Cole Trapnellsaid：there are three strategies:1) merge bams and assemble in a single run of Cufflinks2) assemble each bam an
原创
2023-11-06 15:07:36
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1. Cuffmerge简介Cuffmerge将各个Cufflinks生成的transcripts.gtf文件融合称为一个更加全面的transcripts注释结果文件merged.gtf。以利于用Cuffdiff来分析基因差异表达。2. 使用方法$ cuffmerge [options]* 输入文件为一个文本文件，是包含着GTF文件路径的list。常用例子： $ cuffmerge -o ./me
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2024-04-04 21:27:39
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简介今天介绍一下RNA-seq分析第二、三部曲中的主角——Cufflinks。对于Tophat的比对结果，可以使用Cufflinks软件进行后续的分析。而Cufflinks这个软件其实是个套装，其中是包含许多的软件，包括cuffflinks，cuffmerge，cuffnorm，cuffdiff等，可以对转录本进行拼接、整合、表达丰度的估计以及差异表达的
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2021-03-28 06:57:21
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Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。1. Cufflinks简介Cufflinks程序主要根据Tophat的比对结果，依托或不依托于参考基因组的GTF注释文件，计算出(各个gene的)isoform的FPKM值，并给出trascripts.gtf注释结果(组装出转
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2024-05-20 17:38:38
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Cufflinks计算差异表达 Cufflinks包含了以下程序：Cufflinks 使用经过Tophat比对好的SAM格式来拼接转录组（每一个样本都进行拼接），如果有基因组注释文件的话，效果会更好。这个步骤的目的在前面已经讲过，包括后面的cuffmerge，即为了更精确地确定转录组的所有转录本以及其所有的剪接变体，从而更精确的进行定量分析。 如果已经有了参考基因组和基因组注释文件，这个步骤和cu
