前言：bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！我这里用一个专题来讲解它的用法，其实它能实现的需求，我们写脚本都是可以做的，而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本功力。 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensibl
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2024-02-23 21:25:23
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wget https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/v2.25.0.tar.gztar xzvf v2.25.0 cd bedtools2-2.25.0/makecd bin/export PATH=$PWD:$PATH
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2023-10-08 10:36:15
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Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合，本文列出自己学习其官方文档的几个点，多样品peak相似...
原创
2023-05-02 21:50:45
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用途：返回修正Bessel函数值，它与用纯虚数参数运算时的Bessel 函数值相等。 语法：BESSELI(x，n) 参数：X为参数值。N为函数的阶数。如果 n 非整数，则截尾取整。 2.BESSELJ 用途：返回 Bessel 函数值。 语法：BESSELJ(x，n) 参数：同上 3.BESSELK 用途：返回修正Bessel函数值，它与用纯虚数参数运算时的Bessel 函数
点击阅读原文跳转完整教案。基因组中的趣事（二）- 最长的基因2.7 million，最短的基因
原创
2023-04-26 09:55:52
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为什么不得不用bedtools？ 速度，当数据到达百万级以上，R和C的速度差别就非常明显了 专业，但凡涉及到region、peak的处理，bedtools都可以胜任 目录 bed文件基本处理：导出，排序 用一个query region去overlap另一个database region，并取得属性
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2021-03-03 16:09:00
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# 使用R语言实现Bedtools功能的入门指引
在数据生物信息学领域，Bedtools是一个非常强大的工具，用于处理基因组数据。虽然Bedtools主要是用命令行方式操作，但我们也可以通过R语言来实现类似的功能。本篇文章将引导你如何在R中实现Bedtools的基本操作，适合刚入门的开发者学习。
## 流程概述
以下是我们将要实现的基本步骤：
| 步骤 | 描述
pandas DataFrame的增删查改总结系列文章：pandas DaFrame的创建方法pandas DataFrame的查询方法pandas DataFrame行或列的删除方法pandas DataFrame的修改方法在操作DataFrame时，肯定会经常用到loc，iloc，at等函数，各个函数看起来差不多，但是还是有很多区别的，我们一起来看下吧。首先，还是列出一个我们用的DataFra
下载：编译3. 4.运行： bam变成bedhadoop@Master:~/xubo/data/snap$ bamToBed -i 片
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2023-01-04 10:54:26
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软件github地址：https://github.com/arq5x/bedtools2/比较好的介绍文档：https://w
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2022-11-06 01:27:13
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bedtools是区间操作最常用的软件，pybedtools对其进行了封装，可以在python编程环境中灵活使用bedtools,而且进一步拓展出了很多有用的功能。在pybedtools中， 核心是以下两个对象1. BedTool2. featureBedTools表示一个区间文件，支持BED, GTF, GFF, BAM等多种格式以及对应的压缩文件，feature表示文件的每一行，包含
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2022-06-21 14:09:37
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U盘安装Ubuntu 16.04 教程（安装全过程，不包含下载）官网：cn.ubuntu/下载连接：位：http://releases.ubuntu/16.04/ubuntu-16.04-desktop-amd.iso32位：http://releases.ubuntu/16.04/ubuntu-16.04-desktop-i386.iso
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2024-08-22 17:27:33
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Ubuntu 18.04， 安装方式目前孤知道的Ubuntu下安装软件方式有3种（命令）：1.make2.apt/apt-get3.dpkg 方式1基于软件源码安装，需要经历配置（可选）、编译、安装，获取源码可以直接从软件官网下载，或者，使用wget命令下载；方式2可以安装Ubuntu的软件源（sources）中的软件，在配置文件/etc/apt/sources.list中有定
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2024-03-07 06:14:15
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1. 下载安装包： https://www.anaconda.com/products/distribution#Downloads 通过 scp ~/Downloads/--- g8: ~/ 把下载在本地的安装包上传到服务器g8节点2. 在当前路径下，执行命
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2023-07-24 11:06:18
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ubuntu16.04.1下安装KDE环境首先，打开终端，输入sudo apt-get install kubuntu-desktop终端提示要下载280MB左右的文件，遇到提示时全部选“Y”，接下来是长时间的等待（取决于你的带宽情况，毕竟要下载280MB左右的文件）。接下来自动配置。。。安装好后，注销一下，在登陆窗的“会话”中选择KDE，登陆后就是变成KDE了。（如果想回到ubuntu的话，可以
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2024-05-08 14:41:30
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前言：apt-get在安装大多数包时是没有问题的，但有些时候用apt-get命令安装包出现错误提示如：the following packages have unmet dependencies（下列软件包存在未满足的依赖关系），通常可以采取更新软件源的方法，这样一般可以解决大多数软件包安装问题，但是有些疑难的包依赖问题仅凭这个方法是解决不了的就需要使用aptitude深入解决了。平台环境：ubu
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2023-09-16 14:29:01
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Ubuntu安装wine一般使用两种方式，源码编译或者从网络源安装。 源码编译安装相对比较稳定，速度快、效率高，但是需要时间编译，相比一分钟的源安装，几十分钟的编译确实很长。源安装是别人已经帮你编译好的了，但是安装 以后出现各钟奇怪问题的几率较高。一般来说是这样，所以还是编译安装比较好。 编译安装最让人头痛的是解决包的依赖性问题。安装wine你需要安装下面的包，只要你的ubuntu能够
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2023-10-23 20:46:00
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安装VirtualBox 选择安装位置 默认勾选所有，下一步 不用管警告，选择Yes 等待安装完成。VirtualBox创建虚拟电脑安装好VirtualBox后，点击管理—>选择全局设定 把默认虚拟位置配置好，这里创建到D:\VirtualBoxVMS 点击“新建” 输入名称为Ubuntu20.04_64，选择系统类型为Linux，版本为Ubuntu(64-bit)，点击下一步 设置内存大小
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2024-04-14 16:04:46
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其实很简单： sudo apt-get install vim遇见Y/n按y见按回车就OK了
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2023-07-08 15:20:23
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