文章目录介绍环境搭建软件下载结果展示基因数据下载流程基因数据处理利用GEO分析绘制拟火山图 注意，本 系列 有连贯性，每一步都很详细，每一步都很重要，请耐心读完！！ 介绍本系列文主要依据真实论文制图流程，详细说明制图过程，
其中包括：
1. 基因数据下载
2. 制图所需数据格式
3. 火山图制作流程
4. 聚类热图制作流程环境搭建软件下载结果展示基因数据处理 注意删除末行注释基因
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2023-08-31 16:29:08
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转录组edgeR分析差异基因edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。一个过度离散的泊松模型被用于说明生物学可变性和技术可变性。经验贝叶斯方法被用于减轻跨转录本的过度离散程度，改进了推断的可靠性。该方法甚至能够用最小重复水平使用，只要至少一个表型或实验条件是重复的。该软件可能具有测序数据之外的其他应用，例如蛋白质组多肽计数数据。可用性：程序包在遵循LGPL许可证下可
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2023-11-03 09:45:11
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DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。这两个都属于R包，其相同点在于都是对count data数据进行处理，都是基于负二项分布模型。因此会发现，用两者处理同一组数据，最后在相同阈值下筛选出的大部分基因都是一样的，但是有一部分不同应该是由于其估计离散度的不同方法所导致的。 ### DESeq2
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2023-12-11 12:46:12
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#************************************************************ #差异基因：DESeq2/edgeR/limma #************************************************************ # ...
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2021-10-09 16:03:00
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简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。这两个都属于R包，其相同点在于都是对count data数据进行处理，都是基于负二项分布模型。因此会发现，用两者处理同一组数据，最后在相同阈值下筛选出的大部分基因都是一样的，但是有一部分不同应该是由于其估计离散度
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2023-12-04 17:01:55
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DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。这两个都属于R包，其相同点在于都是对count data数据进行处理，都是基于负二项分布模型。因此会发现，用两者处理同一组数据，最后在相同阈值下筛选出的大部分基因都是一样的，但是有一部分不同应该是由于其估计离散度的不同方法所导致的。 ### D
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2024-05-31 00:53:39
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1.背景介绍方差分析是一种分析调查或试验结果是否有差异的统计分析方法，也就是检验各组别间是否有差异。本文我们就一起来梳理下方差分析的分析流程。以及实现方法。R语言进行单因素方差分析或者非参数检验，也是非常方便的，简单快捷，仅仅几行代码，即可快速进行组间两两比较。2.基础知识1.数据类型方差分析用于分析定类数据与定量数据之间的关系情况，可以比较2组或多组数据的差异。分析前首先应根据数据类型判断使用的
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2023-08-01 14:27:39
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文章目录R语言一键完成差异检测从数据到展示单因素**差异**分析的完整方案方案优点引子单因素差异检测完整方案实现思路主要函数解读两种差异表示方案及其代码字母标记箱线图代码ggpubr + 箱线图 + 连线差异标注实战导入需要的包导入数据选择可视化方案运行函数结果文件展示选择Tukey多重比较方法写在后面猜你喜欢写在后面 撰文：文涛 南京农大 责编：刘永鑫 中科院遗传发育所R语言一键完成差异检测
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2024-02-05 14:39:33
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最新更新见 http://cangfengzhe.github.io/r/RNA-Seq.html介绍本文参考 bioconductor 中RNA-Seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression并对其根据需要进行了增减。更多细节还请参考 http://www.bioconductor.org/hel
如何实现R语言差异表格
# 介绍
在数据分析领域，比较两组数据的差异性是非常常见的需求。R语言提供了一种方便的方法来生成差异表格，以便快速比较两组数据的不同之处。本文将教你如何使用R语言来实现差异表格。我们将按照以下步骤进行操作：
```mermaid
flowchart TD
A[导入数据] --> B[数据处理]
B --> C[生成差异表格]
```
# 导入数据
首先
原创
2024-01-03 11:35:30
84阅读
