大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。目前，科研人员已经发现了各种与年龄相关的DNA甲基化变化，包括在单个CpGs水平上的差异甲基化和可变甲基化，以及在整个甲基组水平上的变化。今天为大家带来一篇与衰老相关的DNA甲基化研究，该研究成果于2021年5月11日以“The genomic loci of specific human tRNA genes exhibit agei
1.背景介绍方差分析是一种分析调查或试验结果是否有差异的统计分析方法，也就是检验各组别间是否有差异。本文我们就一起来梳理下方差分析的分析流程。以及实现方法。R语言进行单因素方差分析或者非参数检验，也是非常方便的，简单快捷，仅仅几行代码，即可快速进行组间两两比较。2.基础知识1.数据类型方差分析用于分析定类数据与定量数据之间的关系情况，可以比较2组或多组数据的差异。分析前首先应根据数据类型判断使用的
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2023-08-01 14:27:39
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文章目录介绍环境搭建软件下载结果展示基因数据下载流程基因数据处理利用GEO分析绘制拟火山图 注意，本 系列 有连贯性，每一步都很详细，每一步都很重要，请耐心读完！！ 介绍本系列文主要依据真实论文制图流程，详细说明制图过程，
其中包括：
1. 基因数据下载
2. 制图所需数据格式
3. 火山图制作流程
4. 聚类热图制作流程环境搭建软件下载结果展示基因数据处理 注意删除末行注释基因
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2023-08-31 16:29:08
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最新更新见 http://cangfengzhe.github.io/r/RNA-Seq.html介绍本文参考 bioconductor 中RNA-Seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression并对其根据需要进行了增减。更多细节还请参考 http://www.bioconductor.org/hel
文章目录R语言一键完成差异检测从数据到展示单因素**差异**分析的完整方案方案优点引子单因素差异检测完整方案实现思路主要函数解读两种差异表示方案及其代码字母标记箱线图代码ggpubr + 箱线图 + 连线差异标注实战导入需要的包导入数据选择可视化方案运行函数结果文件展示选择Tukey多重比较方法写在后面猜你喜欢写在后面 撰文：文涛 南京农大 责编：刘永鑫 中科院遗传发育所R语言一键完成差异检测
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2024-02-05 14:39:33
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如何实现R语言差异表格
# 介绍
在数据分析领域，比较两组数据的差异性是非常常见的需求。R语言提供了一种方便的方法来生成差异表格，以便快速比较两组数据的不同之处。本文将教你如何使用R语言来实现差异表格。我们将按照以下步骤进行操作：
```mermaid
flowchart TD
A[导入数据] --> B[数据处理]
B --> C[生成差异表格]
```
# 导入数据
首先
原创
2024-01-03 11:35:30
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方差分析指的是不同变量之间互相影响从而导致结果的变化1.单因素方差分析: 案例:50名患者接受降低胆固醇治疗的药物,其中三种治疗条件使用药物相同(20mg一天一次,10mg一天两次,5mg一天四次),剩下的两种方式是(drugE和drugD),代表候选药物 哪种药物治疗降低胆固醇的最多? 1 library(multcomp)
2 attach(cholesterol)
3 # 1
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2023-08-22 16:07:39
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组间差异的非参数检验若数据无法满足t检验或ANOVA的参数假设，可使用非参数方法两组的比较Mann-Whitney U检验两组数据独立时使用。 用来判断一个总体中获得更高得分的概率是否比另一个总体要大。> library(MASS)
> with(UScrime,by(Prob,So,median))
> wilcox.test(Prob~So,data = UScrime)这其
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2023-08-21 18:02:41
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介绍 RNA-seq 目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq 不仅能够分析样本之间基因
介绍RNA-seq 目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq 不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析 SNP 变异。本教程将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程，旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。由于完整
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2024-03-11 17:55:49
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数据可视化——R语言forestplot包绘制组间差异对比图(森林图forest plot)概述：使用R语言中的forestplot包绘制组间差异对比图。forestplot包本来用于绘制森林图，此处笔者将此用于绘制组间差异对比图，异曲同工，为另一篇博文：数据可视化——R语言ggplot2包绘制组别间指标差异对比图(箱形图及误差条图)提供了另一种实现方案。森林图(forest plot)常用于Me
