，会选取转录起始位点TSS上下游一定长度的区域
原创
2022-06-21 09:10:34
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问题 原问题来自：How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions？ 其实可分为两个问题： 一是我组装了一个新的基因组，做了多个注释版本，如何比较它们的feature？比如gene 二是我组装了一个新的
原创
2022-09-01 09:32:27
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