方差分析指的是不同变量之间互相影响从而导致结果的变化1.单因素方差分析: 案例:50名患者接受降低胆固醇治疗的药物,其中三种治疗条件使用药物相同(20mg一天一次,10mg一天两次,5mg一天四次),剩下的两种方式是(drugE和drugD),代表候选药物 哪种药物治疗降低胆固醇的最多? 1 library(multcomp)
2 attach(cholesterol)
3 # 1
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2023-08-22 16:07:39
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组间差异的非参数检验若数据无法满足t检验或ANOVA的参数假设，可使用非参数方法两组的比较Mann-Whitney U检验两组数据独立时使用。 用来判断一个总体中获得更高得分的概率是否比另一个总体要大。> library(MASS)
> with(UScrime,by(Prob,So,median))
> wilcox.test(Prob~So,data = UScrime)这其
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2023-08-21 18:02:41
343阅读
介绍 RNA-seq 目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq 不仅能够分析样本之间基因
介绍RNA-seq 目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq 不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析 SNP 变异。本教程将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程，旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。由于完整
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2024-03-11 17:55:49
1060阅读
数据可视化——R语言forestplot包绘制组间差异对比图(森林图forest plot)概述：使用R语言中的forestplot包绘制组间差异对比图。forestplot包本来用于绘制森林图，此处笔者将此用于绘制组间差异对比图，异曲同工，为另一篇博文：数据可视化——R语言ggplot2包绘制组别间指标差异对比图(箱形图及误差条图)提供了另一种实现方案。森林图(forest plot)常用于Me
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2023-06-21 16:30:26
1046阅读
论文 Sex-Specific Co-expression Networks and Sex-Biased Gene Expression in...
原创
2022-07-16 00:12:49
292阅读
R语言差异箱线图
## 引言
统计学是一门重要的学科，用于分析和解释数据。在数据分析中，我们经常需要比较不同组之间的差异。差异箱线图是一种常用的统计图形，用于比较多个组之间的差异。
差异箱线图是通过绘制每个组的箱线图，并将它们垂直排列在一起来表示各组之间的差异。箱线图显示了一组数据的五个统计指标：最小值、最大值、中位数、下四分位数和上四分位数。通过观察箱线图，我们可以得出结论，关于各组之间的
原创
2023-09-05 06:41:20
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## R语言差异分析分组
### 引言
在数据分析中，我们经常需要对不同组或条件下的数据进行比较与分析。而差异分析（ANOVA）是一种常用的统计方法，用于比较两个或多个组之间的差异是否显著。R语言作为一种广泛应用于数据分析的工具，提供了丰富的函数和包用于进行差异分析。本文将介绍如何使用R语言进行差异分析分组，并提供相应的代码示例。
### 差异分析的基本概念
差异分析（ANOVA）是一种基
原创
2023-09-11 08:59:07
490阅读
引入GEO DataSets上，某些Series是由多个series组成的，比如GSE6834,由六个Series组成：This SuperSeries is composed of the following SubSeries: Less… Less… GSE6771 Temporal Cortex Control (mesial temporal lobe epilepsy control)
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2023-12-18 19:11:53
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介绍RNA-seq 目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq 不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析 SNP 变异。本教程[1]将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程，旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。由于完整版过长，因此分为两部分，需要获取完整版的，请跳转文末。7. 差异分析R/RStudio工作流程完成后，您现在可以使用基因计数表作为 DESe
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2024-01-24 08:48:03
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摘要: 仅用于记录R语言学习过程：内容提要：时间与日期数据的处理；lubridate包；时间序列介绍及举例正文： 时间与日期数据的处理n 导读：u 时间生成函数：as.Date()> as.Date('2017-02-16')[1] "2017-02-16"> class(as.Date('2017-02-16'))[1] "Date"
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2023-08-23 22:18:02
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