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2023-06-21 16:30:26
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多形性成胶质细胞瘤(GBM)甲基化区域的计算鉴别 目的：找出胶质细胞瘤特异性甲基化区域，为临床诊断提供理论依据 步骤：1、 查找数据：下载TCGA中GBM的RNA-seq和甲基化数据2、 甲基化数据分析，正常肿瘤对比，进行差异甲基化分析，找出肿瘤样本中高甲基化区域3、 对RNA-seq数据进行分析，正常肿瘤对比，
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2024-06-28 17:59:16
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## R语言差异分析分组
### 引言
在数据分析中，我们经常需要对不同组或条件下的数据进行比较与分析。而差异分析（ANOVA）是一种常用的统计方法，用于比较两个或多个组之间的差异是否显著。R语言作为一种广泛应用于数据分析的工具，提供了丰富的函数和包用于进行差异分析。本文将介绍如何使用R语言进行差异分析分组，并提供相应的代码示例。
### 差异分析的基本概念
差异分析（ANOVA）是一种基
原创
2023-09-11 08:59:07
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R语言差异箱线图
## 引言
统计学是一门重要的学科，用于分析和解释数据。在数据分析中，我们经常需要比较不同组之间的差异。差异箱线图是一种常用的统计图形，用于比较多个组之间的差异。
差异箱线图是通过绘制每个组的箱线图，并将它们垂直排列在一起来表示各组之间的差异。箱线图显示了一组数据的五个统计指标：最小值、最大值、中位数、下四分位数和上四分位数。通过观察箱线图，我们可以得出结论，关于各组之间的
原创
2023-09-05 06:41:20
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CPTAC蛋白质差异分析文章目录CPTAC蛋白质差异分析@[toc]1. CPTAC数据下载2. 数据补缺校正3. 数据分组4. 蛋白质组差异分析1. CPTAC数据下载根据自己的需求选择对应的癌症，然后下载，这里就不展开讲了。以下为下载的数据目录2. 数据补缺校正从CPTAC下载的蛋白质数据很多都是有缺失值的，这样不利于我们后期分析，所以需要对这些缺失值进行补缺，然后校正（归一化）。首先新建空文
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2024-05-14 19:30:58
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引入GEO DataSets上，某些Series是由多个series组成的，比如GSE6834,由六个Series组成：This SuperSeries is composed of the following SubSeries: Less… Less… GSE6771 Temporal Cortex Control (mesial temporal lobe epilepsy control)
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2023-12-18 19:11:53
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# Python 点云差异比对
在3D计算机视觉和图形学中，点云是一种重要的数据表示形式，用于描述三维物体的几何形状。点云通常由大量的点集组成，这些点集合以三维坐标 (x, y, z) 的形式表示。随着激光扫描和立体视觉技术的发展，点云在很多领域中得到了广泛应用，比如自动驾驶、增强现实和工业检测等。
然而，在实际应用中，如何对比不同点云之间的差异，对于质量控制和物体识别来说，是个令人头疼的问题
最近因工作需要，看了一些关于mysql方面的内容，特别是有关存储过程、游标、临时表的介绍。通过之前写sql的一些经验，分享一些有关mysql存储过程区别及相关注意事项。 先看一下测试案例：show databases;
use test;
drop procedure if exists proc_Test;
delimiter $$
crea
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2024-09-18 07:35:06
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# Python 比较文件差异点
## 引言
在软件开发过程中，经常需要比较两个文件之间的差异点，以判断文件内容是否一致或者寻找变更内容。Python提供了强大的工具和库，可以方便地实现文件差异点的比较。本文将介绍如何使用Python比较文件差异点的步骤和代码示例。
## 整体流程
下面是比较文件差异点的整体流程，可以通过表格展示出来：
```mermaid
erDiagram
原创
2024-01-14 05:06:55
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差异基因表达分析是一种常见的生信分析方法，是每个生信人都必须掌握的技术，本文将使用R语言演示如何利用limma包分析TCGA的RNA基因表达矩阵。首先，准备好所需的数据，如下图所示，基因表达数据为一个包含样品与基因的矩阵。首先，打开R之后先加载所需的R包。其中，limma是差异基因表达分析的一个常用R包
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2024-06-25 14:02:06
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官方认定的不编程差异分析工具。 众所周知，如何在浩如烟海的分子中做出取舍，并真正确定分子主变量，是科研启航至关重要的一步。而酸菜老师的筛猜二字决，就是基本敲定一个候选分子的不二法宝。
芯片作为高通量数据筛选的最常见技术平台之一可提供成千上万的基因表达量变化。鉴于这上万的基因不一定都参与疾病的发生，因而从芯片数据中找寻候选分子，就要进行差异基因表达分析。
《生信体系课-上篇》段
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2023-06-21 18:22:12
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