1.测序数据下载SRR2176358
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原创
2023-05-08 16:01:36
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想要拔高生信paper level的必备分析 没有吃透这些工具，那作为生信人是不合格的！ 类似打球的肌肉记忆，生信分析也需要“肌肉记忆”，这就是对各种工具的熟练掌握，这样才能把精力放在重要问题的思考和推理上。 收集总结各种精华工具，做好代码测试和工具测评，有条件可以封装代码形成自己的函数，下次使用时
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2021-05-10 19:31:00
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下面的图来自文章 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867415005498 Allon M. Klein, Linas Mazutis, Ilke Akartuna, Naren Tallapragada, Adrian Veres, Victor Li, Leonid Pes
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2023-10-09 17:41:38
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Directional RNA-seq data -which parameters to choose? REF: https://chipster.csc.fi/manual/library-type-summary.html Directional RNA-seq methods are ga
原创
2023-11-06 14:25:01
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引言RNA-Seq技术的产生大大推动了转录组学的研究范围和规模，然而面对RNA-seq惊人的数据量，刚入门的新手难免感觉有些无所适从。因此如何对RNA-seq数据进行分析，挖掘其中蕴含的宝贵信息，可以说是RNA-seq分析中的重中之重。分析RNA-seq的软件众多，但没有哪个软件是万能的。研究人员可以根据自己的研究对象和目标，制定不同的分析策略。RNA-
原创
2021-03-28 06:58:41
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从原始的数据开始，进行reads回帖，到拼接转录本，计算表达量，分析差异表达，最后可视化分析结果。
TopHat是一个把reads回帖到基因组上的工具。首先用Bowtie把reads回帖到基因组上，然后通过拼接，我们就可以在基因组上看到一些reads堆叠起来的区域，称为consensus,这些consensus可能是一个真的外显子，也有可能是几个外显子拼在一起的，或者一些别的情
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2024-05-23 07:21:30
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简介今天介绍一下RNA-seq分析第二、三部曲中的主角——Cufflinks。对于Tophat的比对结果，可以使用Cufflinks软件进行后续的分析。而Cufflinks这个软件其实是个套装，其中是包含许多的软件，包括cuffflinks，cuffmerge，cuffnorm，cuffdiff等，可以对转录本进行拼接、整合、表达丰度的估计以及差异表达的
原创
2021-03-28 06:57:21
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大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白修饰分析（如增强子分析和全
欢迎关注"生信修炼手册"！HLAforest是一款针对RNA_seq数据进行HLA分型的软件，github地
原创
2022-06-21 08:48:16
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学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析...
原创
2023-05-02 21:57:26
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介绍单细胞测序技术（scRNA-seq）是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序的一项新技术。其原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA进行扩增，获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量测序用于揭示细胞群体差异和细胞进化关系。单细胞RNA-seq促进单个细胞中全基因组mRNA丰度的测量，提供了研究生物学条件下基因特异性表达异质性程度的机会，以及环境改变的影
原创
2021-03-28 07:16:27
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转录组RNA-Seq使用docker+bioconda搭建分析环境 前言 近期学习转录组分析，从ncbi下载数据，转成fastq，STAR/hisat2 map到基因组上，使用featureCount拿到表达矩阵文件挺顺利的，就是到了下游...
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2020-10-13 15:40:00
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随着高通量测序技术的不断发展完善，大批量的基因组数据积累在数据库中，这个大家都很清楚。近些年，越来越多的证据表明
原创
2024-06-20 17:32:49
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摘要RNA测序（RNA-seq）在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析
原创
2023-07-26 14:59:39
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RNAseqQC通过一个提供一系列数据可视化功能来帮助RNAseq数据质量控制的R包，它允许识别具有不需要的生物或技
原创
精选
2024-08-06 10:05:22
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2022年2月26日，南方科技大学生物系植物与食品研究所翟继先课题组发布了可以方便快速查
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2023-07-19 09:48:53
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生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、
原创
2023-05-02 23:08:39
352阅读
大批量的数据产生固然是个好事，同时也带来了一个问题，公开的RNA-seq数据大多提供的是原始数据，这样就对数据的重新
原创
2024-08-09 15:57:35
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学习目标 了解 RNA-seq 和差异表达基因的分析流程 了解如何设计实验 了解如何使用 R 语言进
学习目标了解 RNA-seq 和差异表达基因的分析流程了解如何设计实验了解如何使用 R 语言进行数据分析1. 简介在过去的十年中，RNA-seq 已成为转录组差异表达基因和 mRNA 可变剪切分析不可或缺的技术。正确识别哪些基因或转录本在特定条件下的表达
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2024-05-16 12:58:43
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MicroRNA (miRNA) 是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小 RNA，其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达，而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达。据推测，miRNA 调节着人类三分之一的基因。miRNA命名1、物种hsa、mmu、rno分别代表人、小鼠、大鼠。2、类别mir、MIR、miR分别代表动物未成熟miRNA、植
